康熙三十五年（1696年），清軍在昭莫多打敗噶爾丹。在繳獲的物品中，康熙發現了桑結嘉措和噶爾丹交往的文書，此外，還從投降的戰俘中得知五世達賴早已圓寂。
八月，康熙派人持敕書到西藏，揭露桑結嘉措勾結噶爾丹、欺騙朝廷的罪行。使者來到後，要桑結嘉措就以下四個問題作出答覆：
一、五世達賴早已去世，為何不向皇帝報告？秘不發喪到底是什麼意思？
二、為何要跟噶爾丹狼狽為奸，幫助噶爾丹搞分裂活動？濟隆活佛為何不但不阻止噶爾丹，反而為噶爾丹誦經助威？噶爾丹戰敗後，濟隆活佛為何用緩兵之計讓他逃走？應立刻將濟隆活佛送到北京來。
三、五世達賴圓寂後，為什麼不讓五世班禪主持事務呢？清廷邀請五世班禪進京時，為何恐嚇班禪說：「你這麼做的話，噶爾丹將會擊殺你。」請立刻讓班禪主持政務，並讓班禪進京朝覲。
四、立刻將嫁給青海和碩特部的噶爾丹女兒送到北京來。
康熙在詔書中毫不客氣地表示，如果沒有給上述問題一個圓滿的答覆，將立即發兵進攻西藏。軟硬兼施是康熙的看家本領，在處理各種問題上他做得遊刃有餘，隨心所欲不逾矩。
桑結嘉措針對康熙的強硬，不敢不給出答覆：
一、五世達賴圓寂已經十六年，當時情況緊急，時運艱難，為了防止西藏地區發生動亂，所以才秘不發喪。現在六世達賴已經十五歲了，我們將在康熙三十六年為他舉行坐床典禮，懇請皇帝在此之前對此事保密。
二、濟隆活佛確實有罪，我們已經革去他的職位，並抄沒他的家產。我們一定會遵旨將他送到北京的，還望皇帝開恩，不要殺了他。
三、五世班禪沒有赴京不是因為那個原因，只是你們派出的使者說出了一些恫嚇的言語，所以才沒去的。關於班禪何日赴京，我們一定會詳加討論的，到時給皇帝一個圓滿的答覆。
四、噶爾丹的女兒是在噶爾丹攻打喀爾喀之前嫁給博碩克圖濟農的兒子，他們結婚前噶爾丹還是一個很老實的人，所以他的女兒實在是無辜的，希望皇帝不要拆散他們，以免妻離子散，多不和好。
康熙畢竟是一個明君，雖然他對桑結嘉措很不滿，但是為了各民族的團結和友好，他還是做出了讓步。康熙本著「不生事為貴」的原則，寬恕桑結嘉措的罪行。桑結嘉措也履行了自己的承諾，將濟隆活佛送到北京。濟隆到北京後，遭軟禁病死。
儘管得到康熙的原諒，但桑結嘉措已經無法控制住西藏的局面了。康熙三十七年（1698年）正月，噶爾丹的侄子策旺阿拉布坦便上疏彈劾桑結嘉措：「第巴桑結嘉措這個人在達賴死之後秘而不宣，分明有什麼不可告人的企圖……他詐稱達賴之言，在喀爾喀中製造混亂，如此好事唯恐天下不亂的喇嘛，實在是自古未有。希望皇上能夠明察，不要讓法門受玷辱，請陛下蕩滌法門，使之乾淨吧！第巴這個人做的壞事當然遠不止於此，他還監禁班禪，派兩個紅帽喇嘛詐稱是達賴的化身，第巴如此破壞法門清譽，實在是天理難容神佛共怒啊！」
康熙對此並沒有做出明顯的表態，他很清楚，策旺阿拉布坦是在跟桑結嘉措爭權，如果處理不好，肯定會引起麻煩。
看桑結嘉措不順眼的遠遠不止策旺阿拉布坦，和碩特部汗王對第巴也非常不滿。康熙四十年（1699年），和碩特部的達賴汗去世，其子旺扎爾繼位，兩年後，旺扎爾的弟弟拉藏汗趕走哥哥，自己登上汗位。拉藏汗繼位後，跟桑結嘉措的矛盾更加激烈，並於康熙四十四年（1705年）在拉薩發生戰爭，桑結嘉措兵敗被殺。這樣一來，和碩特蒙古重新取得在西藏的統治地位。
