對於土司問題，朝臣們有各自不同的看法，廣西巡撫李紱認為土司固然可惡，但也是維護少數民族穩定的一種力量，所以，現在還沒到推行改土歸流的時候。
雍正對土司的惡行深惡痛絕，他屢次對雲貴等省的提督談到土司的惡性，讓他們加強對土司的管理，當然，雍正並沒有提出具體的「加強」措施。
雍正三年，雲貴總督高其倬要在貴州貴陽府廣順州仲家族的村寨邊建營房，還準備增加防汛設施，這無疑涉及拆遷。當地的土司不肯合作，用大石頭堵住路口，不讓清軍建立營房。當時，署理貴州巡撫石禮哈和提督馬會伯都想用兵，不過雍正沒有批准，他認為兩人雖然有道理，但擔心他們年輕孟浪，怕他們沒處理好事情，反而惹出更大的事情來，所以叮囑他們千萬不要輕舉妄動。
後來，雍正派何世璂為貴州巡撫，何是招撫派，他認為用兵只會把事情鬧僵，只有招撫才行之有效。然而，何世璂上任之後，沒看他有什麼招撫絕招，一無所成。
三年冬，雍正任命鄂爾泰為雲南巡撫管雲貴總督事。不久，召高其倬回京，詢問他關於少數民族的意見。高其倬主張出兵，高其倬實在是太了解土司了，這些土司無法無天，除了武力他們什麼都不買賬。第二年春，雍正詢問鄂爾泰的意見，鄂爾泰來到雲南後，掌握了第一手資料，他親眼看到一些土司燒毀清軍營房。鄂爾泰也主張用兵：「窮究到底，殺一儆百，讓他們不敢再犯。」
雍正很看好鄂爾泰，認為他是才德兼優的大臣，一定能夠擔負這個使命，便同意了他發兵。
在長期的用兵過程中，鄂爾泰對土司問題看得更加透徹了。九月，他正式提出改土歸流的建議，鄂爾泰說：「這些土司互相殘殺，互相掠奪，不少無辜的漢人被害，屬民們生靈塗炭，這是邊疆大害，不可以不除。只有實行改土歸流才能一勞永逸地解決這個問題，如果只是擒拿首惡，也不過是治標不治本。」
鄂爾泰還提到改土歸流有失敗的可能性，很容易引起群眾的不滿和朝臣的批評，所以，這件事要做好必須殫精竭慮。如何改呢？鄂爾泰提出了一些具體的建議：「計擒為上策，兵剿為下策；令自投獻為上策，勒令投獻為下策。」對於投獻的人，只要沒收他的田賦就行了，根據他的家庭人口，給予一定的補償，並授給他們終身的官職，以資鼓勵。這些措施目的是讓土司懂得反抗不如歸順。
雍正對改土歸流政策的認識有一個過程，從最開始不贊同到調查研究，再到最後贊同。這個過程離不開他認真聽取臣下的意見，能夠從實際出發考慮問題。