康熙後期，貪污腐敗成風，人民和國家的財產被官僚機構鯨吞，在康熙末年，國庫只有七百萬銀兩。在雍正繼位之前，由於實地調查過這些問題，事實上已經瞭然於胸。
雍正繼位之後，立即大力實行經濟改革。
一般來說，新皇繼位的時候，都會表示豁免官員的虧空。但雍正再次吃螃蟹，拒絕這麼做，以示自己對貪贓枉法深惡痛絕。雍正解釋說，豁免官員只會助長貪官污吏的僥倖心理，從而讓他們越陷越深，只有嚴厲打擊才能遏制腐敗。
上任一個月後，雍正就要求戶部全面清查虧空問題，一旦發現虧空，三年之內要如數補交完，而且不準從民間徵收苛捐雜稅。如果在規定期限內不能補足虧空，將治以重罪。補完虧空之後，如果以後還出現虧空問題，也治以重罪。
為了有效地查清虧空問題，雍正元年正月，發出設置會考府的命令。雍正把整個任務交給允祥，並對他說：「如果你不能清查，朕就另派大臣，如果大臣沒有能清查的，朕就親自查出來，絕不留漏網之魚。」
以前各部動用的錢糧，都是自行奏銷。成立會考府後，這麼做就行不通了，一切錢糧奏銷都要經過會考府的稽核，徇私舞弊的難度比以前陡然增加了不少。會考府成立三年，駁回的奏銷事件佔總事件的百分之十七。
允祥查出戶部虧空庫銀二百五十萬兩，這虧空的錢如何收回來呢？這種問題也許能難倒別人，但不在雍正的話下，雍正命令戶部歷任官僚合賠一百五十萬兩，剩下一百萬兩由戶部逐年填補。在清查中，難免涉及皇親國戚和高官巨宦，對此，雍正一視同仁，絕不徇私。十二阿哥允裪以前掌管過內務府事務，為了補足虧空，居然把家裡的東西拿到街上去賣。十阿哥允䄉補償虧空，賠了幾萬金，還沒補足，雍正直接抄了他的家。內務府官員李英貴和張鼎鼐挪用百萬兩銀子，雍正也徑直抄了他們的家。
在清查虧空的過程，雍正抄了太多的家，也因此落下了「好抄家」的罵名。
虧空先是從中央的部門查起，不久就開展到地方，許多官僚的家產被查封，譬如：湖廣布政使張勝弼、糧儲道許大完、湖南按察使張安世、廣西按察使李繼謨、江蘇巡撫吳存禮、原直隸巡道宋師曾、江蘇布政使李世仁……還有我們熟悉的曹寅和李煦……
在抄家這方面，雍正儼然是個專家，但是仍然有需要改進的地方。譬如：通政司官員錢以塏建議雍正在抄家的時候，同時抄衙門，以防止官員將財物轉移到衙門裡。雍正覺得這個建議不錯，欣然接受。雍正抄家確實出了名，當時社會無人不知無人不曉，甚至打麻將時都有了「抄家和」。
對於這些不滿的輿論，雍正沒有迴避，而是坦然地說：「如果聽任貪官斂財，將國家人民的財產肥自家子孫，那麼國法何在？又如何警示人心呢？抄了貪官的家，既是對貪官酷吏的懲罰，又可以利用這些錢作國家公事之用，有何不好呢？」
一般被抄家的官員都會被革職，這又是雍正與眾不同的一個措施。以前官員還可以留任，補足虧空。雍正有自己的看法，如果允許貪官留任，為了彌補虧空，他們必然會繼續貪污。雍正打擊貪官的力度是非常大的，雍正三年，湖南被參劾的官員超過一半。十年，擔任直隸總督的李衛上奏說：「在任三年以上的官員寥寥無幾。」
為了有效地收回贓款，雍正想了許多別出心裁的法子。譬如，他命令貪官的親戚代為賠償。雍正認為，很多貪官喜歡把贓款存放在親友家裡，而且這些人平時也參與分贓，要他們代為清償，合情合理，所以連這些人的家產都有被抄的可能。不過，這個措施牽連太廣，不得人心，四年之後，雍正就把它取消了。