拉藏汗的這些軍事行動無疑深得康熙歡心，心腹仇敵被拉藏汗清除了，康熙的心情是喜悅的，他給予了拉藏汗充分的信任。
西藏問題是非常複雜的，矛盾盤根錯節，宗教領袖達賴和軍事集團和碩特汗王是自古就存在矛盾，他們都想奪得西藏的最高統治權。顧實汗死後，青海的台吉們和西藏的和碩特汗之間為了爭權也發生了衝突，青海的這些台吉們內部又有許多分歧和矛盾。各種勢力都想挾持達賴以提高自身的威望，真假達賴就是在這樣的情況下發生的。
五世達賴死後，居然出現了三個六世達賴。
真假達賴之爭的肇始者是拉藏汗。康熙四十四年七月，拉藏汗突然給康熙上了一道奏章，陳述了「假達賴」事情的整個經過，拉藏汗的意思是由桑結嘉措確立的倉央嘉措六世達賴根本不是真的轉世靈童，這個倉央嘉措好酒好色，哪有佛門高人的半點樣子。拉藏汗請求康熙廢黜這個達賴，然後尋找真正的轉世靈童。
這個倉央嘉措到底是個什麼人呢？他的表現又有什麼異於活佛的地方呢？
倉央嘉措來到布達拉宮後，他的表現跟前世完全不一樣，他也很聰明，不過他的聰明停留在對愛情和詩歌的追求上，跟人們印象里的活佛迥然有別。他寫了很多有名的詩句，我們不妨摘錄幾首：
心中愛慕的人兒，若能夠百年偕老，不亞於從大海裡面采來珍奇的異寶。
凜凜草上霜，颼颼寒風起。
鮮花與蜜蜂，怎能不分離？
為愛人祈福的幡兒，樹在柳樹旁邊。
看守柳樹的阿哥，請別用石頭打它。
一個活佛居然是寫情詩的高手，這是人們無法接受的。桑結嘉措生前也試圖糾正他這種離經叛道的傾向，可是根本不起作用。當桑結嘉措被殺後，拉藏汗將他押往北京。令人吃驚的是，在行至西寧口的時候，這位「假達賴」居然病故。究竟是不是病故無人清楚，有人說他是被害，也有人說他到五台山雲遊去了。
倉央嘉措死後，拉藏汗受命尋找真正的轉世靈童。拉藏汗立伊喜嘉措為新的六世達賴，伊喜嘉措當了十一年達賴，而且經過班禪和康熙皇帝的確認，但是始終無法得到藏族人民的承認。西藏人民始終認為倉央嘉措是六世達賴的真身，儘管拉藏汗苦口婆心地告訴人們倉央嘉措種種離經叛道的行為，可惜無法動搖百姓對倉央嘉措的信仰。由於西藏內部對這個達賴不信任，康熙四十八年（1709年），康熙以青海台吉和拉藏汗不合為由，派遣侍郎赫壽入藏，協助拉藏汗管理西藏事務。這是清廷第一次派遣駐藏大臣，由於西藏的局面比較複雜，康熙派人到西藏封五世班禪為班禪額爾德尼，通過提升班禪的宗教地位來緩解西藏的宗教危機。
由於西藏上下對伊喜嘉措很不滿，拉藏汗的壓力很大，如果這個傀儡得不到西藏人的擁戴，那他的統治權就會受到威脅。後來，拉薩上層找到了一個名叫格桑嘉措的人為真達賴的轉世靈童。康熙再次讓班禪確認這個真假，班禪仍然認為這個是真的。
康熙皇帝廢黜倉央嘉措的行為引起了西藏人民的抵觸情緒，他支持的拉藏汗在西藏也深陷政治危機。在西藏內部，逐漸醞釀起一股風潮，企圖尋求準噶爾部落的人來趕走拉藏汗。
後來西藏發生動亂，拉藏汗被殺，伊喜嘉措被囚禁在拉薩的藥王山上。