雍正四年四月，鄂爾泰兵分三路，進攻長寨，一路途經谷隆，一路途經焦山，一路途經馬洛孔。隨後，鄂爾泰親自來到貴州，到長寨等地巡視。
長寨等地是苗疆的心腹地帶，這裡的土司尤其猖狂。夏天，官兵們焚燒敵對土司的寨子，可是沒有抓到他們的首領。副將劉業浚作戰猶豫，遲疑不前，貽誤戰機。鄂爾泰便任命總兵石禮哈前去搜剿，石禮哈大獲全勝，殲滅了敵人的首從，繳獲弓弩四千五百多張，毒箭三萬多支，鎧甲和牲畜更是不計其數。
鄂爾泰便在這裡設置參將營，扼守這一帶的險要。鄂爾泰還在這裡設立了保甲，推行保甲法。接著，鄂爾泰趁著余猛未歇，又在廣順、定番等地招撫了六百八十多個寨子。不久，在永寧、永豐、安順等地招撫了一千三百九十八個苗寨。貴州西、北、南三面的局勢逐漸穩定了下來，鄂爾泰便集中兵力向東面的苗嶺山脈和清江、都江流域進攻。
根據鄂爾泰的說法，這裡的苗患更甚於土司，對這裡的苗人，連貴州土司都鉗制不了。苗人地盤蔓延幾千里，在這裡盤踞著一千三百多個苗寨，古州在其正中間。
六年，鄂爾泰推薦貴州按察使張廣泗率兵剿匪。張廣泗是個實幹型人才，他帶兵深入古州地區和古州江流域，雷山縣地區、九股河上游地區以及丹寨縣等地區，也都被張廣泗給降服了。張廣泗拿下這些地盤後，在這裡設置了廳縣，安排了同知等官員處理民事，並在各地駐設官兵。
古州和台拱等地設置流官之後，土司的勢力依然不可小覷，還沒平定多久，苗人幾次想暴動。雍正覺得，苗人如此不安分，一定是缺少教化，便安排幾個大官到貴州去訓導，可惜沒有任何效果。
第二年，古州和台拱還是發生了叛亂。叛亂者以古州和台拱為中心，攻陷黃平，洗劫凱里，圍困丹江廳，氣勢洶洶。雍正命哈元生為揚威將軍，董芳為副將軍，領兵剿匪。七月，雍正命刑部尚書張照為總理苗疆事務大臣，還讓允禮、弘曆、弘晝、鄂爾泰、張廷玉等人協助張照處理苗疆事務。
張照到任之後，反對鄂爾泰的改土歸流政策，密奏雍正，改變改土歸流政策，放棄苗疆，所謂放棄不是允許其獨立，只是說不插手苗疆的內部事務。張照還拉攏哈元生一起彈劾鄂爾泰，哈元生是鄂爾泰一手提拔起來，不願做這種忘恩負義的事情。張照轉而拉攏董芳，不斷在雍正面前誇獎董芳，詆毀哈元生。
張照是才名滿天下的大學士，對軍事一竅不通，他來到苗疆後，整天就想怎麼搞垮鄂爾泰，心思很少用到正事上面來。在張照的理論轟炸下，雍正逐漸對改土歸流的政策產生了動搖，到後來，他已經完全相信了張照的話，認為改土歸流不是一個好政策。
乾隆即位後，罷免張照，重用張廣泗，最終完成了改土歸流的改革。
雲南的土司也相當猖狂，烏蒙、鎮雄、東川三個土府地域遼闊，土司勢力強悍。這三個府以前都屬於雲南，朱元璋收取天下後，將這三府劃歸四川。明朝曾經打算在鎮雄實行改土歸流政策，後來因為當地的土司隴氏反對而作罷。康熙三十一年，清政府也準備對東川實行改土歸流，但由於撼不動土司的利益，改革徒勞無功，流於形式。
雍正四年三月二十日，鄂爾泰建議雍正將東川再次劃歸雲南，得到雍正的同意。雍正讓總兵劉起元駐紮在東川，隨後鄂爾泰奏請馬龍州知州擔任新任的流官知府。就這樣，在東川成功地實行了改土歸流，無非是增加了兩種東西，一個是軍隊，一個是衙門。
接下來輪到烏蒙和鎮雄了，烏蒙的土司是祿萬鍾，鎮雄的土司是隴慶侯，兩個人年紀都比較小，所以真正的權力掌握在他們的叔叔祿鼎坤和隴聯星手中。鄂爾泰讓劉起元招降祿鼎坤，祿鼎坤被招降後，祿萬鍾邀請隴聯星一起攻打祿鼎坤。鄂爾泰遂派哈元生支援祿鼎坤，接連攻破關隘，祿萬鍾敗退到鎮雄。鄂爾泰又招降隴聯星，隴聯星投降後，祿萬鍾和隴慶侯等人逃到四川，後來也投降了。
就這樣，烏蒙和鎮雄也實行改土歸流政策，哈元生因為屢建戰功，很快就升為雲南提督。
當然，在改土歸流的過程中，叛亂是家常便飯，但也沒有能阻止新政策的步伐。從雍正四年到雍正去世，接近十年的時間，基本上在雲南、貴州、廣西、四川、湖南、湖北六省完成了改土歸流改革。