康熙二十二年（1683年），清軍在黑龍江東岸古城的廢墟上建立起黑龍江城，也就是璦琿。在這裡架上大炮，預備軍艦，布置一千五百名官兵，由寧古塔的副統領薩布素率領。第二年冬天，康熙又增派一千寧古塔和達斡爾官兵到黑龍江城。這年冬天，康熙又從北京派出六百士兵前往黑龍江城。為了對付俄軍大炮，康熙又從全國各地將大炮運往黑龍江城。
在糧草方面，康熙也下了很大工夫，他很清楚，如果糧草不充足，即使戰爭勝利了，也無法鞏固勝利果實。康熙給黑龍江城送去了大量的糧食，這些糧食可以維持三年。
康熙二十二年，薩布素率領一千人在黑龍江一帶巡視，前鋒部隊遇到了六十六名沙俄侵略軍，薩布素下令迅速包圍俄軍，俄軍無奈之下，只好選擇繳械投降。在反抗侵略者的鬥爭中，黑龍江人民也起了不可估量的作用，他們拿起武器，保衛家園，擊殺外來的侵略者。當地人民配合清軍消滅俄軍，為他們做嚮導，給他們提供食物。軍民同仇敵愾，趕走了黑龍江中下游的俄軍，雅克薩變成了一座孤城。
這些行動為決戰的勝利奠定了基礎。
康熙二十三年（1684年）五月，副都統馬喇和薩布素商量，決定先割取俄軍的田禾，等俄軍糧草陷入困境，再派輕騎剿滅。康熙接受了這個計策，讓薩布素兵分兩路向雅克薩進發，一路軍隊搗毀俄軍田禾，另一路埋伏起來，如果俄軍出現，就伺機滅掉。
可惜，出於種種原因，薩布素並沒有執行康熙的命令，他的理由是毀掉對方的田禾不方便，徒然讓士卒疲勞。這個理由非常奇怪，由於我們不在現場，無法知道當時的情況，薩布素的話肯定是借口，他是不是有什麼難言之隱呢？我們不知道，我們只知道薩布素是一個優秀的將領，而且相當清廉。他當時之所以這麼做肯定有他自己的理由，將在外軍令有所不受也是可以理解的。但是雄才大略的康熙皇帝很憤怒，指責薩布素坐失良機。在隨後的一些作戰中，康熙對薩布素也很不滿。
薩布素在1702年鬱郁離開人間，他雖然是一個抗俄英雄，但始終得不到康熙的好感，在官場上頗為失意。
康熙在武力備戰的同時，也沒有放棄和平解決的途徑。對於被俘的俄軍，康熙要求部眾善待，不準殺戮一人。
康熙二十四年（1685年）三月，為了讓俄軍儘快撤出雅克薩，康熙致書沙皇，國書由投降的俄軍帶到莫斯科，這番國書有禮有節、恩威並在，內容如下：「以前，我們兩國井水不犯河水，你們沒有騷擾過我們的邊境；後來，你們入侵我邊境，騷擾百姓，民不聊生。本來，朕應該立刻發大軍征討，但恐這麼一來，傷了兩國的和氣，讓邊境百姓受苦，所以不忍發兵。朕以前把自己的想法和態度告訴了你們使臣，還派人到雅克薩和尼布楚反覆講明立場，至今沒有看到你們派人來回信。你們不但不收斂，反而變本加厲，跑到我國來，滋事搶掠。即便如此，朕也不想立刻征討，只是派遣官兵，截斷你們的去路，對於投降的羅剎，朕一個都沒有殺，反而恩養他們……但你們始終不知好歹，仍然無法無天，這是在逼朕動刀子啊！如果你們尚有愛民之心的話，希望你們體諒你們的百姓，免得他們承受戰亂之苦。希望你們立刻撤出雅克薩和尼布楚，回到你們自己的國家，如果你們能做到這點的話，兩國就相安無事，和睦相處。」
對於康熙的警告，沙俄根本懶得理會。和平解決邊境問題是沒有希望了，康熙二十四年，康熙命令都統公彭春、前都統郎坦、班達爾沙和薩布素為將領，率領滿漢蒙達斡爾等眾多民族的軍隊前去攻打雅克薩。聽到這麼多民族的軍隊，很多人一定以為是十幾萬大軍吧，事實上只有三千人。
三千人在邊境戰場上規模還是非常大的，從前面我們看到，經常是幾十上百人交戰。三千大軍從璦琿出發，分成水陸兩路，進攻雅克薩。
剛開始幾天，行軍很不方便，下了暴雨，雷電交加，江水泛濫，尤其是水軍根本前行不了。幾天後，大雨停了，部隊才繼續前進。行軍過程中還發生了一件有趣的事情，這時，軍隊中缺少肉食，忽然看到幾萬頭鹿從山上疾馳下來，將士們都非常興奮，紛紛拿起弓箭打獵，一次獲取了五千頭鹿，肉食問題完全解決了。
六月初，清軍終於抵達雅克薩，將指揮部建立在雅克薩對面的一個小島上。六月二十三日，清軍來到雅克薩城下，在交戰之前，清軍將康熙的書信交給俄軍。在書信中，康熙再次表示只要俄軍撤出雅克薩和尼布楚，兵戈之事就可以避免。
