吏治自古以來就是封建帝王最為頭疼的一件事，一個朝代衰亡的前奏往往是吏治腐敗，官僚欺上瞞下，百姓水深火熱。皇帝縱然變成千手觀音也難以處理天下雜事，所以，一個國家能不能治理好，首先得治理官吏。
貪官可以讓仁政變成惡政，清官能夠消解惡政的毒性，由此可見，官吏集團對於整個帝國的作用。
事實上，康熙很早就知道公務員辦事效率不高的問題，在古代，這叫怠政，現在一般的說法是為政不作為。康熙如何處理這個問題呢？說實話，很難，但康熙還是一步步地努力，力求提高整個官僚集團的效率，樹立起官僚集團的聲譽。
康熙發現文武官員中有一個陋習，他們借著過節送禮行賄。康熙對此非常憤怒，並認為這是明朝陋習，大清的官員不應該這樣，但是要解決這種陋習非常難。康熙曾經對直隸巡撫格爾古德說：「這些總督啊，巡撫啊，貪婪的占多數，朕心裡是雪亮的。」後來，他又跟禮部尚書湯斌說：「天下有才能的官僚不少，但是操守清廉的官員卻很少見。」康熙說出這番話時非常無奈，縱使康熙文韜武略，南征北戰，對付敵人很厲害，但是對於自己手下的這批官僚也感覺無可奈何。
康熙十八年，京城發生地震，康熙命令文武百官上書言得失，官員們總結出了六大問題，其中就有「吏治腐敗，民生艱難」，地方官為了前途，諂媚上司，搜刮百姓。京城的一些大官也好不到哪裡去，他們巧立各種名目中飽私囊，地方的官僚如果要向戶部報銷的話，是必須得送禮的。不送禮的話，戶部官員就對其百般刁難。送夠了禮，即使虛報，也可以通過。貪腐事件已經形成集團化的趨勢。
官員們在推薦人才的時候，習慣於推薦自己的親朋好友，互相包庇，結黨營私。即使像康熙這樣賢明的君主都拿不出非常有力的措施對付這些官場腐敗現象。譬如，康熙發現山西巡撫穆爾賽貪酷成性，穢跡昭彰，但當康熙問大學士和九卿們穆爾賽這個人為官怎麼樣時，這些人居然一起包庇，說穆爾賽這個人是一個好官，為政清廉，體恤百姓。
康熙的首席大臣明珠也是一個貪官，但康熙始終沒有動他。康熙曾經對明珠說：「明朝末期，君臣隔閡，導致天下有難，百姓生存難，上面不守道，下面不守法，結果亡國了。」康熙的言外之意是希望明珠能夠收斂點，可是管用嗎？說實話，沒多大作用。
但對於吏治，康熙絕不會不聞不問，他多次表明自己整飭吏治的決心。康熙公開說：「現在什麼事情都可以慢慢做好，唯獨吏治安民這件事最不能遲緩。」
為了整頓官吏，康熙實行了考核制，定期對官員進行抽查。在康熙後三十年里，處理了一千五百多個官僚，這些人要麼因為「才力不及」，要麼因為「浮躁」被降職調用，還有一千五百多人被革職。受到表彰的清官和有能力的官員有七百多人，被懲處的官員有五百多人，被辭掉的老弱幹部有兩千七百多人，這些老弱已經失去了工作能力，仍然霸佔在崗位上，讓康熙很不滿。
康熙的這些措施收到了一定的效果，但仍然還只是治標。除此之外，康熙在思想教育方面也花費了大量的心思，但是思想教育是所有方法里效果最不好的。這些官僚都是聰明人，你跟聰明人說老生常談的道理不管用。
當然，康熙還實行了另一個有效的方法：密奏。密奏可能存在挾私報復的情況，康熙並不會一味相信密奏的內容，會進行核實工作。用密奏的方式查貪官，效果比思想教育要好得多，通過這種方式，康熙查出了大量的貪官。
貪官是查不盡的，康熙能力再強也沒有三頭六臂，所以在治貪的同時他積極宣揚清官，樹立榜樣作用。
康熙二十年（1681年）二月，他召見了直隸巡撫于成龍，當面誇獎他：「你是這年頭第一清官，朕對此是心知肚明的，希望你能夠始終保持這種氣節，像你這樣的人就是我大清的棟樑啊！」康熙經常對大臣們誇獎于成龍，希望大家以于成龍為榜樣。對於成龍，康熙屢次給予榮譽和經濟上的嘉獎。于成龍死後，康熙因為他操守始終如一，加封太子太保，謚清端，並親自送給於成龍家人「高行清粹」的匾額。
事實證明，榜樣的力量是無窮的，康熙推出一個于成龍是希望出現千百萬個于成龍。雖然一時間不可能出現這麼多清官，但也陸續出現了一些，清官逐漸形成了一股力量。大清的官僚體系里出現了一股清流，像傅臘塔、格爾古德、范承勛、王騭、彭鵬等這些人都是清官。
康熙不僅提拔清官，而且對清官進行了必要的保護。康熙很清楚，清官廉吏在官場上很容易受到排斥，對於那些攻擊清官的言論和行為他從不輕易相信，而是切實考察。江寧知府陳鵬年是一個清官，康熙南巡來到江寧時，陳鵬年極力阻止總督增派錢糧，結果總督為了整他，讓他接待康熙。康熙的近侍照例找到陳鵬年，向他索賄，陳鵬年不理。近侍便故意陷害陳鵬年，在康熙卧榻上放一個蚯蚓簍。
這事發生後，康熙當然不高興了，心想，你這個陳鵬年是怎麼接待我的，居然在床上放了個蚯蚓簍。但康熙在江寧織造府的時候，曾經問了一個小孩子：「你們這裡有好官嗎？」小孩當即說出了陳鵬年的名字。康熙再派人調查，發現陳鵬年確實是一個清官，他覺得這事不對勁，陳鵬年應該不會做出這種事情，於是派人去調查，發現是別人想陷害陳鵬年。還有一次，陳鵬年被人陷害入獄，百姓們紛紛為他請命。這些事情被康熙發現後，力保陳鵬年，並接連將他升為浙江巡撫、兵部侍郎、左都御史、兩江總督、河道總督、吏部尚書等等。
康熙經常鼓勵官員們要做清官，他說：「做好官，不僅自己光榮，還能光宗耀祖，反之則身敗名裂，留下罵名，做貪官有什麼好的？」
巡視的時候，他對山東官員說：「做官啊，清廉放在第一位，當清官是一件快樂的事情，不但百姓景仰，就是卸任之後，百姓追思，建立祠廟，豈不是美事。百姓的口碑是非常重要的，希望各位好自為之。」
獎掖清官的同時，康熙對貪官的打擊也毫不手軟，康熙二十三年（1684年），處決了貪官王永祚。康熙二十五年（1686年），揪出了蔡毓榮貪污集團，鑒於蔡毓榮平定吳三桂有功，免死刑，發配黑龍江。
康熙二十四年（1685年），展開了對穆爾賽貪污案的清查，再次挖出了一個龐大的貪污集團。
總之，在康熙執政期間，始終將吏治作為頭等大事。雖然康熙所做的一切是為了統治階級的利益，譬如他就始終沒有拿下大貪官明珠，但他在吏治方面做出的功績還是應當肯定的。