早在吳三桂起兵之前，耿精忠就有了謀反的念頭。康熙十二年（1673年）八月，他讓人帶著一封密信來到台灣。收信人是台灣首席行政長官鄭經，在信中，耿精忠大大地讚揚了鄭經的忠心：閣下您在海外孤忠高懸日月，實在讓人敬佩，我們雖然在清朝的卵巢下生活，但其實是委曲求全。現在，開創大好局面的時機很快就到了，你我不妨聯手，建立萬古基業如何？
鄭經收到這封信後大喜，兩個月後就派遣水軍到澎湖等待，一旦耿精忠起兵的消息傳來，立即響應。吳三桂造反後，康熙第一時間派遣使者告訴耿精忠：「你不用搬家了，以前的軍隊也歸你管。」耿精忠便讓人通知鄭經，宣布計畫暫緩實行，先觀察一段時間。
清廷派福建總督范承謨安撫耿精忠，范承謨將兵部交還給耿精忠兵權的文書交給耿精忠，耿精忠卻正眼不瞧范承謨。范承謨非常生氣，卻只能忍氣吞聲。隨後，耿精忠跟朝廷的關係越來越緊張，耿精忠擔心范承謨暗算自己或是搜集情報，他覺得自己不能幹等下去了。
恰好，福州街頭傳來讖語：「七星再拜真天子，分明火從耳邊起；殺盡三山牛出血，身騎白馬軍中止。」這讖語什麼意思呢？七星是指七口井，恰好耿精忠府門口就有七口井，火從耳邊起，火和耳正好組成一個耿字，那意思就是說耿精忠要當皇帝。
讖語一出，耿精忠通知鄭經，然後搶先發難。囚禁了范承謨全家後，耿精忠效法吳三桂讓官民蓄髮，打出「反清復明」「除暴安民」的口號帶領一萬人的軍隊迅速地佔領了福建。
一個吳三桂就已經讓康熙坐立不安，耿精忠的叛亂無異於雪上加霜。危急關頭，康熙並沒有失去理智，充分顯示了一個優秀CEO的危機公關能力。
康熙明確地把鬥爭矛頭指向吳三桂，對於其他人，康熙表示，只要迷途知返，不僅不追究責任，還給予優待和賞賜。征剿和招撫兩手並用，康熙的目的是分化和瓦解敵人，將吳三桂孤立起來。
康熙一邊安撫耿精忠，希望他棄暗投明，一邊派遣大將希爾根、賴塔和根特巴魯，兵分三路，對耿精忠進行圍剿。
由於耿精忠一意孤行，康熙下詔削除耿精忠的王爵，扣押耿精忠在京的兄弟，同時康熙還發布公告，表示脅從的人不問罪，及時回頭的人重重有賞。康熙在征剿耿精忠之前，就對大將們說，只要耿精忠投誠，就當善待。康熙反覆強調說，耿精忠和吳三桂的情況不同，耿精忠家族效忠清朝四十多年，淵源深厚，耿精忠的背叛更多的是一時無知，受吳三桂蠱惑。過了兩個月，康熙又將耿精忠的兄弟們釋放出來，聲稱耿精忠的弟弟遠在北京，沒有和耿精忠密謀，所以無罪釋放，官復原職。
康熙所做的這一切雖然沒有讓耿精忠立刻回頭，但對於塑造自己的英明形象有很大幫助。這是一場輿論戰、政治戰，康熙只有將自己明君形象展現在世人面前，才能讓天下人感覺吳三桂等人是謀反作亂，反之，吳三桂等人就是替天行道弔民伐罪了。
在平叛過程中，浙江總督李之芳是比較給力的，他總是親臨在第一線，幾次和耿精忠的部隊交戰，擊敗耿精忠。所以，耿精忠一直在福建周邊兜圈子，始終打不開局面。
面對清軍一連串的軍事打擊，耿精忠的部隊屢遭重創，他手下的那批將領把耿精忠的臉面丟盡。部將曾養性連吃敗仗，退到溫州死守，仗著溫州四面有水，暫時抵抗住清軍的攻勢；另一員大將馬九玉則依靠江山、常山、開化三縣的大山，利用河流，阻擋清軍的進攻。
看到耿精忠處於困境，鄭經伸出援助之手，不過鄭經開出的條件讓耿精忠無法接受，鄭經要「借」泉州和漳州。耿精忠迫於形勢，接受了鄭經的條件，但是鄭經幫忙打退清軍後，耿精忠又食言，不想將泉州和漳州交給鄭經。鄭經火起，強奪泉州和漳州，兩人因此反目成仇。
清軍見機，襲擊屯兵九龍山的馬九玉，在清軍的炮火轟擊下，馬九玉戰敗，率領三十多個騎兵逃走。江山、常山失守後，耿精忠一路衰到底，部將紛紛獻城投降。
到了這個地步，耿精忠仍然不肯投降，只要有一線希望，他就不會放棄。現在最大的希望就是進入福建的一條險要的關隘石塘，耿精忠派心腹大將連登雲領重兵把守，企圖阻止清軍進入福建。可惜這一切都是徒勞的，清軍兵分多路，接連攻破耿精忠的大營，將耿精忠圍住。
到了這時，耿精忠已經陷入了四面楚歌的境地，軍事上連連失敗，政治上內外交困，內部問題更嚴重，將士逃亡，軍餉匱乏，部將不聽指揮。除了這些不利因素，耿精忠還得提防鄭經。
對於窮寇，康熙並沒有趕盡殺絕，他讓康親王傑書前去招降耿精忠。耿精忠猶豫不決，他想投降，但是又有太多的擔心。他一方面擔心康熙帝秋後算賬，另一方面擔心范承謨將來會報復自己。自從造反以來，耿精忠將康熙的忠臣范承謨關在牢里有兩年多，這兩年多，范承謨在牢里也沒有閑著，本著對耿精忠的刻骨仇恨，范承謨每天都在牢里寫七言絕句，這些詩全是罵耿精忠的，匯聚成一本詩集《百苦吟》。
耿精忠心想，如果我投降的話，作為大清的忠臣，你范承謨將來在皇上面前說我壞話，我就算投降也難逃一死。這麼一想，耿精忠惡向膽邊生，決定殺人滅口。耿精忠將范承謨及其兄弟、幕僚和家奴總共五十三人全部殺害，並焚屍荒野。其中，有一個看守敬佩范承謨的人格，偷偷地在荒野撿了一塊沒有燒完的骨頭，跑到京城，向康熙稟報了范承謨的死訊。聽到這個消息，康熙極為悲傷。他用隆重的禮節為范承謨哀悼，並加封范承謨太子太保和兵部尚書頭銜。
康熙是一個高明的政治家，雖然他隆重哀悼范承謨，卻沒有收拾兇手耿精忠。對於投降的耿精忠，他仍然給予優待，讓他繼續當靖南王，並征討鄭經，將功補過。康熙這麼做很顯然對范承謨不公，看到這裡，我們不禁為范承謨惋惜了。可是，先別急，我們千萬不要小看了康熙。
在當時的情況下，康熙不能收拾耿精忠，一方面是需要利用耿精忠對付鄭經，另一方面他已經對天下做出承諾，投降的不追究。如果收拾耿精忠的話，等於是自食其言，其他的叛亂分子必然會負隅頑抗到底。
康熙高明的地方就在於，他利用耿精忠打敗鄭經，等到三藩平定天下太平的時候，他才動手收拾耿精忠。耿精忠的下場是非常慘的，凌遲處死，子孫部下皆斬。