前面說道，雍正二年時，岳鍾琪曾經打敗羅卜藏丹津。羅卜藏丹津帶著兩百人逃到準噶爾，被策妄阿拉布坦所收容。清政府再三索取羅卜藏丹津，策妄阿拉布坦卻始終不肯交出來。一時間，清軍和準噶爾在邊境地帶對峙起來，氣氛緊急，劍拔弩張。
策妄阿拉布坦死後，他的兒子噶爾丹策零接替。雍正決定一鼓作氣解決準噶爾問題，在西藏問題上，雍正習慣將西藏問題和準噶爾問題一起考慮。雍正說：「西藏和準噶爾的事情，跟安南（越南）、俄羅斯等海外國家不一樣，其關係到內蒙四十八旗，還有西海蒙古、喀爾喀蒙古人的問題。準噶爾一天不安靜，西藏的事情一天就辦不好，西藏問題如果沒有處理好，蒙古部落肯定心懷二心。這是國家社稷的大問題啊！」
在雍正看來，西藏和準噶爾關係非常密切：準噶爾安穩了，西藏這邊也不會生事；準噶爾如果很不平靜，那麼西藏這邊也會有動蕩。雍正認為，之所以這樣，主要是因為喇嘛教，不論準噶爾還是西藏人，都相信喇嘛教，換句話說，達賴是他們的宗教領袖。只有達賴才能控制局面，所以一旦發生混亂，各方勢力都爭奪達賴。
雍正決心抓住機會，趁著西藏平定、策妄阿拉布坦去世這樣的好機會，出兵準噶爾。雍正讓岳鍾琪做好準備，兵分兩路，準備討伐準噶爾。
準噶爾是一個游牧民族，擅長騎兵，機動性很強，歷來討伐他們就很不容易。首先，清軍要想跟他們作戰，必須有強大的騎兵。騎兵好找，但如何保障軍需是個問題。前線跟內地距離太遠，又多是荒漠地帶，糧食很容易受到敵人的截擊。雍正最開始打算用馱馬運輸，但成本太大，行動不方便，很容易成為敵人的目標。
岳鍾琪提出了自己的建議，他提出車戰的辦法，具體思想是將運輸和作戰合為一體，並且通過車體作為掩護。按岳鍾琪的說法，戰車長五尺，寬兩尺，一個人推，四個人保護，大家輪流推。一車五人，五車為一伍，五伍為一乘，四乘為一隊，十隊為一營。軍需放在車上，駐防時，大家以車作營盤，打仗時，兩隊衝鋒陷陣，三隊緊跟著，其餘五隊圍繞著營盤環護，堵殺沖入大營的敵軍。
雍正接受了這個建議，下令打造戰車，並密令各省督撫選出一些士兵，充作運糧兵。
七年二月，準備工作到位後，雍正曆數準噶爾首領的罪惡，說新繼任的噶爾丹策零毫無悔改的意思，對準噶爾用兵是完成聖祖未竟的事業。雍正照例走走形式，讓大家討論一下該不該用兵，儘管反對意見很多，但只是個過場。
三月，雍正下令兩路大軍同時出發，討伐準噶爾，北路由靖邊大將軍傅爾丹率領，屯兵阿爾泰山，西路由寧遠大將軍岳鍾琪率領，雙方會師後攻打伊犁。
噶爾丹策零聽說岳鍾琪率軍兩萬出哈密，派出使者來到岳鍾琪的軍營，使者告訴岳鍾琪，羅卜藏丹津密謀殺害噶爾丹策零，陰謀未遂被抓，噶爾丹策零準備把他獻給清朝。噶爾丹策零的意思很明顯，希望雍正不要發兵，自己會跟清廷好好合作的。
岳鍾琪將這個情報告訴了雍正，並聲稱自己懷疑噶爾丹策零的誠意。雍正想了想，讓兩大將軍暫停行軍，並召他們回京，面授方略。然後，雍正給噶爾丹策零發了一個諭令，讓他請求封號，並將他所有的部下都編旗分佐領。
雍正的諭令毫無疑問讓噶爾丹策零非常惱火，正好，岳鍾琪回京了，噶爾丹策零率軍兩萬襲擊了科舍圖的清軍，來個先下手為強。岳鍾琪和傅爾丹回京後，提督紀成斌和副將軍巴賽分別暫時代管他們的將軍印。科舍圖距離紀成斌的大營比較遠，紀成斌完全沒有料到噶爾丹策零會來這一手，噶爾丹策零乘虛進入科舍圖牧場大肆劫掠，總兵樊廷、副將冶大雄率軍兩萬趕來救援，後來，張元佐總兵也趕過來救援。激戰了七天七夜，總算奪回了大部分的駱駝和馬匹。
雍正嘉獎了樊廷等人，將紀成斌降為副將，並讓北路軍的副將查弼納趕過來支援西路軍。科舍圖的失利應該說是雍正決策的失誤，他誤信噶爾丹策零之言，將主帥召回，導致軍機延誤。但雍正卻責怪岳鍾琪，甚至懷疑他搞鬼。九年二月，岳鍾琪奏議軍機事宜十六條，雍正卻說他的奏摺無一可取之處。後來，又派人監視岳鍾琪，時常責備岳鍾琪，說他帶著兩萬九千人馬，一味防守，不知禦敵，調度無方。五月，雍正任命石雲倬為西路軍副將，名義是協助岳鍾琪，實際是牽制他。滿人查郎阿在岳鍾琪出兵的時候，就代理川陝總督，岳鍾琪事實上又受到查郎阿的限制。事實上，此時的岳鍾琪受到重重的監視，這無疑打擊了他的積極性。
