雍正猝然離世，雖然給乾隆留下了一個不錯的局面，但也給他出了一道難題。對於一個年紀輕輕的新皇帝，戰爭絕對是一個重大的考驗。
乾隆也意識到這點，他對大臣說：「現在最緊要的事情莫過於對苗疆用兵。」
西南民族問題是歷朝歷代執政者都關心的問題，在元朝和明朝的時候，這些少數民族實行的是土司制度，土司制度是酋長制和中央集權的結合，有點民族自治的味道。土司相當於少數民族的首領，職位可以世襲，但必須聽從中央政府的指揮，除了要繳納規定的稅收之外，還得聽從號令，以便得到中央政府賜予的爵位和名號，有了這些，土司的統治才是合法的。
土司制度相對來說比較落後，對於這些地方的人民來說，他們不僅要承受中央政府的剝削，還得承受土司的剝削，一般來說，土司的盤剝比中央政府更厲害。由於土司是封閉地區的小霸王，只要他們不作亂，中央政府一般不管制他們。貴州地方上的土司，一年四小派，三年一大派，時人記載，苛捐雜稅是漢人的十倍以上。
不同土司之間，往往為了爭奪土地和人力大打出手，結果導致這一帶動蕩不安，天災人禍頻發。在明朝的時候，明太祖朱元璋為了緩和這些地方的矛盾，削弱土司權力，由中央派遣官員直接治理。
雍正上台之後，對西南少數民族也非常重視，曾派遣鄂爾泰、哈元生等將軍前往西南，征剿並用。然後，雍正在這裡實行了改土歸流的政策。什麼是改土歸流政策呢？其實這是個簡寫的詞語，全稱是改土司製為流官制，這個政策的目的就是為了消除土司的特權，從而將少數民族地區的人民從政治和經濟的重壓下解放出來。當然，雍正的這個做法還能起到瓦解地方勢力的作用，消弭帝國內不安定的因素。
你要拿掉土司的飯碗和權力，土司當然不會答應，雖然他們沒有足夠的力量和中央政權反抗，但是必要的掙扎還是會有的。雍正從不指望土司們會乖乖聽話，所以他讓鄂爾泰率領重兵，以武力推行這項政策。
武力終究還是管用的，任憑土司們再頑抗，終於抵擋不住鄂爾泰的大軍，就這樣鄂爾泰控制了這些區域的少數民族。雍正高興，封鄂爾泰為雲南、貴州、廣西三省總督，拜保和殿大學士，擔任軍機大臣，兼任兵部尚書，外加一等伯。
但是，鄂爾泰在雍正九年返京之後，苗疆人又開始活躍了起來，叛亂的苗頭時燃時滅。雍正十二年，苗疆一帶謠言四起，說是苗族會出現一個王，帶領大家走向新世界。謠言出來後，就有鬧事者，叛亂從古州開始，八妹、高表等苗疆人以官吏征糧不公為由，發動起義，叛亂之火迅速蔓延開來。
叛軍迅速飆升到兩萬多人，攻打當地的駐軍。剛開始的時候，清軍對叛亂表現得非常遲鈍，在兵力布置上也有很多失當的地方。貴州省有三萬駐軍，但是一些緊要州縣卻只有幾十個官兵。在台拱，有一名參將，一千駐軍，苗人起義後，將駐軍團團圍住，駐軍竟毫無辦法。最後，哈元生帶領六路兵馬，歷經重重艱辛，才把叛亂給平息下去。
奇怪的是，在台拱附近的黃平縣和清溪縣，只有幾十名駐軍。這麼點人，讓他們作戰完全不可能，就算是守城池，都顯得寒磣。
苗變之後，雍正對各級官員的無能非常憤慨。雍正嚴厲斥責古州的文武官員鎮壓不力，聽到叛亂，沒有在第一時間予以撲滅，導致叛火越來越大。總兵韓勛帶著三千人馬在王嶺擊敗苗人後，沒有對逃眾進行追捕，也受到了雍正的批評。清平縣的縣令邱仲坦，看苗民圍攻鄰縣的時候，嚴令本縣的人不得逃避，等到苗民攻打清平時，他頓時嚇破了膽，自己率先逃跑……
總之，這些官員的表現讓雍正很失望，加上他們互相扯皮，把責任全都推給別人，雍正很生氣，決定重拳出擊，快速平定苗疆之亂。
雍正命貴州提督哈元生為揚威將軍、湖廣提督董芳為副將軍，隨後，雍正又命刑部尚書張照為欽差大臣，副都御使德希壽協助張照前往苗疆。為了保證這場戰鬥在最快的時間裡取得勝利，不久，雍正又任命果親王允禮、皇四子弘曆、皇五子弘晝、大學士鄂爾泰和張廷玉以及戶部尚書魏廷珍和工部尚書徐本等人一同前往苗疆。高層陣容相當豪華，甚至給人殺雞用牛刀的感覺。
兵力方面，除了貴州本省的官兵外，又從廣東廣西調兵八千，湖南湖北調兵五千，雲南四川調兵一萬七千，直隸調兵五千。合計有四五萬的兵馬，皇上親自指揮，欽差坐鎮苗疆，揚威將軍率領六省大軍會剿，論理是沒有理由不速戰速決的。
然而，結果卻出人意料，如此氣勢磅礴的陣容，居然時時受困，處處不能奏效，官員之間仍舊繼續扯皮。由於都是大人物，底氣很足，互相不服，各自為政。看來，雍正這位管理高手對用兵終究有些外行，豪華陣容往往很難收到效果，打仗不是比品牌，看的是實效。譬如，雍正任命張照為欽差大臣，張照當然不是一個庸才，他是一個才華橫溢的文人學士，琴棋書畫樣樣精通，才名傳遍天下，可惜在打仗這塊他完全是個外行啊！
在指揮權這方面，雍正也沒有分清楚，這麼多大佬聚在一起，意見相左，指揮起來難度非常大。最後，指揮無力，征討無功，也不是什麼難以理解的事情。
征剿不力，官兵們怕被皇帝處罰，開始殺良民邀功，由此戰爭陷入惡性循環。從一開始，清軍作戰就完全亂了套，後面更是如此，不分良民亂民，一概砍頭。清軍的暴行激起了苗民的激烈反抗，征討戰深陷泥淖。
一直到雍正去世，叛亂仍在繼續，沒有絲毫撲滅的徵兆。苗兵接連攻下黃平、清平、餘慶、清溪等縣，兵鋒所至，清軍疲於奔命。貴州省內的漢人紛紛逃亡到鄰近省份，全國震動。