據說揚州城破之時，史可法準備自刎而死，被部將阻止。史可法便命養子史德威砍死自己，史德威痛哭流涕，實在下不了手。最後，史可法在參將張友福的推擁下，出了小東門，途中遇到清兵，史可法大呼：「史可法在這裡。」
看來，史可法為國殉難的念頭非常堅定。儘管多鐸一再放下身價，招降他，但史可法不為所動。史可法就這樣英勇就義了。
之後，史可法的養子史德威牢記養父的遺言，尋找史可法的遺體。可惜當時天氣非常炎熱，屍體腐爛得已經難以辨別，史德威實在無法從滿城的屍體中找出養父，只好在梅花嶺為史可法修了一個衣冠冢。
這之後，清軍連續十日血洗揚州，人們將這段血腥的歷史稱為「揚州十日」，當時不分老幼，一律屠殺。五天後，清軍開進南京城，弘光帝帶著文武百官以及二十萬士兵跪道迎降。
攻佔南京後，清軍悍然發布了剃髮令，清軍之前的政策並不是這樣的，只是要求明軍將士要剃髮，現在不管是誰都必須剃髮。這個命令發出後，各個地方的兵民紛紛反抗，其中江陰和嘉定兩個地方的人民反抗得最為激烈。
順治二年六月二十日，清廷委任明朝進士方亨出任江陰知縣，方亨到任之後，立即執行剃髮令。當地父老鄉親認為方亨是前明進士，應該會念及舊情，就聯名給方亨上書，希望方亨不要絕情，能夠給父老鄉親留髮。哪知道方亨辣手無情（說實話，我們也不能怪他，他不執行命令，掉腦袋的就是他自己了），不為所動，如果不剃髮，他就強制執行命令。
許多人罵方亨：「你是明朝進士，頭戴烏紗帽，身穿官服，卻做清朝知縣。你知不知恥，怕不怕羞？」
方亨也很憤怒：「別廢話，這是命令，必須執行。」
當地不少的文人在祠堂里發誓：「頭可斷，發絕對不可以剃。」
很快這種思想在民眾中傳開，事態越來越緊急，民變一觸即發。方亨一見這情景，躲在衙門裡不敢出來。他一邊敷衍民眾，說有事好好商量，不要走極端，一方面秘密派人去常州，請太守發兵，說江陰這裡已經發生了民變。江陰百姓在城門口抓住了使者，質問以後，明白了方亨的陰謀。
憤怒的群眾擊殺了城內的清軍，從衙門裡揪出方亨。民眾推舉典史陳明遇為首領，拿起兵器武裝反清。民眾造反的消息傳到清廷，清廷立刻發兵征剿。許多商人和富農拿出家裡的財產充作軍餉，起義的農民殺死方亨後，佔領江陰城，公開舉起反清大旗。
劉良佐奉命前來招降江陰軍民，誘惑說：「只要你們投降，什麼條件都好談，反正大家都是大清的子民，有什麼不好商量的。我保證只要你們投降，不會動你們一針一線的。」
城裡的百姓義正詞嚴地拒絕了：「剃髮這種事，自古未有，即使有百萬大軍臨城，我們也絕不投降的。」
七月初一，清軍開始攻城，陳明遇是一介文官，將城中防守的任務交給閻應元。到了八月中秋，江陰城還沒有攻破。閻應元還給軍民們發賞月錢，危難當頭，大家一邊賞月一邊抗戰，頗有古希臘人的風範。當時，江陰城有人作《五更轉曲》，聽後，就連城外的清兵都流淚：
宜興人一把槍，
無錫人團團一股香。
靖江人連忙跪在沙灘上，
常州人獻了女兒又獻娘，
江陰人打仗八十餘日，寧死不投降！
八月二十一日，江陰城破，閻應元慷慨就義，臨刑前賦詩一首：「八十日帶發效忠，表太祖十七朝人物。十萬人同心死義，留大明三百里河山。」
城破之時，閻應元帶領一千多人上馬和清軍巷戰，殺死許多敵人，身上中了三箭。他想奪門而出，沒有成功，便跳到了太湖中，可惜湖水太淺，被清軍俘獲。當他被押到劉良佐面前時，劉良佐失聲痛哭。閻應元問他：「你哭什麼？要殺要剮快點吧！」劉良佐什麼話也沒說，轉身離開。當天晚上，閻應元被殺害。陳明遇則戰死在疆場上。
江陰城破之後，又是一場大屠殺，剃了頭髮的不殺，和尚不殺，其他都要殺頭。當然，這一戰清軍也付出了很大的代價，死者接近七萬，當然，其中很多是投降的漢人。
江陰人民的保衛戰雖然以失敗告終，但是極大地鼓舞了反清鬥爭。其中，最有名的是嘉定人民，結果是歷史上著名的「嘉定三屠」。
清軍進入南京後，原來明朝的嘉定縣令棄城逃跑，清廷派周荃單騎到嘉定來招撫嘉定人民，這時候，嘉定人民還沒有反抗，而是對他舉行了盛大的歡迎儀式。
