在元朝的時候，西藏就隸屬於中央政府。當然，西藏享有比較高的自治權，在西藏實行的是政教合一的統治。康熙在處理西藏問題時表現出了成熟的政治智慧，既借鑒了歷代統治者的智慧，又做出了一些自己的創新。
在元朝以前，西藏不叫西藏，而是稱作吐蕃，金庸《天龍八部》裡面的鳩摩智就是來自吐蕃的。蒙古人入主中原建立元朝後，由於他們信仰喇嘛教，所以賦予喇嘛在西藏的統治地位。喇嘛教又分為四個教派，其中以寧瑪派最為古老，寧瑪在藏語里本身就是古老的意思，這個教派也最為神秘，繼承了吐蕃時期的一些密咒，所謂的西藏密宗跟這個教派就有很大的關係。寧瑪教派的喇嘛穿著紅衣紅帽，又叫紅教。
第二個教派是薩迦派，薩迦派是北宋年間創立的。薩迦在藏語里的意思是灰白色的土地，這個教派的起源跟吐蕃一個貴族的後代有關。北宋熙寧六年，吐蕃貴族後裔昆·貢卻傑布在今天薩迦寺附近發現一個山坡，這塊山坡的土地呈白色，而且有光澤，呈現出祥瑞。貢卻傑布認為這是一個好兆頭，便出資在這裡建造了一個寺廟，名為薩迦寺。薩迦派就是這麼來的，薩迦派有血統和法統兩種傳承方式。
第三個教派為噶舉派，噶舉在藏語里的意思是口口相傳，該教派在藏傳佛教里支脈最多，該教派主要通過對人體的修鍊達到一種很高的境界。由於該派僧侶都穿著白衣白帽，俗稱白教。
第四個教派是格魯派，格魯是善規的意思，該教派提倡僧侶應該嚴守戒律，該派僧侶穿著黃衣黃帽，俗稱黃教。
那麼，西藏的活佛轉世制度是怎麼來的？
活佛這個詞語最早出現在元代，由於薩迦派教主八思巴對元朝有功，忽必烈封他為「西天佛子，化身佛陀」，從此，人們就開始稱西藏高僧為活佛，在當時活佛不是特指，而是泛指修行到一定境界的僧侶。活佛制度創立以後，活佛才成為教派領袖人的稱呼。
1252年，忽必烈召見國師八思巴時，也召見了噶舉派法事噶瑪拔希。噶瑪拔希見八思巴受寵，不願跟隨忽必烈，反而投靠了蒙古大汗蒙哥。蒙哥封噶瑪拔希為國師，並賜給他一頂金邊黑帽和金印。1283年，噶瑪拔希圓寂之前，為了保持本教派的既得利益，提出佛法不滅生死輪迴，並說自己還會化身再來人間，臨終前他要求弟子們找到一個小孩繼承自己的衣缽，並告訴他們這個小孩就是自己的化身。像這樣的小孩又被稱為轉世靈童，活佛制度就這樣建立起來了。活佛轉世制度一直傳到今天，還在繼續。
需要說明的是轉世制度分為兩種，一種是上面提到的達賴轉世制度，一種是班禪轉世制度，後者是康熙一手打造的產物。
根據格魯派的理論，達賴是千手觀音的化身。以前，西藏掌權的教派是紅教，也就是寧瑪派，紅教允許喇嘛娶妻，達賴的位置父子相傳，所以沒必要創立活佛轉世制度。後來黃教掌權，由於黃教禁止喇嘛娶妻，這就涉及繼承人問題，同時為了保持教派的神秘感和既得利益，創立了活佛轉世制度。
那麼，他們又是如何尋找轉世靈童呢？總不至於逮住誰就是誰吧？
達賴在臨死前會給出一個指定的地點和方向，然後根據達賴圓寂時誕生的一些嬰兒，由達賴弟子尋找確認。
一般來說，在遴選靈童的時候有五道程序。
首先是弟子根據達賴生前的指示去尋找，必須注意的是，需要等達賴逝世一年後才能尋訪。有時候能找到一個靈童，有時候會找到好幾個。
如何確定找到的這個人就是靈童呢？這就涉及第二道程序，辨認器物。弟子們會拿來達賴或者班禪生前最喜歡的器物，然後把一些同類的器物放在一起，讓靈童去抓。如果靈童抓到活佛生前最喜歡的器物，說明就是靈童。
即使通過了這兩關還不夠，還得在寺廟裡請護法神降下神諭，如果神諭的結果和辨認器物的結果一致，那麼這個靈童基本上就通過了。假如有好幾個靈童，而且都通過了這三關，那麼就需要進行第四道程序了。
第四道程序是金瓶抽籤，兩個或兩個以上的靈童就在御賜的金瓶前面抽籤，誰運氣好誰就是靈童。
第五道程序是得到皇帝的認可，由皇帝簽字蓋章，結果才算生效。
