眾所周知，康熙是按照儒家的理想治國的。康熙一直奉儒家學說為正統思想，但是對佛教、道教和天主教也採取了包容的態度。
在康熙一朝，怪力亂神的事情很少見，但是還是出現了一個值得一提的案子：妖人案。
這個案子因為語焉不詳疑雲叢生，又增加了幾分神秘，成為清初又一個懸案。
乾隆年間的歷史學家蔣良驥在《東華錄》中對此事有記載，裡面說九卿中很多大臣，包括王鴻緒在內上疏參劾楚人朱方旦，說這個朱方旦自號二眉道人，以修鍊為名，行欺世盜名之實。這個道人有很多信徒，經常自吹古人所謂的聖賢者就是得道之人，道在哪裡呢？道人說，就在我的兩眉之間，所以朱方旦又自稱二眉道人。這個道人的信徒把他比作繼孔子後兩千年來最偉大的聖人。
在正史中是這樣記載的：康熙二十一年二月初五，康熙在乾清門聽政，大臣們捧著文書，向康熙奏道：「根據宗人府提供的材料，前革職將軍勒爾錦賦閑在家的時候結交江湖術士朱方旦，並贈送朱方旦『至人里』和『聖人堂』的匾額。此外，前湖北巡撫張朝珍也給朱方旦送過『聖教帝師』的匾額……」
康熙聽完後，並無多大的反應，只說：「這件事不用查了，朕早已知道，贈匾之事確實屬實。勒爾錦在錦州帶兵的時候，朕就知道這事了，而且朕早已囑咐勒爾錦，朱方旦是個狂妄小人，遇上軍機大事萬萬不要聽從他的意見。朕也記得張朝珍曾經對欽差大臣說朱方旦是一個神奇的人，應該跟他見見。張朝珍曾經在衙門裡隆重接待過朱方旦，這些事情朕都很清楚……」
一段時間後，審判出來了：勒爾錦拘禁，張朝珍因為病故，無法追究，但革去世職；朱方旦及其親傳弟子俱斬首。
官方的記載就這麼多，事情的真相又是怎樣的呢？
朱方旦是楚人，這裡盛產巫術和民間迷信。清官張伯行是一個大學問家，他記載朱方旦善於「修養練氣」，朱方旦自稱懂得奇術，能夠預知吉凶。民間傳言他的法術非常靈驗，很多公卿和百姓都很相信他。
朱方旦的信徒相當多，從湖廣到江浙，到處是他「歪理邪說」的足跡。據說他光臨一個地方，連封疆大吏都跪地相迎。
如果朱方旦是一個騙子的話，偏偏他的文化水平也相當高，還出了一本《中說補》的書，這其實是一部關於中醫和氣功的書。由此可見，這人多少還是有些水平的，不是純粹的江湖騙子。
朱方旦神秘的地方還不止於此。他曾經觸犯過刑法，當年湖廣巡撫董國興把他押送到京師。刑部討論後準備問斬，朱方旦已經被送到法場去了，忽然太皇太后的懿旨到了，要求釋放朱方旦。
就這樣，朱方旦被召到宮中，在迷信神神鬼鬼這些事情上，孝庄跟慈禧有類似的地方。她很寵朱方旦，問他事情，朱方旦居然能夠屢屢說中。這樣一來，朱方旦紅遍紫禁城，王公貴族大都奉他為活神仙。朱方旦實在是太紅了，紅到他自己都覺得忙不過來，累得受不了。於是，請求康熙讓自己回鄉修道。康熙也批准了。
回到湖北沒多久，三藩叛亂，湖北一帶已經亂了。朱方旦投到順承郡王勒爾錦的門下，勒爾錦對他非常推崇。後來，湖北巡撫張朝珍也聽說了朱方旦，了解後，又對朱方旦五體投地。勒爾錦失勢後，朱方旦失去了靠山，自謀生路，到江浙一帶傳道。
這樣一個人在那個迷信的年代很容易被妖魔化，民間的傳說不斷地豐富著朱方旦的形象，豐富過頭了，其人的真實面目就逐漸走樣。孟森在《朱方旦案》中寫道：「歷史稍久，則傳聞失實，語多怪誕，不可究詰矣。」
在乾嘉時期文人隨筆中，朱方旦被描述成任我行那樣的人，他羽翼豐滿之後，企圖帶領信徒去龍虎山陰謀篡奪張真人的權，這些筆記還把朱方旦的妻子描述成狐妖。甚至說，朱方旦想攻打龍虎山是受了狐妖的慫恿。最後，張天師用計除掉了這個狐妖，朱方旦從此一路下坡，走向了窮途末路。
這些筆記的記載毫無疑問不是真實的，但確實說明了一個問題，朱方旦在民間的影響力很大，這才是朱方旦被清廷惱恨的真正原因。
清廷究竟給朱方旦治了哪些罪呢？
首先是思想罪，朱方旦傳播了異端思想，違背了聖人之道。朱方旦提出了哪些異端的思想呢？首先他提出了思維在腦，這個觀念比較現代，可能跟朱方旦的從醫經驗有關，也有可能朱方旦接觸了一些西方傳教士傳播過來的科學知識。在中國傳統思想里，主管人思維的器官是心臟，這對傳統的儒家學說是一種衝擊，統治者對此很快就感覺到了。
