南明的第二個政權是永曆皇帝，永曆皇帝朱由榔是明神宗朱翊鈞的孫子，桂王朱常瀛的兒子。清軍入關後，他逃到廣西，居住在梧州一帶。公元1646年1月，在丁楚魁、呂大器、陳子壯等人的擁護下，稱帝於廣東肇慶，建年號為永曆。永曆皇帝在位十五年，是南明政權中在位時間最長的皇帝。後來被清軍追殺，一路逃到緬甸，最後在昆明被吳三桂殺害，享年四十歲，死後不知道葬在哪裡，或者根本沒有墓葬也說不定。
永曆稱帝的時候，他的弟弟唐王朱聿粵也在廣東稱帝，建號紹武。本是同根生，相煎何太急，尤其是在大敵當前的時候，兄弟更不應該自相殘殺。但永曆政權和紹武政權水火不容，為了爭奪正統地位大打出手。兄弟倆打得正火熱的時候，清軍來了，先滅掉紹武政權，紹武政權僅僅存在四十多天。
接著，永曆皇帝逃到廣西，過著顛沛流離的生活。這兩個皇帝，一個當了四十多天就被人滅了，一個朝不保夕像落水狗一樣被人追著到處跑，頭上還頂著皇帝的帽子。這樣的皇帝做得有什麼意思，損人不利己，損害天下百姓，自己也沒過上好日子。
逃亡的路上，永曆皇帝終於認清了清軍的狼子面目，制定了聯合農民軍協同抗清的決策。現在許多企業家認為衡量一個CEO好壞的標準是看他的戰略，從這個意義上來說，永曆確實做得還可以，他的基本戰略是對的。
永曆先是和李自成大順軍的余部合作，在李自成死後，大順軍分為兩支，一支由郝搖旗和劉體純率領，一支由李過和高一功率領。這兩支軍隊先後進入湖南，跟湖廣總督何騰蛟等人聯合抗清。1647年，原本反明的名將郝搖旗保護永曆帝來到柳州，然後主動出擊桂林的清軍。郝搖旗是李自成手下的一員猛將，無論大戰小戰都是沖在最前面，李自成犧牲後，郝搖旗改名為郝永忠，也就是表示永遠忠於闖王李自成。這年年底，郝搖旗在桂林西北的全州大敗清軍。接著，我們熟悉的事情又發生了，郝搖旗受到明朝將領的排擠，退回到湖北，扼守荊楚一帶。郝搖旗上半輩子跟著李自成反明，下半輩子獨自撐起大旗反清，直到康熙二年的時候，他還在和清軍打仗，後來在四川巫山戰敗被俘後被殺。
總的說來，大順軍余部和明軍聯合抗清收到很好的效果，在湖南省取得一系列的勝利，基本收復了整個湖南。湖南的勝利鼓舞了其他的省份，廣東、四川等地的抗清鬥爭風起雲湧。一些降清的將領先後反正，重新回到明政權的懷抱。決策的勝利勝過千軍萬馬。
短短的時間內，永曆政權控制範圍擴大到雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川七省。這是南明時期出現的第一次抗清鬥爭高潮。
本來永曆帝有望成為亂世中力挽狂瀾者，可惜中國人的劣根性又帶來了麻煩，再加上管理上的不善，短暫的繁榮成為曇花。所以，中國人總結出了一種人生經驗：花無百日紅，人無千日好。其實，這並不是什麼宿命，而是民族的劣根性在作怪。從越王勾踐開始，中國人就養成了可以共患難卻很難同富貴的習慣。
好局面才剛剛開始，內部就斗開了花，各種政治勢力互相攻擊，農民軍受到排擠，清軍借著這個機會得以調整喘息，捲土重來。1649年到1650年間，清軍反撲，著名抗清將領何騰蛟和瞿式耜先後在湘潭和桂林戰役中犧牲，清軍又重新佔領湖南廣西，許多收復不久的失地也先後丟掉。
在這期間，李自成的侄子李過病故，李過的兒子李來亨聯合其他農民軍將領，宣布脫離南明的政權，自主抗清。失去農民軍的支持，政權內部又斗得死去活來，南明的軍事力量越來越衰弱，士氣越來越低迷。對永曆來說，道路越來越難走了。
這時候，張獻忠大西政權的余部孫可望、李定國等人已經佔領了整個雲南。孫可望、李定國提出願意和南明聯合，永曆只好接受他們的建議。不過，這次不是農民軍投靠南明，而是永曆投靠農民軍。從此，永曆就跟著孫可望和李定國了。
1652年，李定國率軍八萬出廣西，打桂林，再次攻入湖南、廣東。在攻打桂林的戰役中，李定國打敗了孔有德，導致孔有德全家自殺，就女兒孔四貞跑了出來。這是李定國第一個漂亮仗，接著李定國又擊殺了清軍統帥敬謹親王尼堪。一出手就解決了兩王，李定國果然是身手不凡，當時天下大震。與此同時，大西軍的另一名大將李文秀帶兵出擊四川，收復了川南。詩人張煌言在福建一帶抗清，抗清運動再次出現高潮。
