康熙親征噶爾丹時，固始汗後代八家台吉謁見了康熙。康熙封他為親王，並授予部落里其他的人一定的爵位，這實際上象徵著青海和碩特部受到清朝的管轄。
康熙末年，固始汗子孫的勢力重新崛起，羅卜藏丹津承襲了親王爵位，以固始汗嫡孫自居，謀求成為青海和碩特部落的首領。為了達到自己的目的，羅卜藏丹津不惜和策妄阿拉布坦勾結。
雍正元年夏，羅卜藏丹津在察罕托羅海召集各個部落的首領，要大家放棄清朝的爵位。羅卜藏丹津自稱達賴渾台吉，要求統馭各個部落。當然，有人要統一，有人肯定不樂意，和碩特的另一個親王察罕丹津和郡王額爾德尼額爾克托克托奈不贊同，羅卜藏丹津就派兵攻打。
察罕丹津等人逃到甘肅河州，雍正妥善地安置了他們。
針對這場叛亂，雍正採取了兩手政策。一面派人給羅卜藏丹津宣布諭旨，讓他罷兵修好，如果不這麼做的話就會懲治；另一方面，雍正命令年羹堯做好準備，隨時準備出兵平叛。
羅卜藏丹津對雍正的警告置若罔聞，反而將責任全部推到察罕丹津等人頭上。隨後，他假裝要罷兵，把雍正的使者常壽誘惑到察罕托羅海，囚禁起來。此外，羅卜藏丹津還和塔爾寺大喇嘛察罕諾門聯繫，希望他能支持自己。塔爾寺是喇嘛教的聖地，察罕諾門信徒眾多，得到他的支持意味著勢力的大增。察罕諾門選擇支持羅卜藏丹津，頓時，歸附羅卜藏丹津的人多達二十萬。
得到察罕諾門的支持，羅卜藏丹津如虎添翼，叛亂迅速在青海蔓延，甘肅、四川一帶人心也不穩。
雍正元年十月，羅卜藏丹津大軍對西寧府周圍的南川申中堡、西川鎮海堡和北川新城發動了大規模的進攻。年羹堯在奏摺中向雍正反映：「叛軍包圍南川、西川、北川，每處都聚集著賊眾兩三千人，賊眾攻城放火，無所不為。」
警報傳到京城，雍正決心用武力平叛，儘管這時國內局勢不是很穩定。此時，雍正最能仰賴的就是年羹堯了，他任命年羹堯為撫遠大將軍，延信為平逆將軍，岳鍾琪為奮威將軍。雍正諭令邊防的大臣、總督、巡撫等等全部聽從年羹堯的調遣。這時，雍正和年羹堯正處於蜜月期，兩人關係非常好，難怪有人懷疑雍正是年羹堯的兒子。
年羹堯接受命令後，立即率軍從甘肅來到西寧。隨後，年羹堯對戰爭作出了周密的部署，派兵駐守在永昌和布隆吉河一帶，防止叛軍作亂；又分兵守在巴塘、理塘、黃勝關等地方，截斷敵軍的進藏通道。年羹堯還請示雍正讓靖逆將軍富寧安屯兵吐魯番，隔斷叛軍與準噶爾部落的聯繫。
布置妥當之後，年羹堯下令進攻西寧周邊的叛軍，一一將羅卜藏丹津的黨羽擊潰。羅卜藏丹津看到部眾這麼不堪一擊，不由得發了慌，主動送還清廷的使者常壽，向雍正請罪，希望清廷能罷兵言和。
年羹堯雖然有調度權，但這事不好自作主張，便請示雍正。雍正堅定地說，不可以求和，用武力消滅叛徒。
雍正作戰態度堅決，十二月，許多蒙古的部落紛紛投降清朝，總計有十萬餘眾。雍正二年正月，岳鍾琪先後平定了作亂的喇嘛，在攻打郭隆寺時最為激烈。郭隆寺的喇嘛素來和羅卜藏丹津關係不錯，抵抗得非常頑強。岳鍾琪是一個能征善戰的將領，在他的指揮下，斬了幾千個喇嘛的首級，其餘的喇嘛紛紛逃到山洞裡。最後，岳鍾琪用火堵在山洞口，把他們活活熏死了。清軍以三千的兵力擊敗上萬喇嘛軍隊，屬於以少勝多，連年羹堯都誇獎岳鍾琪厲害。
二年二月，年羹堯召集各路將領商議，年的意思是調兵兩萬，從西寧、松潘、甘州、布隆吉河四個方向會攻。岳鍾琪提出意見說，青海地域遼闊，敵軍不下十萬，如果我軍分散的話，反而會四面受敵，不如趁著春草未生，派出五千精兵，直搗敵巢。
雍正經過慎重考慮，決定採納岳鍾琪的建議，讓岳鍾琪負責這次作戰。二月初八，岳鍾琪領軍出擊，經過一晝夜的時間，找到了敵人的巢穴。此時，敵人還在睡夢中，聽說敵軍偷襲，倉皇之態可想而知。羅卜藏丹津為了逃命，居然穿上女人的衣服，連夜逃往準噶爾。岳鍾琪窮追不捨，每天追三百里，一直追到桑羅海，最後無路了，才歸還。雖然岳鍾琪沒有抓住羅卜藏丹津，但俘獲了他的母親和妹妹，還有其他一些部落的首領。
這場戰役歷時十五天，殺敵八萬，收降數萬，獲得牲口和武器無數。雍正說這次勝利是十年以來從未經歷的奇功。雍正很高興，封年羹堯為一等公，岳鍾琪為三等公。
不久，年羹堯又肅清了叛軍的殘部。