清軍入關之後，遭難的是全天下的百姓，但在這期間，最糾結的還是知識分子。他們深受儒家文化的浸染，面臨著一場關係名譽和生死的抉擇。
根據儒家的傳統思想，忠臣不事二主，為人臣者要捨生取義。苟活還是殉國成為擺在明朝遺民面前最迫切的選擇，明朝滅亡之後，大批知識分子自殺殉國，從容赴死。根據史料記載，有大批的遺民雖然沒有選擇死，但是也沒有選擇在清朝的眼皮底下過日子，而是選擇了遠涉重洋，到台灣地區、南洋或者日本去。據學者統計，明朝遺民的數目不下萬人。
有遺民，有殉國者，就有貳臣。貳臣當然不是一個褒義詞，貳臣是那些背叛明朝投降清朝的人，在當時，貳臣是非常受鄙視的。當然，用今天的眼光來看，貳臣也沒有什麼，都是為了生存。人首先要活著，然後才有其他。
清政府也非常不地道，對於那些投降的貳臣，他們可以貶低，極盡嘲笑，搞得這些貳臣們非常難堪。相比遺民，貳臣們雖然衣食不愁，依舊過著富貴生活，但是人格就要低賤得多。
清初最有名的遺民當數顧炎武，顧炎武是蘇州崑山人。明朝滅亡後，他開始了漂泊生活。身負奇學，名滿天下。弘光政權建立後，顧炎武擔任兵部司務，企圖一展抱負，完成反清復明的大業。可惜，弘光是個扶不起的阿斗，政權又為馬士英、阮大鉞等人把持。不久，弘光就被清軍滅掉。顧炎武於是投筆從戎，在蘇州參加了反清鬥爭。失敗後，回到老家。
沒過多久，剃髮令又來了，顧炎武的一些好友又參加了反剃髮鬥爭，但顧炎武因為老母有病，只好在家照顧。順治二年七月，崑山被清軍攻陷，顧炎武兩個弟弟被殺害，老母雖然僥倖活了下來，但落了個終身殘廢。
七月十四日，顧炎武的母親絕食而死，臨終給他留了遺訓：「勿為異國臣子。」
從此，顧炎武蓄髮明志，表示與清朝統治者對抗到底。為了表示自己的決心，顧炎武寫下詩句：「我願平東海，身沉心不改。」此後五年，顧炎武輾轉於太湖沿岸，和各地反清復明的志士秘密往來。
順治七年，顧炎武以前的一個仇家葉方恆告發了顧炎武。為了免遭迫害，顧炎武剃去頭髮，裝扮成商人，繼續在江南江北一帶和反清復明的人士交往。順治十二年，葉方恆和顧炎武家裡的僕人陸恩勾結，以組織反清武裝的罪名告發顧炎武。顧炎武得知這個消息，悄悄地潛回崑山，秘密處死陸恩。但顧炎武也因此被抓進監牢里，後來在友人的幫助下才得以逃出獄。葉方恆派遣刺客在南京太平門外刺傷了顧炎武，並洗劫了顧炎武的老宅。
至此，顧炎武決定離開故土，遠走中原。
順治十四年，顧炎武變賣家產，開始了遊學生涯，足跡踏遍山東、江蘇、浙江、河南、陝西、山西等地。正所謂讀萬卷書，行萬里路，顧炎武以其精湛的學術造詣名聞天下。在遊歷名山大川的同時，顧炎武也不忘關注時局的發展，一直密切地關注反清復明鬥爭。順治十六年，顧炎武到了山海關，懷想當年山海關一戰，對清軍入主中原一事悲憤不已，吟誦了一首《山海關》：長城古堞俯滄瀛，百二河山擁上京。銀海仙槎來漢使，玉關秋草戍秦兵。星臨尾部雙龍合，月照平沙萬馬明。聞道遼陽飛羽急，書生急欲請長纓。
