順治十六年，酷吏朱國治就任江寧巡撫。朱國治既是一個酷吏，又是一個貪官。他上任後，立即風風火火開始清查積欠的賦糧。第二年，朱國治在嘉定捉拿了幾十名欠糧的鄉紳。又過了一年，朱國治弄好了一個名單，這個名單上一共有13517人，全都是「逃稅分子」；此外，朱國治還提交了254名衙役名單，這些人要麼辦事不力，要麼跟地方勾結，朱國治主張從嚴處置。
也許我們會覺得朱國治這個人真不錯，辦事非常有效率。客觀地說，這個人絕對是有辦事能力的，否則皇帝也不會派他去。
朱國治辦事固然有效率，但是效率太高不免也會讓人起疑。事實上，在朱國治的名冊中，確實有一些「逃稅避稅」的土豪劣紳，還有一些是已經交了賦糧，但是政府忘了註銷的。自古以來，中國政府部門辦事就是拖拖拉拉，粗枝大葉，像這種別人已經補交了的，你忘了註銷，現在又來問你要錢要糧，這是多冤的事啊，政府不作為，讓老百姓為這個不作為埋單。名單中還有一部分人沒有欠糧，但是因為得罪了小吏，小吏故意寫他欠了。總之，裡面的問題非常複雜，如果不去細細偵查，肯定會製造冤假錯案。
朱國治把名單遞上去後，朝廷不分青紅皂白，下令不問官職大小，不管欠了多少，一律革職查辦。這件案子在清初引起了強烈的反應，就是名噪一時的奏銷案。
探花葉方藹因為欠賦米一厘而被革職，所以民間流傳有「探花不值一文錢」的說法。清廷這麼嚴厲地對待奏銷案，有一個最重要的原因就是藉機打擊江南縉紳階層，江南地區是反清最為激烈的地區。清軍當政之後，蓄意打擊江南也是可以理解的。
朝廷開始放話，把這些欠糧分子全部押解到北京。這個命令一出，江南人心惶惶，達到了朝廷想要的效果。接著朝廷又放寬命令，限定到某某日子，如果能夠完成納糧可以免於提解。這命令一發出，大家趕快籌銀子籌糧，實在沒錢的可以借貸。當時，唯一借貸的地方是清兵軍營，俗稱借營債，利息相當高。許多人因為借貸搞得傾家蕩產。
所以，我們大可以懷疑，所謂的奏銷案很可能是清廷蓄意打擊江南大戶人家的一個陰謀。在奏銷案中，許多明代的世家大姓破產，成為平民百姓，有的世家子弟從此和科舉無緣。一些被褫奪功名的讀書人更是前途盡毀，對人生感到絕望。
前面說到的那個江南探花葉方藹，明顯就是被冤枉的，作為一個探花，他不至於窮到交不起一厘的稅吧，事實上他是被人陷害的。直到康熙剷除鰲拜後，才給葉方藹平反，將他重新召到宮中。