靈童轉世是真是假，我們這裡就不討論。我們需要知道的是，靈童不是一找到就可以成為達賴，必須在十八歲成人後才能承襲達賴的職位。
早在清軍入關之前，清朝就和西藏保持著密切的關係。在皇太極時代，達賴、班禪等人就向大清進貢。順治時候，五世達賴桑結率領班禪和顧實汗使者到京城朝覲皇帝，受到順治的隆重接待。
康熙初年，青海蒙古和清軍發生衝突。三藩叛亂期間，吳三桂曾經派人尋求達賴和顧實汗的支持，青海的很多蒙古貴族，有一部分人支持吳三桂，甚至在康熙十四年進攻了清軍。對於這些，康熙都看在眼裡，他一再叮囑達賴要「約束部落，勿為邊患」。康熙還邀請達賴一同出兵雲貴川一帶，達賴雖然表面上點頭，但沒有任何實際行動。在吳三桂開始走下坡路的時候，達賴還為吳三桂求情：「如果吳三桂最後窮途末路，請求聖上免他一死。我希望你們倆能裂土講和。」
達賴的請求讓康熙非常生氣，他怒道：「朕是天下四方的統治者，怎麼可能跟別人裂土平分天下？」
平定三藩叛亂後，康熙讓達賴歸還吳三桂劃給他的土地，以此表達對達賴的不滿。
當然，西藏內部矛盾也非常複雜，要想了解當年西藏複雜的局勢，還得從桑結嘉措這個人說起。五世達賴對桑結嘉措特別喜愛，桑結嘉措八歲的時候，他就把他召進布達拉宮。要知道，桑結嘉措不是什麼靈童，這種特殊的照顧不免有些蹊蹺。
關於桑結嘉措的身世，西藏一直流傳著一個傳說，說桑結嘉措是五世達賴的私生子。當然，也有一些人認為像五世達賴這樣的高僧不可能做出這樣的事情。不過，我們在五世達賴的傳記里還是可以發現一些可疑的跡象。1652年（順治九年），五世達賴進京之前的某天，從哲蚌寺到色拉寺去，沿途經過了拉薩貴族仲麥巴的家，並在那裡過夜，當晚，仲麥巴的主婦侍寢，也就是陪他睡覺。傳記採取了隱晦的說法，說千手觀音化身的達賴在那裡遺留了一顆寶珠。
後來，鑒於五世達賴對桑結的特殊感情，很多人相信這個傳說是真的。
五世達賴將桑結接到布達拉宮以後，對他精心栽培，不僅想把他培養成一個學者，更希望讓他成為自己的接班人。1676年，第三任第巴辭職時，達賴指定桑結嘉措繼任這個位置。第巴相當於藏王，是西藏這塊地方最高行政長官，地位僅次於宗教領袖達賴。對於這樣的一個職位，桑結嘉措以自己太年輕、資歷不夠為由拒絕了。布達拉宮的財務總管扎倉涅巴羅桑巴金擔任了這個職位，不過他僅僅是起一個緩衝作用，目的是讓桑結嘉措穩著陸。三年後，這個人就辭職了，桑結嘉措穩穩地坐上了這個位子。
五世達賴還專門頒布文告，詳細介紹桑結嘉措的學識、品德和能力，希望僧眾同意他當上第巴。這份文告至今還在布達拉宮正門入口處德陽廈過廳的南牆上，下面端端正正地打著五世達賴的兩隻金粉手印，由此可見五世達賴的良苦用心。
康熙二十一年（1682年）二月二十五日，五世達賴在布達拉宮圓寂，這就意味著西藏最高權力出現真空。桑結嘉措果斷地做出「秘不發喪」的決定，也有一種觀點認為，這是五世達賴的意思。
桑結嘉措的保密工作做得相當徹底，每個環節都受到嚴密的控制，他們在布達拉宮裡選擇了一個跟五世達賴長得很像的人，讓這個人偽裝成達賴，在寶座上擺擺樣子。同時，對外宣布達賴要長期進修，一切事務由第巴暫行處理。桑結嘉措不愧是一個能力非常強的人，他一方面要代理達賴處理政教事務，一方面還得保護達賴的肉身，並修建靈塔。最關鍵的是，還得在神不知鬼不覺的狀態下尋找轉世靈童。
桑結嘉措為了鞏固自己的權力，秘密與噶爾丹勾結，反對和碩特部的顧實汗子孫，顧實汗是成吉思汗弟弟的十九世孫。桑結企圖通過噶爾丹的力量趕走和碩特部落。康熙第一次親征噶爾丹之時，桑結嘉措曾經派遣濟隆活佛到噶爾丹軍中誦經；噶爾丹戰敗後，濟隆活佛又以講和為由拖延時間，讓噶爾丹得以逃跑。
正是在這期間，發生了真假達賴之爭。