康熙元年五月初八，一代風雲人物鄭成功在台灣去世。
據說，鄭成功在臨死前，滿腦子想的還是光復大明，他拖著病體勉強登台，用望遠鏡瞭望澎湖列島。
真是一代忠臣，讓人想起鞠躬盡瘁死而後已這句話。
一天，鄭成功登台瞭望後，穿上明朝朝服。坐在高台上，一邊喝酒，一邊看明太祖朱元璋的《皇明祖訓》。讀到第二章的時候，鄭成功忽然發出感慨：「我有何面目見先帝於地下？」
說完，鄭成功雙手遮面，就這麼去世了。
鄭成功死後，由於沒有指定繼承人，台灣內政發生了危機。鄭成功的弟弟鄭襲暫時攝政，權力就像美女，很容易讓人迷戀。鄭襲忽然滋生了即位的想法，而遠在廈門的世子鄭經聽到這個消息，非常憤怒。他可不允許叔叔篡位，搶先一步在廈門即位。
叔侄兩人爭權，導致台灣內政混亂，人心渙散，將領間互相猜忌。清廷以為有機可乘，派遣福建總督李率泰和靖南王耿繼茂前往廈門，向鄭經招安。
此時，鄭經處於內憂外患中，台灣本土控制在叔叔手中，前方是清廷大軍，不跟清廷談判活不下去。此時此景，鄭經選擇了妥協。他先讓自己的族人率領八千人投降，自己跟清廷談判，表面是談判，其實是拖延時間。為了取得清廷的信任，鄭經陸續上繳明朝的公侯伯印以及土地清冊。
第二年，鄭經帶著心腹周全斌、陳永華和馮錫范等人打回台灣，平息內亂，一改此前的態度，拒絕招撫。
鄭襲失敗後，投降了清朝。十月，清廷任命靖南王耿繼茂為統帥，兵分三路進攻廈門、金門和泉州。除了泉州一路，清軍大敗外，另外兩路都取得了勝利，攻克了廈門和金門。
康熙三年（1664年），鎮守銅山的周全斌降清，鄭經率領戰艦撤到台灣。就這樣，鄭成功經營多年的沿海根據地全部落入清軍手中。
康熙六年（1667年）五月，清廷派遣福建總兵孔元章，帶著鄭經舅舅的信前往台灣和鄭經協商，希望兩岸進行通商。清廷主動示好是有條件的：鄭經必須向清廷俯首稱臣，定期納貢，並送子入京做人質。鄭經也提出了自己的條件：不剃髮，像朝鮮那樣擁有高度的自主權。對此，清廷不能接受，談判破裂。
後來，孔元章又幾次赴台協商，但都沒有達成共識。不過，在這過程中，鄭經巧妙地實施了一個反間計。他在言談中不經意地問了句：「聽說施琅和閣下關係好，有沒有文書作為交往的憑證呢？」
孔元章聽在心裡，回去後把這事馬上告訴了清廷。清廷還真像蔣干一樣中計了。
施琅是福建晉江人，早年是鄭芝龍的部將。順治三年，施琅跟隨鄭芝龍降清。後來，鄭成功邀請施琅一起反清，施琅拒絕了他。鄭成功一怒之下，將施琅的父親、弟弟、一個兒子和一個侄子都殺了。由此，兩人結下深仇大恨，施琅發誓要報仇。
施琅從小就生活在海邊，水性很好，而且對鄭氏知根知底，可以說是康熙收復台灣的一個利器。康熙元年，施琅被提拔為福建水師總督，在攻克廈門和金門的戰役中，施琅都立下大功。康熙三年（1664年），清朝授予施琅為靖海將軍，負責訓練水師，為渡海攻台作準備。
施琅的事業正在步步高升之時，孔元章忽然把這個消息告訴清廷，清廷不免懷疑施琅跟鄭經勾結。清廷原本對於降將就不是很放心，便將施琅調到京城監視，授官內大臣。隨後，清廷撤銷水師，焚燒戰船，將水師調到外省，導致攻台計畫流產。
康熙八年（1669年），再派遣豪華使團出使台灣，希望鄭經能以大局為重。鄭經仍然堅持自己的原則：不剃髮，像朝鮮那樣。
鄭經的政治太極玩得出神入化，讓康熙這樣的資深忍者都禁不住煩躁起來。康熙甚至差點做出讓步，答應鄭經的條件，結果被明珠阻止了。
吳三桂造反後，耿精忠在福建響應，並邀請鄭經一起出兵。鄭經如約，出兵攻佔了泉州、漳州、潮州三郡。康熙十四年，鄭經和耿精忠聯合攻打廣東，拿下許多城池。耿精忠是個非常貪婪的人，勢力壯大後，沒有如約將事前答應的漳州和泉州送給鄭經。鄭經很生氣，後果比較嚴重，鄭經直接攻下了漳州和泉州，據為己有。
康熙十五年（1676年），耿精忠投降，清軍收復了漳州、海澄一帶，將鄭經趕到廈門。
當時，吳三桂雖然在走下坡路，勢力還是非常強大。康熙為了集中精力對付吳三桂，決定對鄭經做出讓步。康親王傑書奉命與鄭經談判，但鄭經提出的條件比以前更苛刻，不僅仍然堅持以前的原則，還加上了許多附加的條款。如果息兵的話，清廷必須出讓漳州、泉州、惠州、潮州四府。康親王做出讓步，表示可以不剃髮，可以像朝鮮那樣，但是不同意給鄭經的軍隊發糧餉。
鄭經一看，你讓我做你的藩屬，又不給我發工資，可以啊！但是你必須再割出一部分沿海城市給我。雙方仍然一邊談一邊打，但是由於地盤問題一直談不攏。
吳三桂死後，清廷平定了三藩，集中精力攻打鄭經，將鄭經又打回台灣島。