青海問題解決後，便是西藏的問題。
在雍正剛繼位的時候，四川巡撫蔡珽上奏從西藏撤兵，根據蔡珽的說法，這樣做的目的是安定八旗的人心。雍正認為這種想法極為荒唐和孟浪，用雍正的原話說就是「以皇考舉行此事為非」。有意思的是，這段歷史是篡改過的，雍正當時其實是贊同蔡珽的看法的，後來局勢發生變化，為了體現自己的英明，雍正改寫了這段歷史。
實際上，在元年的時候，他已經將駐藏軍隊撤到四川的察木多（今西藏自治區昌都）。所以說，雍正剛繼位的時候，對西藏的控制不僅沒有加強，反而放寬了。
雍正初年，西藏內亂醞釀，雍正將鐵手伸向西藏，加強對這個地區的控制。這一年，西藏五個噶倫矛盾衝突越來越激烈，大家知道噶倫是康熙設置的官位，用來分化西藏的勢力。五個噶倫又分成兩派，一派以貴族康濟鼐和頗羅鼐為代表的後藏勢力，另一派以阿爾布巴、隆布鼐、扎爾鼐為代表的前藏勢力。七世達賴的父親索南達傑支持前藏勢力，剛開始，兩個派別都忙於防範準噶爾，所以彼此的矛盾掩蓋了起來。
平定青海叛亂後，雍正故意提拔康濟鼐，讓他騎在阿爾布巴等人的頭上。作為一名貴族，阿爾布巴地位比康濟鼐高，實力也更強，甚至得到了七世達賴父親的支持，雍正這麼做分明是挑起他們內部矛盾。阿爾布巴公開表示：「我跟康濟鼐的功績一樣，同受大清皇帝恩寵，名聲和地位都一樣，如果讓我給別人提鞋，我可不願意。」
雍正三年六月，駐軍西藏的四川總兵周瑛奉旨回京，第二年，駐紮在西藏的禮部侍郎鄂賴也奉旨回京。結果，西藏的事情就完全交給西藏人自己處理，佛父索南達傑趁機干政。
三年十一月，雍正派遣鄂齊、班第等人再次入藏，阿爾布巴等人得知這個消息，親自到察木多迎接。四年六月，鄂齊等人抵達拉薩後，宣布康濟鼐為「總理」，阿爾布巴充當康濟鼐的下手，為「協理」。鄂齊還表示雍正希望康濟鼐和佛父索南達傑一同進京。
對此，阿爾布巴很不滿，佛父是同情阿爾布巴的，也很不滿。其時，川陝總督岳鍾琪派遣參將王剛隨鄂齊入藏，王剛回來後，告訴岳鍾琪：「阿爾布巴等人和康濟鼐見面時，雖然極為恭謹，看上去也特別和氣，其實這些人私下裡沆瀣一氣，故意把康濟鼐孤立了起來。欽差剛到西藏時，達賴的父親看上去特別高興，踉蹌迎接，後來聽說要讓他和康濟鼐一起赴京，馬上又稱病，推辭不去。很明顯，阿爾布巴這些人和他們的領導康濟鼐貌合神離，有叛亂的傾向。」
岳鍾琪第一時間將這些情報轉達給雍正，雍正擔心阿爾布巴這些人在西藏鬧事，更害怕他們和準噶爾勾結，雍正指示岳鍾琪要做好準備。此外，雍正接受鄂齊的建議，革掉隆布鼐、扎爾鼐兩人的噶倫職位，孤立阿爾布巴。
五年正月，雍正正式任命內閣學士僧格和副都統馬喇為駐藏大臣，阿爾布巴得知這個消息後，決定先幹掉康濟鼐和頗羅鼐兩人，再造成西藏控制在自己手中的既成事實，迫使清政府承認。
六月十八日，阿爾布巴勾結隆布鼐等人，經過精心的策劃，借口噶倫議事的機會，在大昭寺中將康濟鼐一伙人殺死。不久，他們又進攻後藏的頗羅鼐。