一個月後，新任的縣令張維熙到嘉定就任。本來嘉定人民對清廷沒那麼反感的，忽然沒過多久，傳出了剃髮令。一時間，城內人心惶惶，剃髮比剃頭還恐怖，這說明了習慣在人心中的地位。
隨著剃髮令越來越嚴，老百姓在街頭奔走呼告，如喪考妣：「有沒有大明的官兵來保護我們啊，身體髮膚受之父母，現在有人要給我們剃頭，這比死還難受。只要有人敢起義，我們一定追隨。」
後來，突然有人放話說，以前明朝的總兵吳淞即將帶領軍隊進城解救百姓之困。病急亂投醫，危難之時見了稻草就抓，老百姓一聽吳淞將軍即將到來，聞風而起，開始火燒清軍船隻，打擊清軍。
嘉定人民的起義具有很大的自發性，是對古老習俗的一種堅守，對外來習俗的一種反抗，加上這種外來習俗是強制性的，所以反抗必然也是極端的。大家也意識到這種缺少組織的反抗會是什麼後果，便推舉進士黃淳耀和前明官員侯峒曾為首領。
在這兩個人的主持下，嘉定百姓據城而守，人人拿起武器。嘉定百姓沒有殺掉縣令張維熙，只是把他趕出城，在城上掛著白旗，上面寫著「嘉定恢剿義師」，並挨家挨戶抽丁。城內秩序井然，晝夜有人巡邏——要是早這樣的話，明朝也不會亡國，只有危難之時人們才懂得團結。
六月二十四日，李成棟派遣弟弟李成林率領幾十名騎兵，企圖殺出一條道路，向外界求救。然而，李成林在出城之時被鄉勇包圍，李成林被殺死，屍體丟棄在路邊。得知李成林的死訊，李成棟日夜對著副將哭泣——可見，這人雖然做了漢奸，但是絲毫沒有泯滅人正常的感情。
七月一日，嘉定已經聚集了十萬的鄉兵。可惜這些鄉兵沒有作戰經驗，和李成棟交戰之時被打敗。敗退之時慘不忍睹，屍橫遍野。更糟糕的是，當時河水暴漲，鄉兵無路可退，只好跳進大水裡，那個場面絕對是少兒不宜，太過血腥。李成棟指揮清軍肆意屠殺，以泄弟弟被殺之恨。除此之外，李成棟還在城中挑選美貌女子，恣意淫樂。
李成棟率領清軍攻進城後，接連屠殺了三天。清兵在殺人之前，先讓百姓拿出珍寶和銀子，騙他們說拿出銀子就不殺人，結果不管有沒有銀子，一概被殺。
清軍的屠殺遠遠不止這些，「揚州十日」「嘉定屠城」只是其中著名的案例。清軍入關後到底屠殺了多少人沒有確切的數目，不過我們仍然可以根據一些資料進行推算。
首先，我們可以清朝自己發布的屠殺文告，根據《清世祖實錄》的記載，所有州縣，如果能剃頭投降，開城歡迎的話就讓你們過好日子；如果抗拒的話，大軍一到，玉石俱焚，所過皆屠。在1649年清朝在四川發布的文告中說：「民賊相混，玉石難分；或屠全城，或屠男而留女。」
總之，在清軍的官方資料里，充斥著「屠城」「殺無赦」這樣的字眼。事實上，在清軍入關之前，就對遼東漢人實行了大屠殺。入關之後，屠殺的規模更加龐大。山西總督佟養亮曾經給順治上疏：「大同、朔州、渾源三城，已經王師屠戮，人民不存。」
荷蘭使臣約翰·紐霍夫記載清朝殺戮：「韃靼全軍入城後，全城頓時是一片凄慘景象，每個士兵開始破壞，搶走一切可以到手的東西；婦女、小孩、老人的哭聲震天……各處街道所聽到的全是拷打、殺戮和反叛的聲音；全城到處是哀號、屠殺、劫掠；凡有足夠財力的，都不惜代價用錢換命，以逃脫這些慘無人道的屠夫之手。」
根據官方的記載：直隸一望極目，田地荒涼；河南滿目榛荒，人丁稀少；湖廣彌望千里，絕無人煙……
我們再看看地方縣誌的記載。
崑山大屠殺：被屠殺的十分之四，自殺的十分之二，被俘的十分之二，逃走的十分之一，藏匿起來僥倖逃脫的十分之一。時人形容說，殺戮一空，逃出城門被殺被踩死的不計其數。躲在山上寺廟裡的婦女小孩，因為一個嬰兒啼哭，頓時被搜出來，殺得血流成河，血從山上落下來彷彿瀑布。
南雄大屠殺：家家戶戶里只有燕子的聲音，沒有人聲，屍體堆積如山，有的嬰兒僥倖沒被殺，還在娘的懷裡找奶吃……
潮州大屠殺：留下骸骨十幾萬，和尚們把屍體收集起來，在西湖山上焚毀。同安縣被屠殺五萬人，梵天寺的和尚將屍體收集起來焚化，建了一個無祠亭，墓碑上刻著「萬善同歸所」。
常熟大