大清一朝，發生過一百七十多次文字獄，南山案是清朝最大的文字獄，也是唯一一個被後代皇帝平反的文字獄。為南山案平反的正是雍正皇帝，至今人們摸不透雍正平反的真正原因，但這事似乎又在驗證這樣一個推斷：凡是康熙喜歡的雍正都厭惡，凡是康熙厭惡的雍正都接納。
康熙五十年（1711年）十月十二日，左都御史趙申喬突然參劾翰林院大才子戴名世，說這個人恃才傲物，妄竊文名，還是貢生的時候，就私自刻印文集，裡面文辭狂逆，信口雌黃，顛倒是非；現在當上了朝廷命官，仍然作風不改，依舊口無遮攔，輕狂不羈，希望皇帝能夠給他一點懲罰和警告。
從趙申喬的動機看，他似乎跟戴名世並沒有什麼深仇大恨，並沒有想要置人於死地，只不過是希望皇帝能夠教訓教訓這個狂生，打壓一下他的氣焰。
剛開始的時候，康熙對這個案子並不重視，此時他忙於廢立太子之事，焦頭爛額。但是刑部接到這個案子後很較真，此案很快就升級了，戴名世以前的恃才傲物和狂放不羈很快就變成大逆不道的罪名。
這還得從戴名世的著作《南山集》說起，這本書講到了南明的一些情況，用了弘光、隆武、永曆之類的年號。就戴名世本意來說，他是想如實完整地記錄當時的歷史，但恰好犯了清朝統治者的大忌。
從審判的陣容就可以看出清廷對此案的敏感程度，刑部、都察院和大理寺共同審理了這個案子，對戴名世進行嚴刑拷打。
戴名世不得不認錯說：「《南山集》《孑遺錄》等等都是我年輕時寫的狂亂文章，當時糊塗，不知觸犯了大忌。沒有和任何人商議，也沒有讓任何人整編這本書。我當時參考了方孝標的《滇黔紀聞》，看到此書有混亂悖逆之語，當時也沒有考慮太多，就照搬裡面的話。」
戴名世的供詞遷出了方孝標，方孝標的兒子方登峰在供詞中說，父親方孝標喜歡遊山玩水，以前到過雲南貴州一帶，返鄉後寫了《滇黔紀聞》，其中記載了弘光、隆武、永曆的年號。方登峰是個不孝子，他還供出父親曾當過吳三桂的幕僚，雖然時間很短，但毫無疑問已是大逆。
最後，刑部議定：戴名世凌遲處死，祖父子孫兄弟以及同居之人，不分異姓，伯叔兄弟之子，不限籍貫，只要十六歲以上，不管殘疾健康，一律斬首；十五歲以下的男子，以及母婦妻妾姊妹等等，全部發配給功臣家做奴隸，財產入官。方孝標依律當被凌遲處死，不過人已去世，應當挫骨揚灰。為方孝標作序的汪灝和桐城派的領袖方苞被判絞刑，後來改為免死，發配東北。這場文字獄中問罪人數多達數百人。
讓我們來了解一下案情的整個發展過程。
戴名世是安徽桐城人，順治十年出生，曾經隱居南山，時人稱之為南山先生。他的家世雖然稱不上顯赫，也是書香之家，祖父和父親都做過知縣。戴名世跟桐城派領袖方苞是親戚，他的母親是方苞的姑母。戴名世這個人從小就很有才氣，因為才華甚高，為人難免有些恃才傲物。同時，他這個人又比較憤世嫉俗，由於小時候受的教育影響，年輕時他對清廷很不滿，在早期的一些作品中，他對反清的民族英雄進行了熱烈的歌頌。
康熙十九年（1680年），為了生活，戴名世逐漸對清廷妥協。三十歲的時候，戴名世與好友參加科考，成為貢生，三十四歲時，他又被推薦進入全國最高學府國子監學習。由於戴名世恃才傲物，得罪了不少人。
在京城的時候，他給同鄉張英的兒子當家庭教師，張英當時擔任都察院左都副御史。有一次，張英問戴名世：「世間最可惡的是哪種人？」戴名世回答說：「媚人者最為可惡。」
張英笑道：「不然，媚人者因好媚者而媚之，所以好媚者最為可惡。」
張英雖然不是個才子，但是思想言談顯然比戴名世更深刻，戴名世固然有才，卻難脫書獃子氣。
