李自成攻破北京後，崇禎雖然明知國家已亡，仍然不死心，讓自己的幾個兒子逃出去，希望有一天還能東山再起。
大明的孤臣們跟著明朝的宗室後代逃到南方，明朝的一些遺老們決定在留都南京擁立朱家王朝的後代，然後效法太祖朱元璋揮師北上，重新奪回政權。這個想法絕對是好的，也是有志氣的。
但是一到具體問題上，馬上就發生了分歧。宗室後代一大堆，到底立誰呢？史可法主張立桂王朱常瀛，桂王是明神宗朱翊鈞的兒子。以錢謙益為代表的東林黨人主張立潞王朱常淓，此人是明神宗的侄子，多才多藝，素有賢名。最終被立為皇帝的是福王朱由菘，因為朱由菘獲得了南京一些掌握軍權的將領支持。
明朝所有的缺點南明都繼承了，但就是沒有繼承一個優點。就說亡國之君崇禎，雖然缺點一大堆，但是還是個管事的主，還是希望把國家治理好。南明這個小朝廷的表現實在太讓人失望了，國難當頭，這些人沒想過如何去抵抗清軍、如何剿匪，反而把民間選美活動當成頭等大事來抓。
崇禎自殺的消息傳到江南時，南京的大臣們就開始考慮推選新的接班人，崇禎的兒子們，當然也包括太子，下落不明。
有道是國不可一日無君，就是在這種情況下朱由菘登上了帝位。
朱由菘是明神宗朱詡鈞的孫子，福王朱常洵的長子，崇禎的堂弟。崇禎在北京自殺後，他於康熙三年（1664年）五月十五日在南京稱帝，次年改元「弘光」。
朱由菘以前跟父親待在洛陽，1641年李自成攻破洛陽後，朱由菘落難到江淮。清兵入關後，他又逃到江蘇淮安。後來在鳳陽總督馬士英以及總兵高傑、劉澤清、劉良佐等人的擁護下在南京稱帝。
當時中國有四大政權，多爾袞的大清、李自成的大順、張獻忠的大西、朱由菘的南明。南明政權當時控制著中國最富庶的地方，資源是最豐富的，南方的大部分地區都掌握在他們手中，可謂是半壁江山。
雖然國家已經滅亡了大半，但南明政權絲毫沒有勵精圖治的打算，反而醉生夢死，腐敗不堪。朱由菘當上皇帝後，企圖與清軍聯合，共同剿滅李自成、張獻忠。朱由菘當皇帝期間，極盡享樂之能事，將大權交給奸臣馬士英和阮大鉞這些人，排斥以史可法為首的東林黨人。
朱由菘排斥東林黨人也是有原因的，這個原因很傳統，發源於窩裡斗。在萬曆時期曾經發生過一次國本之爭，萬曆皇帝非常寵愛鄭貴妃，對鄭貴妃的兒子朱常洵也愛屋及烏。鄭貴妃為了讓自己的兒子當上太子，不斷地在萬曆耳邊吹枕邊風。漸漸地，萬曆也就產生了廢長立幼的想法。
可惜，東林黨人百般阻止，東林黨人信奉祖宗法制「有嫡立嫡，無嫡立長」，堅決反對立朱常洵為太子。這場鬥爭持續了十年，朱常洵最後被封為福王，遷到洛陽。最後，朱常洵被李自成的農民軍殺死。因為這件事，朱由菘非常排斥東林黨人。
東林黨的兩個代表人物錢謙益和史可法在福王上台之前，可以說極力阻撓，他們很清楚，福王一旦上台，東林黨難逃被整的命運。幸好，福王的人品指數確實非常低，不用東林黨去抹黑，他自己就已經夠黑了。
東林黨人總結出福王的七宗罪：貪婪、淫亂、酗酒、不孝、虐待下人、不讀書、干預有司。然後，發出宣傳的呼聲，像這樣的人怎麼配做一國之君？
確實非常不配，但當時說話算不算數不是取決於人品，而是取決於候選人背後的力量。
史可法當時是南京兵部尚書，明亡後是一個大腕級別的人物。他是堅決反對立福王的，為了爭取更多的支持，他給另一個重量級人物馬士英寫了一封信，大意是勸馬士英不要同意立福王。
馬士英是鳳陽都督，相當於鳳陽軍區總司令，說話還是有些分量的。當然，對立繼承人問題，馬士英心裡也沒底。對他來說，誰當皇帝都無關緊要，皇帝是不是賢明跟他更沒有關係。他最在乎的是這個人上台後，我有什麼好處。
史可法倒霉就倒霉在給馬士英的那封信上。當時馬士英拿著史可法的信想了半天，到底應該立誰呢？福王跟自己無仇，潞王也跟自己無仇，說實話，馬士英真不知道該立誰。
馬士英是一個非常有名的奸臣，但奸臣一般也是正常人，結果我們已經知道，馬士英究竟為啥立了福王呢？
說來非常有意思，只是因為一個偶然的事情就讓馬士英下定決心立福王。到底是什麼事情呢？
