康熙二十二年，鄭克塽、劉國軒、馮錫范等人奉命來到京城。康熙授予鄭克塽公爵頭銜，劉國軒和馮錫范為伯爵，給他們分配上等住房。在統一台灣的過程中，劉國軒起了很大的作用，施琅特地保薦了他。施琅說台灣島地勢險惡，波濤洶湧，要想輕易奪取恐怕很困難，在這種情勢下，劉國軒依然決定歸順朝廷，免致生靈塗炭，功勞實在不小。
康熙二十三年（1684年），康熙提拔劉國軒為直隸天津總兵官，劉國軒臨行前，康熙親自召見他，對他說：「台灣那地方鄭氏控制了六十多年，朕知道你一直心懷忠誠，前次施琅用兵征剿，你能順應天命，讓我很感動，所以特地提拔你為天津總兵官。天津這地方跟其他地方不同，應該多注意安撫工作，讓兵民相安，百姓安居樂業，這就是我對你的期望。」
此後，康熙還賞賜劉國軒大量的土地，答應劉國軒三代可以繼承他的爵位。
台灣已經屬於清政府，但是還有一個問題，那就是棄留的問題。這個問題在現在肯定不算問題，領土當然是越大越好，寸土必爭。但是當時，人們更多的是考慮實用價值。譬如，當時就有很多朝廷大員和封疆大吏認為台灣孤懸海外，容易滋生盜賊，乾脆不要了，直接守著澎湖列島就行。還有人建議說，把台灣島上的人民遷到內地，將台灣島棄置不用。
康熙年間，人口大概有四五千萬，面積卻比現在還大，所以不用擔心住房緊張耕地不足的問題。某些人主張放棄台灣島也是可以理解的，但這種觀點是缺乏遠見和戰略意識的。作為一個領導者，康熙一時之間也拿不定主意。
這時，施琅再一次發揮了作用，他對台灣實在太了解了，他告訴康熙台灣千萬不能丟，如果不要台灣必然會釀成大禍，收下台灣卻可以永鎮邊疆。這種見識是非常明智的，台灣就像大清國的一個海外基地，不沉的航空母艦，無論是在當時還是在後世都有極高的戰略意義。施琅還反覆強調，台灣並不是一個可有可無的荒島，台灣是一個寶島，物產豐富，土地肥沃，在這裡生活的人民什麼都不缺，日常用品應有盡有。如果將台灣人遷到內地，他們肯定是不樂意的，再說台灣人口密集，遷徙很不容易，而且要花費巨資；另外，台灣也是對付紅毛怪（荷蘭殖民者）的一個防守要地。
康熙並不是什麼都懂，他英明的地方在於能夠聽取大家的意見，深思熟慮之後，康熙表示：「台灣這塊地方關係重大，放棄不要的話肯定不行；如果遷徙當地人民，又擔心人民流離失所，抱怨多；派人鎮守的話，又擔心形成地方割據；如果換人，三年一守，換來換去的話，對當地人也不太好。」
最後，康熙決定在台灣設立一府三縣，派遣一個巡道負責，台灣隸屬福建。這樣一來就削弱了台灣的地位，防止鎮守台灣的人養虎為患。康熙派遣的駐台士兵也不多，只有八千，這些士兵統一受福建總督節制。
不久，康熙就任命楊文魁為第一任台灣總兵官，臨行前，康熙叮囑他：「台灣遠在海角，剛剛平定，人心可能不穩，而且那裡土著人什麼都有，你到了以後，一定要安撫有方，該立威的就應該懾之以威，該施恩的應該懷之以恩，總之要達到海外昇平，一片和諧。」
在台灣問題上，康熙再一次展現了自己的「妙手政經」，這些經驗對於今天仍然有很大的借鑒意義。