李自成攻入北京後，崇禎上吊自殺。然而，李自成並不是真命天子的料，他當上皇帝後，農民軍迅速腐化，對城內的百姓燒殺搶掠，北京城失控。更要命的是，李自成集團的二把手劉宗敏將吳三桂的愛妾陳圓圓據為己有。遠在山海關的吳三桂得知這個消息，對李自成恨得咬牙切齒，這才與多爾袞勾結，引清軍入關滅「闖賊」。
山海關一戰，李自成被清軍和吳三桂打得一敗塗地，再次淪為流寇。多爾袞入關後，趁機將中原的政權據為己有。吳三桂騎虎難下，只好委曲求全活在清廷的羽翼之下，並協助清軍消滅國內的反清勢力。
一代梟雄李自成最後在湖北的九宮山戰死，李自成雖然被滅掉了，但是中國還有很多反清勢力。譬如，逃亡到南方的南明政權，還有張獻忠的大西政權。南明政權雖然是由朱家子孫領導，但實際上已經腐朽不堪，這些人根本沒有志向光復大明，不過想仗著朱家子孫的頭銜過幾天醉生夢死的生活。
在南明政權中也出現過像史可法這樣的民族英雄，可惜無力回天。清軍在消滅敵對勢力的過程中，手段殘忍，動輒屠城，「揚州十日」「嘉定三屠」就是其中最恐怖的大屠殺。
自從張獻忠死後，大西政權出現了李定國這樣的軍事英雄，李定國有很出色的軍事才能，但受到最高領導孫可望的排擠，導致軍隊最後發生分裂。大西軍也沒能逃脫滅亡的命運。
國內的反對勢力肅清得差不多時，多爾袞開始著手收拾政權內部的反對派，他逼死豪格，打擊親順治的大臣，將朝政大權全部集中在自己手中。孝庄和順治母子猶如大海中的一葉孤舟，如果不小心惹怒多爾袞，隨時都會翻船。
孝庄是一個很有政治智慧的女人，她陪伴多爾袞猶如陪伴一頭猛虎，除了隨時察言觀色，還一直將多爾袞的頭銜提到皇父攝政王的地步，這才避免多爾袞弒君自立的野心發作。因為「皇父攝政王」這五個字，清史又留下了一樁重大懸案：孝庄太后有沒有下嫁多爾袞？
這樁懸案至今沒有定論。不過從順治和孝庄的矛盾來看，孝庄與多爾袞的關係深深地刺傷了順治幼小的心靈，所以順治親政之後，處處跟母親對著干。孝庄也不是省油的燈，對順治的寵妃董鄂妃百般刁難，最後董鄂妃早逝，順治不久也患上天花，與董鄂妃做了一對短命鴛鴦，比翼雙雙飛往天堂。
順治的一生是一個悲劇，由於長期生活在多爾袞的陰影之下，他變得身心扭曲，一直沒能找到身心的平衡，最後出家未成，短命而逝。生在帝王家對他來說是一種不幸。