年羹堯離京的時候，沒有意識到雍正已經起了殺心。
對於年羹堯，雍正很有耐心，他是有步驟有計畫地進行誅殺。雍正首先向李維鈞透露了懲辦年羹堯的意思，他在李維鈞的奏摺上批道：「這幾天年羹堯陳奏了一些事，朕懷疑他居心不良，大有耍弄聰明攬權擴勢的意思。你和他關係密切是奉朕的意思才這樣的，所以不必擔心，不過要逐漸和他疏遠。」
後來，湖廣總督楊宗仁在奏摺中誇獎年羹堯是純臣，雍正很生氣，在奏摺上批道：「年羹堯到底是什麼人？根據你知道的，如實奏來。純字可以用在年羹堯身上嗎？朕以為不可以。這事一定得保密。」
雍正在王景灝的奏摺上批：「年羹堯這次來見朕，態度非常乖張，好像朕有許多做得不好的地方一樣，不知道是他的精神頹敗導致，抑或是功高志滿目無君上。你雖然是年羹堯推薦的，不必要依附他，朕實在太了解年羹堯了，他沒什麼能耐的。」
雍正還向李成龍交底：「近日年羹堯擅自作威作福，受賄逞奸，朕很反感。」雍正對宋可進說：「年羹堯很不喜歡你，你要多加防範，不要露出破綻，被他指摘。」
類似的批示相當多，雍正要求這些大臣們和年羹堯、隆科多保持距離，達到瓦解這兩人的目的。
以上還只是前戲，真正對年羹堯下手還是將他調離陝西。
雍正二年十二月，寫了一份文書，勸說功臣要保全名節：「凡人臣圖功易，成功難；成功易，守功難；守功易，終功難。為君者施恩易，當恩難；當恩易，保恩難；保恩易，全恩難。若倚功造過，必至反恩為仇，此從來人情常有者。爾等功臣，一賴人主防微杜漸，不令至於危地；二在爾等相時見機，不肯蹈其險轍；三須大小臣工避嫌遠疑，不送爾等至於絕路。三者缺一不可，而其樞要在爾等功臣自招感也。……我君臣期勉之，慎之。」
在給年羹堯的硃批中，雍正說：「自從你走後，有人說你立了大功，你的話皇上不好不聽從，這人說話不知輕重，朕已經把他關起來了。」
雍正對年羹堯的公開批評是從三年正月的金南瑛事件開始的，年羹堯回到陝西後就讓胡期恆彈劾陝西驛道金南瑛。雍正認為年羹堯就是搞朋黨，黨同伐異，因為金南瑛是允祥和朱軾推薦的，不屬於年羹堯派系，所以年羹堯想整他。
雍正三年二月，出現了日月合璧五星聯珠的祥瑞，大臣們紛紛上賀表稱頌雍正朝乾夕惕、勵精圖治，年羹堯也上了一份賀表，但不小心把「朝乾夕惕」寫成了「夕陽朝乾」。關於年羹堯寫錯字有兩種說法，一種是說寫成了「夕陽朝乾」，一種是說寫成了「夕惕朝乾」，如果是後一種說法，文字的意思沒變，語句也通，如果是前一種寫法，不僅不通，也是大不敬。
不管怎麼說，文字獄只是個引子，點燃了雍正心中醞釀已久的火藥。年羹堯辯解說，自己寫錯了。雍正認為，年羹堯平時沒這麼粗心，顯然是故意這樣寫的，不打算把「朝乾夕惕」四個字歸到自己的名下。雍正說：從這件事中可以看出年羹堯自恃功高，有大不敬的意思。
年羹堯的末日就這麼降臨了，一場錯別字點燃的火災。
年羹堯開始厄運纏身，自己的心腹先後被撤職，先是甘肅巡撫胡期恆被撤職，由岳鍾琪兼任。緊接著，代理四川提督納秦別調回京，由趙坤接手。朝堂之上又開始了站隊活動，凡是支持和同情年羹堯的都受到打擊。將年羹堯的「同黨」收拾得差不多的時候，雍正開始收拾年羹堯本人。
四月，雍正讓年羹堯交出撫遠大將軍印，並調離陝西，前往杭州擔任將軍，年羹堯寫了個摺子謝恩，雍正的批複非常有意思，翻譯一下大概是：「我聽到有謠言說，三江口會出皇帝，嘉湖會變成戰場。現在我讓你在這裡做官，而且你之前的奏摺中也談到浙江省天象之類的，如果你真想自稱為帝，這也是天意，我也無法挽回；如果你不肯自立為帝，統領幾千兵在這裡，你也不會容忍三江口有人稱帝……我的心實在寒透了，上天在上，我如果負你，天誅地滅，你若負我，不知上天會如何懲罰你……」
