滿漢矛盾在整個清朝一直存在著，在清初和清末最為突出。雍正曾經感嘆，其他朝代結束了，改朝換代時前朝宗室都會對新朝表示臣服，唯獨清朝取代明朝，許多不法分子打著明朝宗室的名義造反。
雍正元年九月，雍正說他發現了一道康熙不曾發出的諭旨，諭旨稱讚朱元璋統一華夏，文韜武略，連唐宗宋祖都比不上，所以派人尋訪朱元璋的後裔，供養其後代。第二年，雍正找到正定知府朱之璉，說他是明朝後裔，讓他負責明朝陵墓的祭祀。
朱之璉是朱文元的後代，朱文元是明朝宗室簡王的後代，在松山戰役中被俘，入了八旗。雍正拿朱之璉做文章，就是為了表達滿漢一家的思想，讓大家擁護清朝的統治。
在雍正朝，仍然有漢人借朱明的名義造反。甘鳳池兩次被抓住，釋放後，堅持不懈地從事反清活動，世人風傳甘鳳池氣功了得武藝高強，越傳越神，很快甘鳳池就成了反清的領袖。甘鳳池身邊有一個叫周昆來的人，本姓朱，據說是明朝宗室的後人，曾在蘇州見過朱慈煥，互相認了親。
李衛及時發現了甘鳳池的活動，安排間諜打入對方內部，甘鳳池等人相繼被逮捕。
雍正一手打擊反清運動，一手抬高明朝後裔的地位，意在向世人表明，大清和明朝後代並不是水火不容的，造反者純粹是無理取鬧。
直隸一帶，滿漢的矛盾尤為突出。因為這裡是旗人的聚集地，旗人仗勢欺人，與漢人經常發生衝突。
雍正元年，直隸巡撫李維鈞密奏房山縣的庄頭李信和宛平縣的庄頭索保狼狽為奸，霸佔地盤，搶奪居民的牲口，還發放高利貸，勒逼百姓，搶佔民女，毆民致死。雍正讓李維鈞嚴查，為受害百姓出氣，雍正清楚，像這樣的事情往往與上面的王府有關聯，所以告訴李維鈞不必有任何忌諱。
儘管如此，李維鈞還是有所顧忌。李維鈞是漢人，如果懲治旗人，擔心遭到王公貴族們的報復。雍正再次表示，讓他放手查辦，秉公執法。在雍正的大力支持下，李維鈞才放開手腳，處理作案的分子。
對於違法作惡的人，雍正向來不姑息，哪怕是皇親貴族八旗子弟。康熙末年，旗人許二打死漢人劉國玉，雍正剛繼位，本來新皇登基一般都會赦免犯人。但雍正卻不赦免許二，他認為許二仗著自己是旗人行兇作惡，情節惡劣，如果不處決的話只會縱容更多的旗人犯罪。
清軍入關後，旗人和漢人在法律上從來沒有平等過。漢人如果犯了流放罪必須老老實實地充軍，旗人卻可以改為枷號、杖責，實際是減輕刑罰。雍正覺得這種政策跟自己的法制思想不太一致，遂召集大臣商議讓旗人和漢民同等處置，廢除折刑法。
一些大學士提出反對意見說，這個法律雖然不太好，容易讓旗人犯罪，但是滿人和蒙古人缺乏謀生之道，如果把他們發配，他們恐怕很難生存下去。雍正一聽，沒辦法，還是按照既有方針辦事吧！
在官僚集團中，也存在民族歧視。滿洲官員瞧不起漢族官員，這是清朝歷來的制度決定的，滿官比漢官享有更多的特權。雍正對此卻說：「在朕的眼裡，滿漢官員皆為一體。朕對臣下極為公平，從來不看其他的東西，就看這個人能力怎麼樣。」
清朝的大學士、六部尚書、侍郎等高官，滿漢都可以擔任，但主事的，卻一定是滿人。譬如，軍機大臣可以是漢人，但首席軍機大臣一定得是滿人。當然，也有一些例外，像張廷玉這樣深受雍正器重的漢人，就可以擔任主事的，比滿人尚書的職位還高。
雍正六年，上朝的時候，張廷玉不敢走在滿人傅爾丹的前面，雖然論官職張廷玉要高一級。張廷玉向雍正請求讓傅爾丹走在自己前面，但雍正不同意，一定要張廷玉走在前面。
對於滿漢官員的矛盾，雍正並沒有過分偏袒滿人。譬如，楊文乾擔任廣東巡撫的時候，廣州將軍石禮哈和官員阿克敦、常賁、官達等人想謀害他，被雍正窺破，痛罵了他們一頓。
雍正曾自豪地說：「朕治下的官員什麼樣的人都有，有滿人邁柱，也有漢人李衛、田文鏡、楊文乾，他們雖然出身不同，但都能竭忠儘力。至於那些挾私傾軋的小人，不管是滿人漢人還是蒙人，在朕這裡都得不到重用。」
雍正的潛台詞是：朕是一個非常英明的皇帝。
但清朝滿人官員佔據優勢是個不爭的事實，即使滿官是漢官的下屬，往往也瞧不起自己的上司。雍正知道這是滿人的積習，對此非常警惕。
雍正說：「天之生人，滿漢一理，其才質不齊，有善有不善者，乃人之常情，用人惟當辨其可否，不當論其為滿洲為漢人也。」
這並非雍正的真實想法，讓我們看看雍正是如何對宗室大臣說的吧：「我希望你們中能夠多一些有出息的人，如果宗室里有一個有出息的人，就等於是滿洲里有一個有出息的人。如果滿洲里有一個有出息的人，漢人里也有一個有出息的人，我一定先用滿洲里有出息的人。」
雍正用人的原則是：先把機會留給宗室，然後留給滿人，再次留給漢軍中人才，最後才留給漢民。前提是得有才能，如果宗室里沒有合適的人才，只好在滿人里挑選，滿人里沒有，就在漢軍里挑選，漢軍如果還沒有，就在漢民中挑選。
在調解滿漢矛盾方面，雍正確實作出了一些措施。但他的根本思想還是滿漢有別，維護滿人的統治地位。譬如，雍正極力維持滿族的語言文字，擔心有一天漢化後，滿洲文化會消亡。他這種擔心從某種意義上來說是一種歷史的直覺。而且，雍正禁止滿漢通婚，想維護滿洲的獨立地位和統治地位，這等於是螳臂當車，逆流而動。雍正本人就有漢人血統。