九年六月，噶爾丹策零得知西路軍牲口匱乏，不能進攻，便派遣大小策凌敦多布率軍三萬進攻北路軍。進攻之前，噶爾丹策零先派人向傅爾丹詐降，傅爾丹有勇少謀，未能核實敵情，就輕信了他們，由準噶爾人領頭，率領一萬人前進，企圖擊破博克托的准部。副都統定壽、海國、永壽這些人雖然極力苦諫，說敵人可能是使詐，不要輕敵前往，但傅爾丹就是聽不進去。
六月二十日，傅爾丹率領軍隊進入敵人的埋伏圈，兩萬多準噶爾部隊對清軍發起了猛烈的攻擊。當傅爾丹派出增援部隊時，清軍的前鋒部隊已經被擊潰。這一戰清軍大敗，退到科布多。
失敗的消息傳到雍正耳朵里，雍正為了掩飾，不但沒有怪傅爾丹，反而說：「這一戰損兵敗績，固然有罪，但朕也有不是，是朕在條件不允許的情況下逼著傅爾丹出戰，所以寬恕傅爾丹的過錯。」
雍正甚至把自己的腰帶賜給傅爾丹，說：「朕知道你們很憤怒，知道你們很想報仇，但還是希望你們理智。敵人即使來了，也不要輕易追擊，如果能堅守，你們就算是有功勞了。如果科布多難守，可以退到察罕瘦爾。」
大勝清軍之後，噶爾丹策零的野心不斷增長。九月，噶爾丹策零讓小策凌敦多布率領六千騎兵，作為先鋒，向克魯倫河方向進攻。大策凌敦多布擁兵兩萬，作為後援。喀爾喀親王丹津多爾濟率領部眾阻擊，重創小策凌敦多布，斬殺了敵方的巴圖魯。
傅爾丹失利後，岳鍾琪請求由自己派兵進入烏魯木齊，雍正經過反覆權衡，最終同意了。岳鍾琪兵分三路，攻向烏魯木齊，烏魯木齊附近的敵人紛紛遷徙，死傷甚重。
十年二月，噶爾丹策零派六千人騷擾哈密，其時，岳鍾琪屯兵巴里坤，擁兵三萬。當時是冬天，大地積雪，不方便作戰。哈密那邊發來求救信號，岳鍾琪命曹勷前去救援，曹勷在二堡附近打敗敵人。岳鍾琪又讓石雲倬截斷敵人後路，豈料石雲倬動作遲緩，讓敵人提前逃走了。
事後，岳鍾琪彈劾石雲倬，結果雍正反而責備岳鍾琪，說他思想游移導致戰守混亂，要他好好反省以觀後效。鄂爾泰也趁機彈劾岳鍾琪，說他身為大將軍，在邊疆隻手遮天，然而智謀不足以料敵，勇敢不足以在戰場上殲滅敵人，玩忽職守。雍正一聽，連鄂爾泰也說你不好，削去岳鍾琪公爵和少保頭銜，降為三等侯。後來，雍正又把岳鍾琪召回京城，當面指責他：「掌管國家軍旅重務，卻把這些事情視同兒戲，而且賞罰不公，號令不一，平時不體恤將士，也不善於接受別人的建議，為人剛愎自用。」
隨後，雍正命查郎阿代理岳鍾琪的職務，查郎阿是滿人，雍正等於是把西路軍最高統治權交到滿人手裡。雍正任命張廣泗為查郎阿的副將，張廣泗到了以後，說岳鍾琪的車騎營戰法根本不適合西北地區，而且岳鍾琪在統兵作戰這方面也毫無章法。查郎阿也對岳鍾琪很不滿，於是參劾了岳鍾琪、紀成斌、曹勷等人，雍正下令將紀成斌、曹勷這些人立斬于軍營，至於岳鍾琪，先囚禁起來。
雍正十二年，大學士奏議將岳鍾琪處死，雍正沒有作出決斷。
十年六月，噶爾丹策零率領大軍越過阿爾泰山，傅爾丹在烏遜珠勒與其會戰，結果大敗。噶爾丹策零於是輕鬆來到杭愛山，搶奪了哲布尊丹巴呼圖克圖的土地。八月，噶爾丹策零襲擊喀爾喀蒙古中最強大的部落策凌部落，策凌是大清的額駙、和碩親王、喀爾喀大札薩克，駐在本博圖山。當他聽說噶爾丹策零偷襲自己的領地，掠奪自己的子女時，非常憤怒。他割斷頭髮和馬尾誓天，親率兩萬蒙古兵馳援，同時急報順承郡王錫保，請求他同時出兵，兩路夾擊敵人。
策凌帶著兩萬人半夜時分從小道上山，到了第二天早上，猶如一群天兵天將出現在準噶爾部隊的上面。策凌的人馬從山上瘋狂往下沖，很多準噶爾人還在睡覺，來不及準備就被踩得人仰馬翻。準噶爾的部隊無法應戰，只能倉皇逃竄。
策凌窮追不捨，一直將噶爾丹策零追到鄂爾渾河邊的額爾德尼昭（光顯寺），這個地方左邊是大山，右邊是大水，無路可逃。策凌見狀，率領大軍對準噶爾進行一番殺戮，殺死了上萬敵人，山谷里到處是屍體，河水幾十里都是紅色。
到了夜晚，噶爾丹策零率軍突圍而出，從推河逃走，什麼輜重牲畜啊，都來不及帶走，全部都塞到山谷，以阻礙追兵。
策凌和