順治十四年正月十五日，順治皇帝頒布諭旨，宣布廢除科舉中投拜門生的陋習。
順治為什麼要頒布這項諭旨呢？說來，跟一場科場舞弊案有關係。
這一年，天災人禍特別多，四川一帶頻發地震。京城北京好幾個月都沒有降雨，旱情非常嚴重。封建時代，皇帝自稱為天的兒子，天災意味著老天對你的統治不滿。順治是一個好皇帝，面對天災，第一反應就是自我檢討。除此之外，順治還命大臣們，對於監獄裡的犯人一定要認真審理，不要出現冤假錯案。
順治的這些做法並沒有減少災情，相反，災情越來越嚴重。六月，杭州、嘉定、湖州、南京、紹興等南方城市遭到了特大暴雨襲擊，無數城郭被毀，不少人畜在大洪水中淹死。不久，江南的一些城池也遭遇了暴雨。九月份，北京又發生了地震。
老天突然之間降下了這麼多災難，讓順治帝非常驚慌：是不是我什麼地方做錯了？
然而，這還只是天災，這一年，人禍也不少。
十月二十五日，順天科場舞弊案被人揭發。
順天鄉試考場，有鄉試生員四千人，貢監生一千七百多人，錄取名額只有二百零六人。在當時人眼裡，這個錄取比例是非常低的。可能，我們現在的許多公務員考生會說：「這些人真是身在福中不知福啊！」
這次鄉試的主考官是曹本榮、宋之繩等人。僧多粥少，很多人就想到了走後門，現在走後門是司空見慣的事情，但當時還沒那麼普及。順治帝也沒有完全適應走後門這種習俗，所以才有震怒的感覺。結果，有錢有地位的人大肆送禮，趁機結交一些官場要人。
榜單出來之後，大家一看，明白了：潛規則。高幹子弟必中，富家子次之，窮人極少，或者乾脆沒有。榜單發布之後，一片嘩然。許多考生不服，紛紛「上訪」。
這事傳到順治耳朵里，令他勃然大怒，要求吏部和都察院對此事追查到底。順治帝當時發出了這樣的呼聲：「若不重加懲治，如何懲戒將來？」
案子一查，揪出了一大堆。一些證據確鑿的行賄學生立即享受到斬首的待遇，而且家產籍沒，家人被發配到邊遠地區。
幾個主考官先放在一邊，待會兒再審。這個科場案非常不公平的是，順治並沒有將考官斬首，只是降級處分。這是不公平的，但是他解決問題的態度還是值得肯定的。順治親自主持複試，由此可見他對教育的重視，最終順治選擇了一批有真才實學的人。
順天科場案剛剛平息，又出現了江南科場舞弊案。
順治十四年十一月二十五日，江南科場案被人捅了出來。江南科場案作弊者更多，榜單公布後考生一片嘩然。主考官離開之時，一些考生跟在後面大罵，甚至有人向主考官扔石頭。許多學子寫詩諷刺主考官方猶和錢開宗，有的才子不惜撰寫傳奇，揭露考場內幕，這些詩文很快就流傳到京城，驚動了順治皇帝。
工科給事中陰應節上奏：「江南考場上，舞弊太多，發榜後士卒憤憤不平，不少人在文廟前哭泣，有的還毆打考官，議論紛紛……」
順治帝立即將考官方猶和錢開宗革職，押到京城審問。對於江南的舉人，順治帝親自在西苑瀛台主持複試。在複試中有十四個文理不通者被革去舉人，在這些文理不通者中，居然有著名詩人吳兆騫。吳兆騫絕對是一個才子，他通過鄉試確實是憑著真才實學。那為什麼順治帝認為他文理不通呢？說來，也是這個才子心理素質不行，在皇帝面前他非常緊張，發揮失常，連話都說不清楚，自然文理不通了。
心理素質不好常常會吃悶虧，吳兆騫因為發揮失常，順治帝誤認為他是通過作弊過關的，將他流放到寧古塔。直到康熙二十年，在納蘭性德的平反下，吳兆騫才被赦免，重新回到京城。
順治帝對江南科場案進行了嚴厲的查處，主考官方猶、錢開宗斬立決，其他十五名考官也被處以絞刑，家產充公，妻子兒女沒入官。一些作弊的舉人被重打四十大板，沒收家產，並和家人一起流放到寧古塔。
順治對科場案非常重視，這在今天看來是無法理解的，現在考試作弊實在是太普遍了，大家已經見怪不怪了。重視科舉制度的公平性，不光是維護皇權，也是維護廣大下層人民的利益。一旦科舉腐敗，草根階層想要向上流通實在太難了。順治的處罰雖然重了點，但他的做法無疑是深得人心的。
順治非常明白，科舉關係到吏治，而吏治決定國家的興亡。基於這樣一種思想，順治多次借科場作弊案告誡文武百官，一定不要徇私舞弊，否則有損國家。為了確保科場的公平性，順治多次修改科場條例。
儘管順治一廂情願要杜絕科場舞弊，但是面對利益的誘惑，嚴刑峻法從來都是無力的。科場黑暗一直伴隨著清朝的滅亡。