本來形勢又是一片大好，可惜老問題又來了，李定國出夠了風頭，孫可望不爽了，兩人產生矛盾。如果只是吵吵嘴，哪怕動手打一場，也沒問題啊！關鍵是這個孫可望心眼太小，居然想做掉李定國。李定國不想跟孫可望一般見識，暫避到廣東，希望和鄭成功會師，收復廣州，可惜鄭成功不怎麼守時，結果李定國自己跟清軍打起來了，損失慘重。隨後，李定國撤到貴州，接走被孫可望劫持的永曆皇帝。1656年，李定國帶著永曆皇帝回到雲南。第二年，孫可望帶軍攻打李定國，又一起同室操戈的案例。孫可望仗著人多勢眾，想一舉擊潰李定國，沒想到他人心不齊，許多將領倒向李定國陣營，結果李定國大敗孫可望。
1658年，孫可望投降清軍，貴州、廣西落入清軍囊中。第二年，清軍派遣三路大軍攻打永曆皇帝。因為不想連累李定國，永曆逃亡緬甸。緬甸人將他軟禁在草房裡，過著牛馬一樣的生活。李定國曾幾次想迎回永曆，但都遭到緬甸方面的拒絕。
1662年，吳三桂進軍緬甸，要求緬甸國王交出永曆皇帝。這個緬甸國王也是個混蛋級別的人物，他剛剛弒兄上位，統治尚不穩固，不想多惹麻煩，只好答應吳三桂的要求。緬甸國王派出三千人將永曆皇帝的住地團團圍住，並謊稱要和永曆立盟誓，根據緬甸的規矩，立盟誓的話大家得飲咒水，誰食言就要受到詛咒。緬甸國王通過這種方式將永曆的隨從引誘出來，出來一個殺一個，殺掉四十二個人以後。永曆知道自身難保，問緬甸國王為什麼要這樣？
緬甸國王說：「吳三桂來要人，我沒辦法。」
永曆一聽，悲憤地給吳三桂寫了一封信，控訴他背叛明朝，投靠清朝，忘恩負義，喪盡天良。罵完一頓解氣後，永曆又低下頭顱，說自己現在的處境非常可憐，性命取決於你，如果你能給我一條活路的話，我什麼都可以給你。吳三桂沒理他，確實吳三桂也沒有必要理他，漢奸的罵名是背定了，乾脆一背到底，何必為這個人葬送自己的大好前途。
緬甸國王將永曆及其二十五個眷屬一併交給吳三桂，吳三桂沒有把他押到北京，而是押回昆明。吳三桂這麼做是為了防止押往北京途中被反清復明的人士劫走，將永曆及其家眷押到昆明。吳三桂向清廷申請將永曆等人在昆明就地正法。永曆帝等人在昆明篦子坡被絞死，從此，篦子坡改名為迫死坡。
第四個政權是魯王朱以海為首的政權。清軍入關後，朱以海被擁立為監國。雖然沒有稱帝，但也監國了九年。朱以海剛當上監國，就和所謂的正統地位的福建隆武帝朱聿鍵的政權相互傾軋，爭鬥不已。1652年，清軍攻破南明魯王政權。不久，原明朝刑部員外郎錢肅樂在寧波起兵反清，並派遣張煌言去台州迎接魯王。錢肅樂被清軍打敗後，朱以海前往廈門，投靠鄭成功。鄭成功是隆武帝的支持者，之前就對朱以海非常不滿，心想大敵當前，你還和隆武帝自相殘殺，破壞了大局。不過，朱以海好歹是明朝宗室，鄭成功對他也是以禮相待。1662年，朱以海打算渡海重返南澳諸島發展力量，引起了鄭成功的不滿，鄭成功派人將他沉殺在海中。關於朱以海之死有不同的說法，也有人認為他是病死的。
南明第五個政權是定武帝朱本鉉，朱本鉉到底是不是明朝宗室後代一直是個謎，因為他是被李自成的部將郝搖旗擁立為皇帝的，所以很多人懷疑他可能並不是明朝宗室之後。朱本鉉在位十八年，郝搖旗死後第二年他也死了，死因不明，葬處也不明。
南明第六個政權是唐王朱聿鍵的隆武政權。順治二年，朱聿鍵建元隆武，他所建立的這個政權被後人稱為隆武政權。朱聿鍵本是大明的唐王，明朝滅亡後，在鄭芝龍等人的迎接下，來到福州，就任監國，不久就稱帝，把福州作為臨時首都，稱為天興府。隆武大封文武百官，鄭芝龍享受的待遇最好，因為鄭芝龍的擁立之功最大，封為平國公。
說來，鄭芝龍這個人以前只是一個海盜，後來被崇禎招安，封為五虎游擊將軍。鄭芝龍後來在金門大敗荷蘭人，升為福建總兵。自此，鄭芝龍擁兵自重，學習毛文龍，壟斷海上貿易，成為一個富可敵國的大軍閥兼大商人。用鄭芝龍自己的話說，我的一切都是大海給的，沒有大海就沒有我的今天。
確實，隆武政權主要依靠鄭芝龍，鄭芝龍的經濟來源主要依靠海，沒有海，隆武政權的根基是不穩的，雖然本來也不是很穩。
鄭芝龍的兒子鄭成功雖然是個民族英雄，但鄭芝龍更多的是一個商人。