隆科多雖然死在年羹堯之後，但遭疑忌還早於年羹堯。
隆科多犯的錯誤跟年羹堯很相似，都是擅權，但也有所不同，年羹堯還有作威作福飛揚跋扈之罪，隆科多為人低調一些，沒那麼囂張。這也是隆科多後年羹堯而死的原因。
很早的時候，就有人說隆科多這人擅權自高，百官對他「莫敢仰視」，唯其命是從——這話聽起來就像是離間之語，但隆科多擅權確實是事實，他手掌大權。在康熙朝，隆科多看見皇子一般是單足跪安，到了雍正時候，隆科多看到皇子時站得筆挺。
隆科多顯然比年羹堯聰明，他也很早就預料到有一天會兔死狗烹，所以到處留有後路。比如，為了防止雍正抄家，他把財產轉移到親友家裡和寺廟裡。隆科多從來不相信雍正是真的對自己好，他老早就見識到了雍正的心狠手辣，非常擔心有一天輪到自己。聰明歸聰明，不幸的是，隆科多轉移財產的事被雍正知道了，這等於是此地無銀三百兩，搞得自己很難堪。雖然雍正沒有及時懲治他，但似乎只是個時間問題。
雍正二年，隆科多主動提出辭去步軍統領的職務，步軍統領掌握軍權，雍正老早就想收回來了，只是不好開口。現在隆科多自己提出，那是求之不得。雍正讓隆科多的對頭鞏泰接替了這個職位。隆科多顯然比年羹堯更懂得官場的進退，但是退得還不夠，對雍正這樣的皇帝來說，遠遠不夠。
在懲辦年羹堯的時候，雍正就想把隆科多捎帶一起辦了，雍正曾經說隆科多故意阻撓查辦年羹堯的官員，還說隆科多跟年羹堯一樣貪污欺詐不知感恩，而且攬權結黨。他甚至對官員們說：「像隆科多這樣的小人，見了他之後完全不必跟他講禮。」
雍正三年五月，雍正發動大家集體攻擊隆科多，到了六月，隆科多的兒子和年羹堯的兒子同時被懲罰。第二年正月，雍正讓隆科多去阿爾泰嶺，跟策旺阿拉布坦談判，之後再和俄國使者討論兩國的疆界。在與俄國人談判中，隆科多堅決要求俄國歸還屬於中國的領土。就在隆科多談判之時，雍正在隆科多家裡發現了「玉牒」，這是記載皇家宗譜的東西，非常神聖，除了宗人府，外人是不能查看的。隆科多私藏玉牒，屬「大不敬」之罪。當時有大臣建議雍正等隆科多談判完了之後再修理他，但雍正覺得外部問題遠遠沒有內部問題重要，下令將隆科多召回，治罪。
隆科多離開後，中方代表不能堅持國家的利益，向俄國作出了許多讓步，貝加爾湖一帶和唐努烏梁海以北的大量原本屬於中國的地區劃歸俄國。雍正急於置隆科多於死地，顯然不想讓他在外交中立功，到時候讓自己收拾起來不方便。
十月，諸王大臣們給隆科多羅列了四十一條大罪，大不敬罪五條，擾亂朝政罪三條，奸黨罪六條，不法罪七條，貪婪罪十六條等。雍正下令將隆科多永久監禁，禁地設在暢春園附近，這是很有象徵意義的，當年你隆科多就是在暢春園擁護我起家，知道我太多的秘密，現在我就讓你在暢春園終老，讓你體會因果循環的滋味。
雍正六年六月，隆科多死於禁所，隆科多死之前說過這樣的話：「白帝城受命之日，既是死期已至之時。」
話里似乎有不少隱情，可惜我們已經無法得知這些隱情，隆科多將這些秘密帶進了墳墓里。