說到朱三太子，讓我們還是回到明朝亡國崇禎自殺的那天。
聞知李自成大軍進城，崇禎知道國破家亡的時刻到了，為了防止家人受辱，他讓妃嬪和女兒們自殺，其中有一個女兒怕死，崇禎親自用刀去砍她，砍斷了她手臂，但她還是跑了。但是崇禎對三個兒子卻不是這樣的。崇禎一共有七個兒子，其中二子、六子、七子都早殤。
三個兒子分別是太子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈照。城破之時，崇禎叫來三個兒子，對他們說：「賊軍已經攻進來了，你們現在是皇子，以後就是平民百姓了，各自逃命吧！如果你們活下去，不要忘了社稷父母大仇。」
說完，崇禎就趕他們出宮。這三個皇子出逃後，除了太子被李自成捉住後，其他人都不知所蹤，就連太子後來也神秘失蹤。這三個皇子就像陰魂一直纏繞在清朝統治者的心頭。
在多爾袞執政時期，曾經出現過南北太子案。沒想到在康熙朝的時候，居然出現了個朱三太子。
這個朱三太子可能是指定王朱慈炯，但是時隔這麼久，沒有人能證實朱三太子的身份。朝廷曾經多次捉住了「朱三太子」，但也無法辨出真假。
吳三桂起兵造反後，在京城突然出現了朱三太子，這事實上只是一個旗號，這些人聚集在周公直的家中商討起義事宜。頭領是一個叫楊起隆的人，這個人的底細我們不清楚，可能是類似於陳勝吳廣那樣的人。楊起隆這個人還是比較有膽略的，他利用白蓮教為掩護，積極發展起義隊伍。
他自稱是朱三太子，甚至連年號都提出來了——廣德，起義者頭裹白巾，腰纏紅帶，他們約好時間，決定在京城內放火起事。
不過，楊起隆起義的秘密當晚就被人泄露出去。由於官府當夜抓人，情急之下，楊起隆決定立刻起義。起義者拿出刀劍和藤甲，舉著火把，開始上街。清軍看到了，立即向兵部尚書明珠報告。都統圖海率軍包圍了周府。楊起隆帶領義軍殺出重圍，殺出一條血路後楊起隆身邊只剩下六騎，他的妻子馬氏被捉住。
皇帝眼皮底下發生這種事情，可想而知康熙的憤怒。為了抓住這個所謂的朱三太子，康熙下令關閉京城九門，進行血腥抓捕。兩百多名起義者先後被殺，有人密告楊起隆還沒有逃遠，還躲在京城。楊起隆這人彷彿有通天之術，康熙始終沒有抓到他。時間久了，康熙認為楊起隆已經逃出京城，便下令全國通緝。就在這時，楊起隆又悄悄地回京，貫徹那句最危險的地方就是最安全的地方的箴言。康熙二十二年，楊起隆出現在金玉相的家中。然而，楊起隆非常警惕，他意識到有人告密後，立刻逃離了。官府來了以後，又撲了一場空。
從此以後，再也沒有楊起隆的消息，他好像人間蒸發了。
整個三藩動亂期間，朱三太子層出不窮，在陝西一帶也捉住了一個朱三太子。這個人自稱是楊起隆，原名朱次門。刑部官員把他押到大堂上，讓楊起隆的妻子和同夥們辨認，沒人認識這個人。後來才知道，這個人不但不是朱三太子，也不是楊起隆，不過是一個八旗逃人，曾經加入楊起隆的隊伍，託名造反。
康熙十六年，福建也出現了一個朱三太子，糾集一些海上兵力，個個裹著白頭巾，和鄭經的軍隊一起打清兵。康熙十八年，安親王岳樂在湖南也抓住了一個朱三太子。這個人自稱朱慈炯，最後也被認定是冒牌貨。
看來亂世之中，許多平民百姓都想過一下太子癮。
康熙三十八年（1699年），第三次南巡中，康熙來到明太祖朱元璋的孝陵祭奠，雖然打敗了朱元璋的子孫，但康熙對這個鐵血帝王還是尊敬的。看到陵墓傾頹，康熙讓曹寅等人修葺了孝陵，此行中，康熙感慨道：「朕想找到明朝後裔，授予他們職銜，讓他們世代守護著祖宗陵墓。」
沒人知道康熙這話是不是發自真心，很多人懷疑他是引誘明朝後裔上鉤，明朝後裔沒有任何反應，沒人會冒著生命危險來找康熙要一頂烏紗帽。
就在康熙放棄希望的時候，蘇州的李煦給了他一個密折，在浙江發現了一群人打著朱三太子的旗號作亂。康熙讓官府行動，抓住了抗清志士張念一，在審問張念一的過程中發現了朱三太子的下落，看來這個張念一終究不是夏明翰，抗清歸抗清，志士還稱不上。最終，在山東汶上縣捉住了朱三太子。
這個朱三太子似乎是真的，根據他自己的交代，他叫朱慈煥，是明朝後裔，崇禎的第五個兒子，曾經落入李自成手中，後來飄零到南方，在老家鳳陽投靠了一個姓王的鄉紳，然後跟著他姓王。隨後，他又出家為僧，以王士元的身份進入浙江餘姚縣胡家。介紹了自己的出身後，朱三太子反覆強調說自己從來都沒有跟清廷作對的意思。
朱三太子還說了自己的苦衷，自己一方面要躲避清軍的搜捕，另一方面還得躲避那些心懷叵測之人，所謂心懷叵測之人是想借著朱三太子的名號造反的人。
朱慈煥曾經被幾撥人擁戴過，但是他很害怕也很為難，所以，他後來就開始東躲西藏，盡量不讓這些人找到。由於長期流亡，官府追逼，他的妻妾、女兒和大兒媳都上吊自殺，三個兒子和孫子也進了監獄。他獨自逃跑後，化名張用觀，到山東汶上縣教書。
在這事上，康熙非常狠，讓朱慈煥祖孫三代七人進京，然後傳明末老太監來辨認，老太監認不出來，康熙認定他為假冒，下令凌遲處死，子孫斬首。
這個人是不是假冒沒人知道，但他是個老實本分的人，年紀已經七十五，一再表示要謝清朝三大恩：滅掉流寇，報了父仇；對於我朝子孫，從不殺害；皇帝還賞臉祭奠了太祖陵。可惜，康熙並沒有手下留情。
這個朱三太子很有可能是真的，但是真是假，對於清廷似乎並不重要。就像刑部官員說的：「朱某雖然沒有謀反之事，但未嘗沒有謀反之心，應該處決，以息混亂。」刑部官員的話說出了統治者的心裡話。
康熙六十年（1721年），又出現了朱三太子起義，起義者是台灣的朱一貴，他自稱明朝後裔，兒子叫朱三太子。其實，這時候朱三太子早已不是指某個人了，而變成了一種符號，象徵老百姓對故明的思念。
直到雍正的時候，還有人自稱明朝後裔，準備起義。對此，雍正不無感慨地說：「以前改朝換代，前朝的宗姓大多臣服於後朝，即便不臣服，也會退隱山林，隱姓埋名，從來沒有像本朝這樣，有這麼多刁民詐稱宗室後代，蠱惑人心藉機起事。」
在雍正期間也爆發了好幾起朱三太子案，雍正之後，朱三太子才銷聲匿跡。