這場叛亂的主角無疑還是吳三桂，在整個平叛過程中，康熙對所有人都收買，唯獨對吳三桂姿態強硬，誓要滅掉吳三桂，由此可見，吳三桂實力之強大，已構成了對清朝赤裸裸的威脅。
康熙十三年（1674年），吳三桂正式自稱為周王，廢棄康熙年號，稱周王元年。一般認為，這是吳三桂造反過程中最大的失敗，吳三桂在造反初期，打出明朝後裔的口號，收到意想不到的效果，現在自稱周王，無疑給世人野心家的感覺，而且反反覆復，讓人失去信心。在檄文中，吳三桂曾明確表示立明朝後裔。這是吳三桂造反之路第一個重大的決策失誤。
這個失誤是不應該的，因為有一些門客已經指出，不應該改年號，應該奉明朝為正宗，自己仍然稱平西伯——這是崇禎皇帝封給吳三桂的爵位。門客還建議，應該像以前討伐李自成一樣，全軍縞素，昭告天下反清復明的決心，這樣一來，不僅可以得到普天下漢人的支持，更能得到明朝遺老遺少的輔佐。應該說，這個建議是非常好的，但是吳三桂出師順利，短短兩個月之間就拿下幾個省，以至於吳三桂集團的大多數人認為單憑武力就可以推翻清王朝，不必立明朝後裔，免得以後麻煩。這是典型為了省去小麻煩招來大麻煩。
後來，吳三桂禮聘明朝少卿李長祥，詢問他大計。李長祥讓他趕緊立明朝的後代，收攏天下百姓的心。「一定要立崇禎的後代，這樣效果最好。」李長祥說，可惜吳三桂不愛聽這話。
吳三桂的一些幕僚舉出項羽立義帝的例子，他們說：「當初項羽立義帝為主，最後義帝反而調兵遣將，讓項羽陷入困境。如果將來我們打下天下，那明朝後裔又該往哪裡放呢？總不至於殺掉吧？」
李長祥看到自己的計策得不到採用，心懷失望地離開吳三桂。
從這件事可以看出吳三桂沒有主見，在政治遠見這塊，他遠不如年輕的對手康熙。
吳三桂自立周王讓很多明朝遺老遺少感到失望，這些遺老遺少的宣傳能力又特彆強，無疑他們會抹黑吳三桂。說實話，吳三桂也不是傻子，他也很想得到這些人的支持，可惜這些人不跟他合作，至少在他們眼裡，吳三桂這人野心太昭然了，哪怕你作作秀也好啊！
吳三桂曾經聘請明朝的遺老謝四新出山，謝四新給吳三桂留了一首詩：
李陵心事久風塵，三十年來詎卧薪。
復楚未能先覆楚，帝秦何必又亡秦。
丹心早為紅顏改，青史難寬白髮人。
永夜角聲應不寐，那堪思子又思親。
吳三桂讀到這首詩，痛罵：「腐儒，書獃子，小人。」
這些人固然是腐儒，可吳三桂就沒有想到自己是不是太蠢，為何捷徑不走要抄遠路，陽光大道不走偏要挑羊腸小道。
原明朝的士大夫對吳三桂可謂是恨得牙癢，有說吳三桂大逆不道，有說吳三桂愚不可及。甚至在響應吳三桂的一些地方將領中，這事也產生了不小的消極影響。其實大家都知道，就算你吳三桂立明朝的後代，將來江山還是你吳三桂的，但姿態在政治中是一個非常重要的問題，有了這個姿態，你才能給大家仁君的感覺，大家才會遷就你很多的缺點。
如果說恢複明朝社稷，天下老百姓肯定是舉手歡迎的，大家都不願意拖著一根長長的可笑的辮子，大家都希望漢人治漢。但這個前提是有大明這個招牌，人都是戀舊的，何況國家社稷這樣的大事，誰都不願意暴發戶突然當皇帝。
吳三桂出師之初，猶如秋風掃落葉，各地聞風而降，這種架勢彷彿吳三桂就是真命天子一樣。
吳三桂迅速在湖南一帶站穩腳跟，將整個湖南納入勢力範圍。吳三桂的勝利就像一個衝擊波，所有那些對清朝不滿的人，紛紛舉起反清大旗。
襄陽總兵楊來嘉在谷城起兵，楊來嘉是福建人，以前是鄭經的都督，在康熙三年降清。隨後，鄖陽副將洪福帶領著自己的親兵投降吳三桂。更大的叛變還是在四川，吳三桂從起兵伊始，就對四川給予了高度的戰略重視。康熙對四川也非常重視，四川與雲南接壤，吳軍很可能進犯四川，康熙派重兵把守四川各個重要關口。
康熙的援兵還沒有到達四川，就傳來四川都督鄭蛟麟和川北總兵譚弘叛變的消息。鄭蛟麟和譚弘以前都是明朝的舊臣，鄭蛟麟是明朝的都司，譚弘以前是明朝的總兵官。吳三桂封鄭蛟麟為總督將軍，譚弘為川北將軍。與此同時，四川巡撫羅森、總兵吳之茂也投靠吳三桂。
