平定青海叛亂後，年羹堯提出了十三條善後建議，雍正全部接受了。這些建議分別是：
一、根據青海和碩特諸部對戰爭的不同態度，分別給予獎賞或者懲罰，恩威並用，以此警示那些反覆無常的部落。
二、仿照喀爾喀蒙古，實行札薩克制度，給和碩特各個部落制定游牧地，編為佐領，授予佐領為札薩克。讓他們內部不能互相征戰，也不能反抗中央。各個部落每年舉行一次會盟，盟長由大清皇帝制定，不許他們私自推選。
三、以前和碩特人進貢沒有規律，現在將他們的部落分成三班，三年一班進貢一次，九年一個輪迴，進貢時馬匹駱駝自備。和碩特人和內地的貿易，指定在西寧和西川口外的日月山進行，每年交易四次。
四、在青海的喀爾喀蒙古人，以前受到和碩特的統治，為了分化和碩特，允許喀爾喀設置佐領，建立札薩克，聽命於中央政府。
五、青海的藏人原本受制於和碩特，需要定期繳納賦稅。現在應該把這些藏人統一編戶籍，設立衛所，由我們來收稅。再挑選一部分藏人任命為千戶、百戶、巡檢，他們負責幫我們收稅，我們收的稅最好要比他們之前交給和碩特部落的要少，以便撫慰。
六、應該安撫達賴和班禪這些人。譬如，每年賞賜五千斤茶葉給達賴，班禪兩千五百斤。過去藏人和內地貿易，要兩處交稅，既要交給清軍，又要交給達賴。為了促進貿易的發展，不如兩地都免收稅。
七、整頓青海的喇嘛寺。喇嘛寺是這次叛亂的一個重要力量，而且這些喇嘛寺特別大，多的有幾千人，少的也有五六百人。這些喇嘛收錢收糧，很容易成為叛亂勢力的溫床。所以，最好規定每個喇嘛寺里不準超過三百人，而且不能收稅，他們的衣食住行由政府解決。
八、從西寧到北川口、大通河、野馬河、甘肅扁都口，這些地方應該沿途建設一些城堡和土牆，嚴禁蒙古人進入這裡游牧。
九、在西寧這些地方應該增加駐軍，以便隨時彈壓。
十、在藏人居住的許多地方，應該設置駐軍。
十一、設立一些新的軍營，相應地減少一些舊的軍營人數。
十二、在西寧和甘州、涼州之間，屯田種地，將直隸、山西、河南、山東、陝西等流放的犯人押到這裡幹活。
十三、年羹堯從西寧撤回西安，辦理川陝總督的事務，岳鍾琪留兵四千，負責善後。
年羹堯還提出禁止青海十二事，雍正認為他的建議周密有效，都採納了。平定叛亂，再加上這些善後措施，使得清政府有效地控制了青海。在康熙時期，中央政府對青海的控制還停留在間接統治的層次上。
青海平叛雖然名義上解決青海蒙古人叛亂的問題，但其實也涉及西藏問題。青海與西藏毗連，穩固了青海，有助於解決西藏問題。成功解決青海叛亂問題，固然有年羹堯、岳鍾琪等人的大功，但也離不開雍正的英明決策。雍正一開始想通過和平手段解決問題，可惜行不通，之後便堅決主張武力，哪怕羅卜藏丹津再三請罪請求息兵，雍正都不答應。這次勝利，充分顯示了雍正用人的高明，他將大權委任給年羹堯，同時又給岳鍾琪充分的自主權。比如，岳鍾琪曾經上奏給雍正，說軍情千變萬化，請求不必事事先請示年羹堯再行動。雍正批道：「朕信得過你，凡事都以持重為上。西邊有年羹堯和你兩位，朕可以高枕無憂了。希望你們快點成功，早點傳來捷報。」
如果不是雍正充分放權，信任年羹堯和岳鍾琪這樣的人，平叛不可能如此順利。