這個偶然事件跟鳳陽監軍盧九德有關，盧九德是一個宦官，跟福王的關係非常好。在東林黨人還沒有反應過來的時候，他就串通江南總兵高傑、黃得功、劉良佐，搶先一步擁立福王。這些總兵官都是粗人，政治上那些謀略他們不是很懂，但是擁立之功這個他們是明白的。總兵劉澤清看到這三人都舉旗擁護福王了，心想再不舉旗的話就遲了，跟著就加入擁立福王的陣營。
馬士英懵了，你們這些人怎麼就不跟我商量，我好歹是鳳陽總督，是你們的領導，我還沒表態，你們就先斬後奏了。馬士英是個聰明人，他知道這些總兵們都是武夫，跟他們動嘴皮子沒用，如果還想要這些人聽自己的話，只有跟著大家一起把生米煮成熟飯。馬士英一拍板，皇帝的人選基本上就確定了。對馬士英來說，這是一筆不錯的買賣，自己沒有付出什麼，還可以憑著擁立之功當上丞相。
在馬士英的一手操縱下，朱由菘很快就進入南京，接受群臣的朝拜。
在擁立這事上，東林黨失敗了，東林黨失敗不是因為沒有能力，也不是因為沒有勢力。確切地說，東林黨輸給了時間。他們不可能在福王渡江之前，把桂王接到南京，因為桂王遠在雲南。
馬士英高明的地方就在於他沒有立刻讓福王當皇帝，而是很有分寸地說道：「福王現在來到了南京，潞王和桂王還在偏遠地方待著呢！皇帝這個位子我們還是給崇禎太子留著，哪天太子回到南京，就讓他當皇帝。現在太子音訊全無，就讓福王暫且監國吧！」
這番話說得有禮有節，不服都不行。此時，一身是膽的史可法作出了妥協。
史可法平生最重的就是忠義二字，窩裡斗可以先放一邊，大明江山的大局要緊。
史可法非常明白，大明這個公司已經接近破產的邊緣，要想讓它起死回生，必須採取一些非常措施，當然，這些措施並不能保證有很大的效果。
史可法第一件事是奏請朝廷設立江北四鎮，安排高傑、劉澤清、黃得功和劉良佐四個總兵鎮守這四個地方。這相當於南明小朝廷的外圍防線，史可法這麼做就表示對四大總兵的重視，將國家的國防任務交給你們了，你們儘可能地發揮潛力吧！
小朝廷剛剛組建，沒什麼銀子，所以防區內的軍餉問題由各個部隊自行解決。史可法當然知道這樣會讓士兵們不滿，他又開出了一個優惠條件：各位總兵如果能收復失地，這個失地就可以併入你們的防區內。相當於鼓勵大家擴張，為了提高在外打仗將士們的積極性，史可法還建議朝廷給總兵們封伯爵，其中黃得功還封為侯爵。鎮守武昌的左良玉也得以封侯。
一下子把許多將領們爵位的問題解決了，這個很不尋常，與其說是給他們好處，不如說是希望你們賣力點，再賣力點，一定要挽救大明這個公司。史可法當然很清楚，給這些將領們封侯，允許他們兼并土地的後果。這個後果我們不用想就知道，造就一批大軍閥。但出現這個後果的前提是大明公司沒有倒閉，對於史可法來說，只要大明公司不倒閉，其他問題可以日後解決。
史可法操縱全局的時候，馬士英有很強的失落感，這麼搞下去，朝政就控制在你史可法一個人的手上了。馬士英覺得，與其在鳳陽督師，不如回到朝廷，控制朝綱。
仗著新皇帝是自己擁立上去的，馬士英入朝之後，耍盡手段，終於把史可法趕出朝廷。
在馬士英的慫恿下，朱由菘於順治元年五月十五日在南京正式稱帝，是為弘光元年。第二天，弘光帝就迫不及待地宣布馬士英為兵部尚書，相當於取代了史可法的地位。
這個安排一出來，輿論一片嘩然。大家紛紛為史可法叫屈，說皇上啊，你怎麼能放著濟世良相不用，用跟閹黨有關係的人呢？
朱由菘當然不會理會這些，他選擇閹黨一方面是對東林黨不放心，另一方面確實是想自己放心淫樂，把朝政都交託給馬士英、阮大鉞這些人。不管朱由菘選擇哪個黨派，都註定了南明政權的悲哀，因為最高領導者朱由菘就這樣。他寵信奸臣，無所作為，沒有防備清軍，整日坐在秦淮河上的船上，沉淪在情歌艷舞之中，過著醉生夢死的生活。據說，當時秦淮河上的燈船之盛，天下其他地方是找不到的。
秦淮河兩邊的房子，雕欄畫檻，一片珠簾，粉紗紅帳，醉客熏熏，簡直是腐敗到了極致。
弘光皇帝就整天沉溺在燈紅酒綠之中，估計連老祖宗朱元璋都忘記了。真是要死也要快活，當時的形勢簡直危在旦