先禮後兵，康熙的政治智慧在當時世界絕對是一流的。不過，俄軍並不買賬，他們仗著城堡堅固，對清軍出言不遜，更別說遷回沙俄內地了。
清軍於是包圍了雅克薩。二十五日清晨，俄軍的一支部隊坐船來支援雅克薩城，清軍將領林興珠帶著士兵跳進水中，拿到大刀沖向敵船。由於在水中，俄軍的炮火完全不管用。看著清軍勇猛的樣子，俄軍驚呼：「大帽韃子。」
清軍靠近船隻後，大砍敵軍的腳，俄軍死傷大半，紛紛墜入江中。僥倖逃脫的俄軍頭也不敢回，這一戰，清軍沒有損傷一個人。
趕走了俄軍援軍後，清軍開始集中火力攻城。俄軍有大炮，清軍也有大炮，雙方打得難解難分，最終俄軍不敵，清軍的神威大炮轟得俄軍傷亡慘重，以至於俄軍的神甫不得不捧著十字架向上帝求援。看到俄軍嚇破膽後，清軍開始在城牆周圍堆積柴火，準備焚燒城堡。雅克薩長官托爾布津嚇得滿頭是汗，再這麼抵抗下去，可能有全軍覆沒的危險。無奈之下，托爾布津向清軍投降，並且表示再也不來雅克薩了。
失去二十多年的雅克薩終於回到祖國的懷抱，令人傷心的是，最終雅克薩還是失去了。不過，這已經是幾百年後的事了。
戰場上的勝利並不能彌補決策的失敗，清軍在攻陷雅克薩之後，沒有在雅克薩駐軍，甚至沒有割取雅克薩附近的田禾，就將全部將士撤回到璦琿。
令人氣憤的是，清軍放走托爾布津後，托爾布津回到尼布楚，碰上了拜頓的援軍。拜頓是德國的一個軍事工程師，得知清軍撤離雅克薩後，他建議托爾布津再次佔領雅克薩。這次，托爾布津帶了五百人，再次佔領雅克薩，並將附近的田禾收割，用作糧草。在拜頓的指導和監督下，俄軍開始修建堡壘，由於有專家指導，堡壘比以前修得更堅固。
康熙二十五年（1686年），薩布素偵查到俄軍又回到雅克薩。薩布素把這個消息第一時間報告康熙，請求率艦隊親自去征剿。康熙還以為這是個謠言，他覺得羅剎不至於那麼大膽，後來從一名俘獲的俄軍口裡得知情況屬實。
康熙下令：「羅剎又在雅克薩城盤踞，如果不快速撲滅，他們勢必會積糧固守，時間長了，要拿下來就比較困難了。」
薩布素和郎坦等人率領兩千多官兵由璦琿出發，分水陸兩路，在七月十八日抵達雅克薩城下。到了以後，還是老一套，先警告俄軍「速回本土」，俄軍當然不買賬。這次，托爾布津有軍事專家拜頓的支持，加上火器充足，城防堅固；對比之下，清軍由於緊急調動，炮火明顯不足，主要武器還是弓箭大刀。儘管如此，清軍還是主動出擊，在當地居民的幫助下，屢次擊敗俄軍。
當然，這次要攻下城池確實沒上次那麼容易。雅克薩一帶冬天來得特別早，八月份就特別寒冷，康熙讓薩布素做好結冰時期的打算。在這種冰天雪地的地方打仗，天氣是影響勝負的至關重要因素。一旦結冰，肯定對攻城一方不利，守城者在城堡內至少不會挨凍。
薩布素不愧是一個優秀的邊防大將，他針對各種情況，很快就出台了一攬子計畫。首先，敵方城池堅固，薩布素暫停攻城計畫，而選擇長期圍困敵人，他在城牆三面挖了壕溝，設置了木樁鹿角這些障礙物，同時在城對面的島上築起指揮所，當作士兵們的過冬營寨。薩布素還將炮口對準雅克薩，封鎖江面；大江兩岸駐紮有水師，防止敵人從江上逃走，此外，還在城上游的港灣內，埋伏好戰船，堵截從尼布楚那邊過來的援軍。
薩布素負責圍城，索倫在從後方運來糧草。
就這樣，面對清兵的重重包圍，俄軍被困在城中無計可施。俄軍幾次企圖突圍，都失敗了。托爾布津在一次突圍中激戰身亡，隨後，拜頓接過指揮權。拜頓雖然是個軍事技術專家，但是對於俄軍當前的處境沒有任何辦法，城內俄軍缺乏糧食和柴火，饑寒交迫，不少士兵病死餓死。八百多俄軍最後只剩下一百多個人，眼看這些俄軍除了投降再也沒有活路，鑒於上次的經驗，投降了清軍會放過他們嗎？這是他們不得不考慮的問題。
康熙再一次伸出了橄欖枝，或許有人非常鬱悶，仗都快打贏了，幹嘛還要送橄欖枝。要知道，康熙並不是打仗的將領，他是一個政治家，準確地說，一個高瞻遠矚的政治家。
全殲雅克薩城內的俄軍容易，但是修得百年和平難啊！再加上這時候蒙古部落的一個叫噶爾丹的酋長很不安分，噶