戴名世後來在京城參加鄉試，可惜落榜了。在京城的日子，戴名世很不得志，他憤世嫉俗，自視清高，但沒人買他的賬。
最後，戴名世不得不四處遊歷，在這個過程中，他增長了見識，豐富了閱歷，而且還編纂了一些重要的圖書，譬如《小學論選》《四書朱子大全》等等。
晚年，戴名世彷彿看透了世界（現實是無法逃避的東西），再次回到科舉路上，這次他中了舉人。但是第二年的會試卻名落孫山。
五十七歲的時候，戴名世時來運轉，中了會元，接著在殿試中又中了榜眼，康熙欽點他為翰林院編修。當官之後，戴名世並沒有意氣風發，反而消沉低落。李光地曾說他「頹唐無精神」。至於那個給戴名世帶來滅頂之災的《南山集》，是他的門生龍雲鄂把他的文章收錄整理而成。
趙申喬在康熙五十年參劾戴名世，但是最後的終審是在康熙五十二年，前後持續一年半的時間。康熙一開始對南山案是慎重的，他說道：「戴名世等是個大案子，朕要仔細考慮。」
此案拖了很長時間，中途似乎有很多轉機，因為案犯都是朝廷命官，所以在獄中受的待遇不算差，他們住在比較好的房子里，可以和外面書信往來。李光地曾經為他們說情，可惜沒有多大的效果，反而惹怒了康熙。由於朝廷中有許多人求情和營救，案犯們並沒有感覺死到臨頭，像重要嫌犯劉岩和方苞中途還出獄做官。
康熙五十二年（1713年）二月初六，康熙下旨：「戴名世從寬免凌遲，立即處斬，方登峰兄弟等人從寬免死，發配黑龍江。案件牽連的家屬本應處死的全部流放……」
戴名世在獄中非常後悔，因為寫文章時不小心用了幾個詞語就招致殺身之禍，確實很冤。但在獄中有段時間，他又抱著希望，認為自己可以獲救，他在詩中寫道：「長系年余身尚在，堯仁千古仰寬容。」
當然，戴名世最後還是難逃一死，不過康熙還是給予了一些仁慈，他的兒子沒有被追究，也沒有被發配，而是回到原籍。戴名世被斬首後，允許其友人收拾他的屍骨，葬在南山。
在這個案子中還出現了一個誤判，這是關於方氏家族的。
趙申喬參劾戴名世根本沒想到會連累到方孝標。康熙認為方孝標參與了吳三桂謀反，其實事情不是這樣的。方孝標確實曾在雲南遊歷，當時正逢吳三桂造反，不過方孝標並沒有成為吳三桂幕僚，如果說有的話，也只是短暫的接觸。方孝標很可能建議吳三桂立崇禎後裔，吳三桂拒絕後，方孝標就離開了。
康熙說方孝標當過吳三桂的大吏，顯然是弄錯了。康熙說的人是方光琛的兒子方學詩，吳三桂失敗後，方光琛家人大多被殺，只有方學詩逃出在外。方學詩跟方學士是重音，大臣都叫方孝標為方學士，康熙聽著就以為是方學詩。
在這個案子中，方家唯一得到赦免的是方苞，作為桐城派的領袖，他的才華是不必說的。李光地屢次在康熙面前為方苞說話，當時康熙正缺一個古文高手，在朝廷中，方苞的水平數一數二。為了朝廷的利益，康熙不僅釋放了此人，還提拔重用他。這是才華帶來的特權。
南山案中康熙重拳出擊，目的就是為了達到這樣一個效果：民間學人不要妄自修史，朝廷掌握著話語權和對歷史事件的最終解釋權。
這個案子並沒有到此結束，最讓人意外的是雍正剛繼位不久就為這個案子平反，赦免了涉案人員。前後只有十年的時間，案子就得到了平反，這是讓人欣慰的。雍正曾經對方苞說：「你們是被人陷害，朕了解到情況，當然要寬恕你們。」乾隆年間，為了改修《明史》，乾隆公開下旨說，可以用南明皇帝的年號。乾隆的這個態度是正確的，因為你要記述明朝的歷史，要做到客觀完整，用明朝的年號是很正常的，並無任何大逆不道的地方。