七月二十日，雍正派出的使者來到距離拉薩只有三天路程的地方，阿爾布巴派人去迎接說：「現在七月是黑運月，此時入藏非常不吉利，你們還是八月來吧。」阿爾布巴想拖延時間，打敗頗羅鼐。
後來八月來了，阿爾布巴也沒有打敗頗羅鼐，只好十里外跪迎欽差大臣。僧格和馬喇到了後，連忙詢問康濟鼐被殺之事，七世達賴稱這件事情跟自己沒有關係，阿爾布巴則顧左右而言他，說頗羅鼐是個叛徒，不出幾天就可以把這個人擊敗。
僧格等人了解到實情，立即彙報給雍正帝。雍正命令陝西、四川、雲南等各路兵馬做好準備，以備調遣。雍正認為，只要出兵西藏，將達賴喇嘛遷到西寧，西藏就可以永遠無事。後來，他深入考慮到，如果出兵的話，萬一阿爾布巴狗急跳牆，挾持達賴逃亡準噶爾，那等於是讓事情進一步惡化。所以，雍正決定暫不出兵，岳鍾琪不贊同這種觀點，他深知事情的嚴重性超出了雍正的預料之外。
岳鍾琪說，阿爾布巴勾結達賴及其父親，他們狼狽為奸，形成黨派，為了自身的利益，公然殺害朝廷命官，如果這樣的人都不除掉，西藏後患無窮。岳鍾琪建議在春暖時節派大軍入藏，同時發兵討伐準噶爾，同時解決兩個大麻煩，岳鍾琪還建議先解除阿爾布巴的職務。不過，鄂爾泰並不贊同這種看法，他認為「以撫為上，剿殺次之；羈縻為上，駕馭次之」。
雍正陷入了極大的矛盾之中，他既不贊同鄂爾泰的主張，又不敢按岳鍾琪所說的出兵，他非常擔心阿爾布巴挾持達賴潛逃準噶爾。猶豫來猶豫去，他只好讓岳鍾琪派人前往拉薩，告訴僧格、馬喇等人不要受阿爾布巴的迷惑，要心裡明白，凡事偏袒頗羅鼐一方。
十一月中旬，事情出現了轉機。阿爾布巴因屢屢不能戰勝頗羅鼐，居然請求清政府出兵入藏。接到這個消息，雍正喜不自禁，立即答覆說來年春天就出兵入藏。沒多久，準噶爾的首領策妄阿拉布坦逝世，真是天助雍正。
六年五月，清軍分南北兩路向西藏進發，北路由左都御史查郎阿、副都統邁柱率領八千四百人，南路由四川總兵周瑛率領四千人，兩支部隊同時入藏。六月十五日，周瑛接到消息，頗羅鼐已經佔領了拉薩，擒拿了阿爾布巴等人，正等候清朝官員過來審理呢！
清軍進入西藏後，按照雍正說的，誅殺了叛亂分子阿爾布巴等人，頗羅鼐被封為貝子，代替康濟鼐，總理西藏事務，雍正還特地賞他三萬兩銀子。
平定了阿爾布巴叛亂之後，清朝進一步加強了對西藏的控制和管理。清朝一方面將西藏的政務委任於頗羅鼐一身，另一方面在西藏設立辦事衙門，派遣駐藏大臣兩人協助頗羅鼐管理。此外，還留了兩千士兵在西藏。
派遣駐藏大臣的同時，清廷還決定將七世達賴父子移送到內地，雍正已經清醒地意識到，達賴父子是作亂的根源。
青海叛亂雖然平定了，但是準噶爾那邊又不安分了。策妄阿拉布坦死後，他的兒子噶爾丹策零繼位。噶爾丹策零揚言說要送回康熙年間擄走的拉藏汗的兩個兒子，換句話說，就是要干涉西藏內政。