西藏上空風雲變幻，準噶爾首領策妄阿拉布坦對西藏窺伺已久，他感到奪取權力的機會到了。
早在康熙四十五年（1706年），策妄阿拉布坦就試探性地邀請倉央嘉措到準噶爾來講學，遭到拉藏汗的拒絕。為了消除拉藏汗的戒心，他又改變政策，與拉藏汗和親。康熙五十三年（1714年），策旺阿拉布坦和拉藏汗結為兒女親家，與此同時，他又積極聯絡西藏的反對勢力，密謀推翻拉藏汗的統治。
康熙五十五年（1716年）十一月，策妄阿拉布坦派堂弟策零敦多布以護送女婿噶爾丹丹衷（拉藏汗的兒子）夫婦回藏省親為借口，秘密組織了一支六千人的軍隊向西藏進發。此外，策旺阿拉布坦還組織了三百人，對格桑嘉措所在的青海塔爾寺進行突然襲擊，計畫搶奪格桑嘉措，然後護送格桑嘉措進入布達拉宮。
策零敦多布不走尋常路，選擇了一條極為隱蔽的路線。他從南疆和田出發，翻越巍峨的崑崙山脈，再途經阿里，抵達藏北的那曲。這條路線非常艱險，海拔很高，一路上人煙稀少，之所以選擇這條路有兩個原因，既能避免被清軍發現，又能出其不意攻擊拉藏汗。
當這支部隊出現的時候，完全出乎拉藏汗的意料。在藏北納木錯湖畔，拉藏汗匆匆和敵人展開戰鬥，但這一切出乎拉藏汗的意料，他始終覺得和談是可能的，因此貽誤了戰機。再加上準噶爾軍隊事先已經對西藏內部進行了分裂瓦解，拉藏汗的軍隊很快就被打敗。隨即，準噶爾軍隊包圍了布達拉宮，殺死拉藏汗，囚禁了伊喜嘉措。
準噶爾軍控制西藏後，開始進行了一系列的屠殺和劫掠，非黃教的寺廟被摧毀的有五百多所。
由於西藏地方遙遠，康熙很晚才得知這個消息。他立即派遣滿族將領額倫特和蒙古族將領色楞去征討，兩人統帥七千人，從青海出發。色楞率領先鋒部隊偵查，額倫特帶主力尾隨。不過，這次出征因為準備不充分，而且兩個將領脾氣不和，在到達藏北那曲一帶時遭到準噶爾軍隊的襲擊，清軍大敗，額倫特戰死。這次失敗的主要責任還在於色楞，色楞有勇無謀，輕敵冒進，他帶著先鋒部隊進入敵人埋伏圈後，看到敵人後退，不知是計，拚命追趕，結果讓全軍都深陷泥潭，再加上糧草也被敵軍切斷，結果全軍覆沒，色楞本人也陣亡。
準噶爾取得了這次勝利，非常得意，他們繼續向東進軍，打算和清廷爭奪巴塘、里塘等地，甚至企圖進犯青海、雲南。
清軍失敗的消息傳到朝廷後，大家熟悉的場面又出現了，王公大臣們紛紛說西藏偏遠，地形險惡，不宜出兵；康熙卻力排眾議，認為如果不出兵西藏，邊境將不堪設想，所以必須出兵。當然，在出兵之前，康熙要總結上次失敗的原因，在康熙看來，失敗的原因就是不夠重視，準備不足，派出的兵力不夠多。
這次，康熙任命皇十四子固山貝子胤禎為撫遠大將軍，統領三路大軍開赴前線，號稱三十六萬大軍，實際數目可能也就五六萬人。
為了孤立準噶爾，康熙還進行了政治工作，爭取青海蒙古王公的支持。
康熙五十七年（1718年）十月，康熙提拔四川巡撫年羹堯為四川總督，康熙的目的是讓年羹堯開闢由四川進軍西藏的路線，能夠保證各路兵馬隨時開入西藏，讓西藏斷掉天高皇帝遠的念頭。年羹堯上任之後，不負所望，在成都駐兵，並設立驛站。康熙還讓大臣帶領滿洲兵一千人、蒙古兵一千人、吐蕃兵兩千人、綠營步騎兵各一千人，護送新達賴入西藏，所有這些事情都由年羹堯總理。
雖然康熙很積極地備戰，務求勝利，但是大臣們還是很擔心，實際情況正如康熙所料，清軍所向披靡。準噶爾軍隊根本就沒有做出有效的抵抗，其時，藏人早就對準噶爾部不滿，準噶爾軍隊在西藏的殘暴行徑引起了藏人的不滿。清軍進入拉薩後，藏人普遍表示歡迎。
清軍進入拉薩這天是九月十五日，拉薩上空晴朗無雲，滿漢大臣、蒙古各部落的首領、西藏的喇嘛貴族紛紛歡迎清軍，然後在布達拉宮為格桑嘉措舉行隆重的坐床典禮。
根據《清聖祖實錄》的記載：「喇嘛人等感激聖主再造弘恩，罔不踴躍歡欣，男女老幼襁負來迎。見我大兵，群擁環繞，鼓奏各種樂器……」
清軍護送達賴入藏，由此贏得了藏族人民的歡迎，充分體現了康熙處理民族問題的高明手段。
接下來，康熙要做的是重建西藏的行政機構。
康熙讓清軍統帥延信將軍先成立臨時的軍政府，軍政府的主要責任是清除準噶爾分裂勢力的餘孽，並打擊準噶爾的支持者。對於那些違法作亂的喇嘛也絲毫不留情面，該殺的殺，該囚禁的囚禁。
到康熙六十年（1721年），終於完成了西藏政府的改組工作。康熙廢黜了西藏地方政府中的第巴一職，改設多名噶倫共同負責行政工作，這是康熙為了促進西藏穩定而實行的分權制度。剛開始的時候封了三名噶倫，這三名噶倫都是當地人，但是都非常忠於清廷。康熙既採用了藏人治藏的方法，又直接控制了西藏的地方政府，一舉兩得。
在蒙古王、眾貝勒、台吉和酋長們的請求下，康熙允許他們在拉薩為自己建立豐碑，永垂不朽。隨後，清軍在拉薩留下三千人的駐藏軍隊，為了保持對西藏的有效控制，清政府還在西藏周邊駐留軍隊。西藏如果出現動亂，這些軍隊會第一時間趕到，這無疑維護了西藏的穩定。
由於康熙的雄才大略，結束了蒙古部落對西藏的控制權，西藏再次進入中央政府的管轄之下。