年羹堯到了杭州後，立刻受到了嚴密的監視，當時有人勸雍正不要對年羹堯懲治過嚴，擔心激起年羹堯的叛變。雍正對此毫不理會，認為是淺陋之見，確實，朝政經過雍正的鐵手調整，已經沒有人有資本可以和雍正抗衡了。
牆倒眾人推，到了杭州後，官員們紛紛揭發年羹堯，年羹堯儼然變成了肉靶子。雍正是一個非常特別的皇帝，他把那些揭發年羹堯的奏摺全部發給年羹堯，要他回奏。六月，年羹堯的兒子們全部革職發配，老部下也紛紛被株連。
七月，九卿奏請將年羹堯就地正法，雍正沒有這麼做，而是革去年的將軍之職，以閑散章京的身份安置在杭州。此時，年羹堯如同一頭待宰羔羊。
雍正在處死年羹堯的過程中充分地展現了謹慎的一面，考慮到年羹堯是本朝功臣，誅殺他必須動用強大的輿論力量，給世人一種感覺，不是我雍正想他死，而是大家希望他死。
雍正召集各地地方大員，讓大家自由發表意見，應該如何處置年羹堯。大家都是聰明人，急著表功。廣西巡撫李紱就說：「年羹堯陰謀叵測，狂妄無禮，擅權已久，大逆不道，法理難容……」田文鏡也說應該處死。
九月，雍正下令逮捕年羹堯。又用了三個月羅列了年羹堯九十二大罪，為了表示寬大，雍正勒令年羹堯自裁，父親和兄弟革職，年羹堯的兒子年富斬立決，其餘十五歲以上子女發配到廣西、雲南等地。
最有意思的是，雍正在令年羹堯自裁的諭旨中居然說：「你自盡後，如果稍有怨恨之意，那麼佛教中所謂永墮地獄萬劫不復也不能消減你的罪孽。」
年羹堯被殺的首要原因還是他功高震主後不知收斂，仍然作威作福，觸犯了雍正的大忌。第二個原因是年羹堯親信和黨羽太多，他們佔據一些要職，對皇權構成了威脅。第三個原因是年羹堯聚斂財富，最後抄家從他家裡抄出一百一十萬兩銀子，就年羹堯的職位來說，這麼點銀子真不算多。但雍正治貪是出了名的，他對貪官也非常反感。
有意思的是，年羹堯案件還牽連到讀書人。一個叫汪景祺的人，浙江錢塘人，頗有文才，可惜仕途不順，便尋思著投靠了年羹堯。年羹堯平定青海叛亂後，志得意滿，汪景祺適時提醒他要低調內斂，為此他寫了一篇《功臣不可為》的文章給年，對年說功臣不好做，問題就出在皇帝身上，功臣為皇帝平亂，往往會受到猜忌，因為皇帝認為能夠平亂的人一定也能作亂；功臣封賞後，常常受到小人的嫉妒和中傷，要是仗著自己的功績在君王面前提建議的話，往往被君主視為驕橫。所以，功臣到最後總是難逃一死。
汪景祺寫這篇文章時，年羹堯正逢人生最得意的時候，所以根本沒理會汪景祺。後來抄年羹堯家時發現了這篇文章，反倒成了年羹堯的一大罪狀。此外，還發現了汪景祺的一首七言絕句，裡面有「皇帝揮毫不值錢」的句子，雍正看了後，氣得七竅生煙。汪景祺最後被砍頭，妻子發配到黑龍江為奴，五族內任公職的親戚全部革職。
錢名世是康熙四十二年進士，跟年羹堯本來沒什麼關係，後來看到年羹堯發達了，就想攀附，為年羹堯寫了幾首諂媚的詩，將年羹堯比作周朝的召伯、漢代的衛青和霍去病。錢名世甚至鼓吹應該在青海為年羹堯立碑。雍正覺得錢名世簡直是一個無恥文人，文人中的敗類，但僅憑這些拍馬屁奉承的詩，殺了他又不太合理。雍正想出了一個更毒的辦法，親筆寫下「名教罪人」，讓錢名世掛在自家大門上方，而且命令所有進士出身的文官每人寫一首詩諷刺錢名世，還讓錢名世出錢刊印這本詩集，發往各地。雍正這招以子之矛攻子之盾確實厲害。
威武一世的年大將軍就這樣走向了人生的終點，論起才幹，年羹堯確實是一個難得的將才，可惜沒能處理好與皇帝的關係。年羹堯也不是非死不可，如果他能知道進退，功成名就之後能夠淡泊權力，或許就不是今天的結局。
跟年羹堯犯了相同的錯誤還有隆科多，雍正的左膀右臂都沒能逃脫卸磨殺驢的命運。