西方傳教士南懷仁也曾經提出過人的思維、知識不在心裡，而在大腦中。這種學說受到了一些守舊大臣的駁斥，康熙勒令南懷仁燒掉異端書籍。
朱方旦第二個罪名是以下犯上，朱方旦不過是一介平民，卻自比聖人，把自己抬到跟皇帝差不多的位置，這分明是對皇帝大不敬。
朱方旦第三個罪名是誣衊聖賢，朱方旦的弟子公然叫囂孔子思想已經過時，朱方旦是新時代的聖人。這在儒家思想佔據統治地位的時代絕對是大逆不道的。
朱方旦的第四個罪名才是影響社會穩定。由於朱方旦常年活躍在民間，聚集了眾多信徒，這對於當時的社會來說，是非常不安定的因素。在統治者眼裡，朱方旦的這個組織很容易發展成流寇，明教和白蓮教就是最好的例子。
不過，有一個事實必須說明，朱方旦只是影響了社會安定，並沒有破壞社會安定，換句話說，朱方旦從來沒有組織任何形式的起義。
王鴻緒為了讓康熙下定決心拿掉朱方旦，故意將朱方旦跟黃巾軍的領袖張角和元末的明教領導人劉福通相提並論，說這個朱方旦心懷鬼胎，現在不除，日後恐怕會釀成巨禍。
然而，讓人吃驚的是在清宮的秘密檔案中，我們發現了康熙的另一面：原來康熙也包養民間術士。這下我們就釋然了，如果康熙真的對道術非常排斥，朱方旦也不可能發展成那麼大的聲勢。
康熙跟他的父親不太一樣，從正史中，我們很難看到他對佛教、道教特別感興趣，包括耶穌教。這可能跟康熙所受的教育有關，康熙十二年，他在弘德殿講經的時候曾經提到過道教。當時熊賜履就進言說：「自古以來，聖主明君就沒有沉溺釋道的，即使有這樣的皇帝，像秦始皇、梁武帝，最後也是貽笑千古，只要沉溺釋道，便會損傷君德啊！希望皇上能夠引以為戒。」
康熙對此表示贊同，說道：「這是正確的言論啊，朕一定會牢記在心。」
後來，康熙又對熊賜履說：「朕生來就不喜歡仙佛，所以你讓朕遠離異端邪說，崇尚正學，朕一聽便心領神會，絕無動搖。」
康熙十一年（1672年）二月，康熙陪孝庄前往赤城泡溫泉。一天，康熙前去太皇太后行宮問安，回來的時候忽然看見路旁跪著一個道士，康熙很奇怪，便讓明珠去詢問。道士叩頭說：「我是金閣山上靈真觀里的道士，恰逢聖主來這附近，希望皇上能夠賞賜給我們一面錦旗，並給小觀賜個名號。」
如果是一般的皇帝，可能就答應了，不就一個名號嗎？但康熙很嚴肅，他對臣子們說：「這個道士不是個好東西，妄求朕給他賜號，然後愚弄老百姓。」
康熙拒絕了那個道人，隨後便下諭：「朕親政以來，像這種請求給道觀寺廟賜號的行為，一概不準。歷史上喜好佛教和道教的皇帝，沒幾個得到好處，反而會受損。梁武帝嗜好佛教，不住在宮裡，反而住在寺廟裡，結果怎麼樣呢？竟然餓死在台城。宋徽宗喜好道術，結果呢？父子都成了金人的俘虜。這就是古人的教訓啊！真正的道士應該清靜無為，修養身心，幹嘛要請朕賜號呢？有名無實算什麼真道士？像這種貪婪的道士本來應該給他個教訓，現在諒他初犯，朕就不跟他計較。以後再發生這種事情，絕不饒恕。」
從這些正史中，我們可以看到，康熙這個人是不信怪力亂神的。讓我們還是揭開歷史的帷幕，看看康熙另一面吧。
根據清宮檔案，康熙甚至讓手下秘密招募術士。事情經過大概是這樣的：在康熙晚年，策妄阿拉布坦發兵入藏，康熙派遣部隊鎮壓，結果遠征軍全軍覆沒，天下震驚。清廷從此把入藏看成是危險之旅，康熙為了振作士氣，讓人尋訪一些會「法術」的道士在軍中。有一個叫李慶安的道士到了前線，施展了一些法術，奇怪的是，還真的挺靈驗，連前線的將軍也上奏說這個人確實有真本領會法術。
李慶安也是一個非常狂的道士，他曾經對康熙誇下海口：「不用大軍，只要給我幾百人，讓我訓練，我親自率領，就可以剿滅策妄阿拉布坦。」
對於這些東西，康熙本著寧可信其有不可信其無的原則，甚至讓前線將軍嚴守機密，千萬不可泄露。
康熙對李道士非常器重，授予他密奏的特權，還專門給他一個特殊的奏匣，看到這種匣子就知道是李道士的密奏了。
除了行軍用術士，在養