康熙急了，催促大將軍瓦爾喀火速進軍四川，同時安撫鄭蛟麟等人：「朕能夠理解你們的心情，你們完全是被吳三桂脅迫，身不由己，只要你們及時回頭，朝廷絕不為難。」
叛亂之勢迅速在全國蔓延，甚至蔓延到京城，清朝的統治危在旦夕。這一切實在出乎康熙的意料之外，他萬萬沒想到撤藩會引起這麼大的連鎖反應，所以在平定三藩之後，他不僅拒絕臣子對自己的歌功頌德，反而當眾悔罪。從此以後，做出任何決策都顯得慎之又慎。其實，康熙的想法是這樣的，他認為天下太平，老百姓都不希望打仗，撤藩後，三藩就算叛亂也很難形成大的氣候。他忽略了一個至關重要的因素：漢人的民族精神。
在京城，一個叫楊起隆的人，自稱是朱三太子，密謀在京城發生暴動。楊起隆和部眾約好，以放火為暗號，聚眾起義。這次起義雖然被鎮壓下來，但引起了京城百姓的不安，為了避免引起更大的騷亂，康熙只懲治了鬧事的頭目，對於其他人等一律從寬赦免。四個月後，又傳來河北總兵蔡祿密謀造反的消息，康熙第一時間派遣阿密達到河北處理這事，阿密達先下手，將蔡祿全家拿住。平息了京城起義和粉碎蔡祿謀反的意義是重大的，這就等於穩固了後方，為康熙全力平叛奠定了基礎。
起兵三個月，吳三桂控制了雲南、貴州、四川、湖南四省，但是連鎖效應更大，福建、江西、浙江、廣東、陝西等地紛紛叛清，響應吳三桂。事實上，悄然之間，這場叛亂的性質發生了改變，已不僅僅是吳三桂跟清朝爭奪權力的鬥爭，而是漢族和異族統治者的鬥爭。
位於廣西的孫延齡因為娶了定南王孔有德的女兒孔四貞，掌管了廣西的軍政大權。叛亂髮生後，康熙對孫延齡寄予厚望，希望他牽制吳三桂的後方。但孫延齡這個人也對清廷不滿，為了日後和吳三桂共享富貴，孫延齡以議事的名義把一些忠於清廷的將領召集起來，然後一聲令下，早已埋伏好的刀斧手將這些將領一網打盡，手段夠狠夠辣。
孫延齡接著脅迫廣西提督馬雄投降，馬雄不從，兩人打了起來。馬雄雖然打贏了，但勢力不如孫延齡，聽說吳三桂的大軍已經來到廣西，寧願投靠吳三桂，吳三桂遂封馬雄為懷寧公。
吳三桂企圖化解孫延齡和馬雄之間的矛盾，可惜效果不大。吳三桂也是個惜才的人，他更加看重馬雄，因為馬雄還是比較能打仗的，而孫延齡仗著勢大，能力不怎麼樣。
在湖南打仗的時候，吳三桂讓孫延齡支援，孫延齡卻找種種借口拒絕。吳三桂於是對孫延齡猜忌，讓人密切監視他的動向。
孫延齡是個左右搖擺的人，加上他的老婆孔四貞跟清廷的關係密切，在孔四貞的說服下，孫延齡又產生了歸順清廷的想法，這事也沒逃脫吳三桂的耳目。吳三桂派自己的從孫吳世琮前去做掉孫延齡，吳世琮來到桂林後，借口找孫延齡議事，讓孫延齡來自己的大營，孫延齡不知是陰謀，前來議事，結果被殺死，胸膛被刺了個涼透心。
接著，吳世琮召見廣西巡撫馬雄鎮，作出禮賢下士的姿態勸馬雄鎮投降。哪知馬雄鎮剛烈忠貞，不僅不投降，反而對吳世琮破口大罵。吳世琮脾氣並不火爆，看自己無法說服他，便讓馬雄鎮休息，第二天又找能說會道的人勸降，置辦了盛饌招待馬雄鎮。可惜，馬雄鎮不吃這套，將桌子掀翻在地。吳世琮看招降無望，便將馬雄鎮的全家綁起來，當著馬雄鎮的面將他全家一一殺掉，當屠刀懸在馬雄鎮頭上時，馬雄鎮毫無懼色，依舊痛罵吳三桂，最後飲刀而死。馬家女人也都是剛烈之輩，聽說男人們都被殺害，在家裡集體自盡。
殺害馬雄鎮全家後，吳世琮仍然覺得不解恨，將他們全家的屍骨暴屍四十餘日。就這樣，吳三桂控制了廣西。
在這個大動亂時代，有兩個舉足輕重的人物影響到大局的走向，分別是平涼的王輔臣和甘肅的張勇，這兩人以前都是吳三桂的部將。吳三桂跟這兩人的關係都挺密切的，以前他們跟著吳三桂混的時候，吳三桂就非常欣賞他們驍勇善戰的本領。這兩人如果起兵的話，就等於可以控制陝西和甘肅一代，大西北就可以納入勢力範圍，加上兩人兵力雄厚，直接可以威逼京城。有了這兩人的支持，吳三桂問鼎天下應當不是什麼難事。
然而，令吳三桂沒有想到的是，昔日的愛將居然拒絕了他。理由其實並不奇怪，因為康熙對這兩人恩情也很深，比吳三桂還要深，在收買人心這塊，康熙比吳三桂更拿手。王輔臣不僅沒有背叛，還將吳三桂的使者押送到北