這首詩，懷想明朝邊事，對吳三桂引清軍入關一事深惡痛絕。這一年夏秋之交，鄭成功、張煌言率軍挺進長江，一路戰果輝煌，直逼南京。顧炎武聽到這個消息，非常振奮，也跟著南下，希望能夠有一番作為。可惜，還沒走到揚州，就傳來鄭成功失敗的消息，顧炎武只好悵然而歸。順治十八年，鄭成功退到台灣地區，永曆政權宣告瓦解。顧炎武滿腔熱血瞬時成空，一時心灰意冷，準備一輩子隱居，做一個學者。
顧炎武選擇做一個遺民就意味著選擇生活的艱難，因為封建社會士大夫基本不從事生產，換句話說，經濟來源成了問題。
除了經濟問題之外，顧炎武面臨著最大的危險是政治迫害。在康熙二年，發生了一樁震驚朝野的文字獄一庄氏史獄，金庸《鹿鼎記》就以這樁文字獄開始。事件的經過是庄氏編了一本明史，書中有許多「犯禁」的地方，特別是紀年都是用明朝皇帝的年號。庄廷鑨曾經邀請顧炎武也來編寫這本書，不過顧炎武委婉地拒絕了，因此逃脫了這場文字獄。這場文字獄牽連非常廣泛，遇難的人達到七十多人，其中有不少是顧炎武的好友。
康熙五年，顧炎武又遇到了一次災難。山東萊州人姜元衡告發黃培收藏「逆詩」，並且指控顧炎武與黃培過從甚密，曾經到黃培家中搜羅《忠節錄》。聽到這個消息，顧炎武非常震撼，那時他已經感受到清政府可怕的力量。為了澄清事實，顧炎武從北京到濟南自首。結果，被關進了大牢。在牢里度過了十個月，顧炎武才在友人的救助下出獄。
儘管生活如此窘迫，生命和財產沒有保障，顧炎武仍然沒有動搖自己的立場，堅持要做明朝遺民，拒絕清政府的徵聘。
清廷修《明史》時曾經重金禮聘顧炎武，但顧炎武誓死不從，在回覆信中，他鄭重聲明：「人人可出，而炎武必不可出。七十老翁何所求，正欠一死，若必相逼，則一身殉之。」
直到康熙二十一年，顧炎武才病逝。
清初有名的遺民還有屈大均，屈大均是廣東番禺人，廣州淪陷後，屈大均的父親命令他：「一定要潔身自好，不要在清廷當官。」屈大均謹遵父親的教誨，為了保持對明朝的忠誠，他選擇在家務農。
清軍剃髮令來了之後，屈大均和老師陳邦彥一起參加反清鬥爭，立志反清復明。鬥爭失敗後，屈大均的老師陳邦彥殉國，屈大均無路可走，選擇了出家。出家之後，屈大均沒有戴僧帽，而是戴明朝士人常戴的青紗頭巾。屈大均雖然皈依了佛門，但實際心理上還不是一個僧人，始終牽掛著明朝故國。
復國無望之後，屈大均在晚年以文字遣懷，書寫了大量的作品。由於屈大均的立場是反清復明的，所以毫無疑問他的書在當時是禁書。屈大均六十七歲時死去，死後，清廷掘起他的屍體屠戮，並將他的兩個孫子斬首。生前無難，死後遭災，一生也算是可悲。
錢謙益和吳梅村都是被列入《貳臣傳》的，錢謙益前面我們提到，他為了保命投降清朝。投降清朝後，他的人生仍然充滿了坎坷和危險，在清廷的政治生涯中，錢謙益幾次被牽連入獄。幾次政治迫害的經歷讓錢謙益對清廷感到失望，返回常熟後，他暗中與反清復明的勢力聯絡。
康熙三年，錢謙益病逝，他的一生充滿坎坷，背負了貳臣的罪名，最後又反叛清朝，以明朝遺民自居，可以說非常尷尬，又非常無奈。
吳梅村也是一個明朝遺民，他剛開始的時候立場非常堅定，堅決不與清廷合作。後來，禁不住順治的再三徵聘和家人的慫恿，進入清廷當了幾年的官。晚年，他深深為這段經歷懺悔。他非常痛苦，他並不想當官，但是又擔心拒絕清廷的徵聘會給家族帶來災難。選擇出仕後，又很不甘心，總之，進退維谷，最後選擇隱居度過此生。