在征討贓款的過程中，雍正還禁止代償。雍正元年正月，直隸巡撫李維鈞奏請該省官員幫助前任總督補清虧空，雍正堅決不同意，他說即使地方官民再富裕，錢多得沒處花，也不能為他人補漏洞，有錢大可以為地方興利。雍正看到代償存在很大的弊端，很容易成為腐敗的溫床，譬如地方官可能藉助代償和當地鄉紳勾結，也有可能藉機徵收老百姓的錢糧。
在清查虧欠的過程中，難免有許多官員畏罪自殺，對這些畏罪自殺的官員雍正反而加重處罰力度。
雍正四年，廣東巡撫楊文乾參奏李濱虧空錢糧，李濱得到消息後就自殺了。雍正並沒有因為他自殺就這麼算了，自殺的官員不少，但雍正一個也沒放過。他說：「犯官知道官職和財產保不住了，想一死了之，來個死無對證，然後把贓款留給子孫。我們決不能讓犯官的狡計得逞，犯官死了，要繼續拷問他們的家人和親友。」
應該說，雍正的政令還是執行得不錯的，但對於雍正這樣的人來說，沒有最好，只有更好。由於他以前深入官場一線，了解官員們的所思所想，他知道一些官員依然在敷衍自己，所以採取嚴猛的手段進行全國清查。
在清查的時候，雍正非常嚴厲，但是結案的時候，相對寬鬆，這是一種統治策略，讓官員存著感恩的心理。
雍正的嚴猛手段收到了很好的效果，清查工作進行了三年，各省清償了一部分虧空，有的省做得更加徹底。譬如直隸總督李維鈞在二年八月報告，說該省虧空四十一萬兩，到本年六月已經償還了二十萬兩，剩下的二十一萬兩明年保證還清。
河南的情況也很不錯，雍正二年，田文鏡擔任河南布政使，不久就升任為巡撫。田文鏡深受雍正信任，他到任後，立即清查虧空，田文鏡執法甚嚴，對貪污官員毫不容情。田文鏡在任不到兩年就彈劾了二十二人，補清了虧空。
對於田文鏡雷厲風行的作風，雍正很欣賞，雍正說：「田文鏡參劾的官員最多，鄂爾泰風格則完全不同，從來不輕易彈劾人，但兩人都有自己的絕招。」田文鏡因為工作出色，雍正將他捧為模範督撫。
雍正四年，大規模清查江西的錢糧虧空，江西各地虧空甚多，但是巡撫卻偏私，清查不力。雍正讓巡撫留在任上，派人去調查，隨後換上新任的巡撫伊都立，但伊都立「為人軟弱，好沽虛名」，無法完成清查重任。雍正遂又讓吏部侍郎邁柱親自到江西清查，邁柱到了以後，遭到了江西按察使積善的反對。雍正卻高度讚揚邁柱，說他到任以後，為了國計民生，不避嫌怨，是個好官。
雍正五年，福建布政司沈廷奏報倉谷虧空，雍正對福建巡撫毛文銓很生氣，認為他故意欺瞞，派廣東巡撫楊文乾和許容為欽差大臣，前往福建調查。楊文乾和許容帶來上諭：「清查即將進行，可能有贓官為了掩人耳目借富民的糧食暫充府庫，如果有人借的話，借出的立即成為官家財產，發現後也不歸還，希望大家好自為之。」
在清朝的法令中，挪移公款的處罰較輕，而貪污受賄的處罰則較重。所以，許多官員被查出有貪污情節時，往往巧施手腕，將貪污的贓款報成是挪移，以此避重就輕。雍正對這些官員的所作所為和心理情況了如指掌，所以他明確說道：「借挪移之名，掩蓋貪污之實，想以此逃脫重罰。那朕就跟你們來個將計就計。」
結果，雍正鐵手一揮，挪移的罪比貪污的罪反而更重。由此可見，雍正做事不拘泥於教條，注重從實際出發解決問題。