朱由校是在孔聞謤等在京師天津一帶被處決後不久就立即下旨讓衍聖公孔貞寧對朝廷忠誠度進行表態的。
而衍聖公孔貞寧也在朱由校的聖旨到達山東後前一刻通過私人渠道得知了孔聞謤被東廠處決的事，然後就收到了朱由校的聖旨。
所以，孔貞寧現在即便按照聖旨立即寫了奏本，也還得有段時間才能遞送到京。
也因此，皇帝朱由校和方從哲這些皇帝的親信大臣們，此時還不知道孔貞寧的傲慢態度。
朱由校現在不得不把心思放在軍務上。
畢竟現在大明要同時面對兩場兵事。
不僅僅是還未徹底解決的遼東戰事，還有剛剛出現的西南戰事。
為此，朱由校特地將他身邊擅長軍事謀劃的文武官員都叫到政事堂，參與軍機。
「奢崇明的叛亂，雖然讓大明接下來不得不陷入兩線作戰的境地，但也不必太過焦慮，這只是說明舊的土司羈縻制度已經不合時宜而已，在將來有必要進行改土歸流，不然，這些擁有地方實權的土司一有機會就依舊會挑動底層夷民造反。」
「而這些有實權的土司造反後也不會造成太大的勢，因為首先他們的教化程度本就不及漢人，在戰爭上的表現就是紀律差，對底層的漢夷百姓都是以燒殺劫掠為主，其次沒有強大的糧草保障能力，只要戰事一受挫，就容易陷入困局，所以，朕相信袁可立完全能夠平定這次叛亂，西南的這些土司成不了大氣候。」
朱由校首先對這次的奢崇明叛亂提出了自己的看法。
然後，朱由校就繼續說道：「不過，我們雖然在大勢上清楚這些西南土司成不了大氣候，但也不能不重視，因為這關係到朝廷需要花多少民力財力物力去平定這次叛亂，朝廷需要有個總的謀劃，需要知道如何趁著這次西南平叛的機會讓朝廷更有利，讓西南在將來更太平。」
「陛下說的是，縱觀歷朝西南番亂，皆未有不平定者，然皆弊在於耗損錢糧無數，蓋因西南用兵有三難：
一、民族成分複雜，西南地區，漢夷雜居，因為風俗不同，故而矛盾常有，甚至夷民中也有生番、熟番之別，熟番易受朝廷管束，然生番易受土官挑撥，彼此也有矛盾；
二、地勢複雜，多易守難攻地，大軍進攻難以速達，而小股兵馬急進又易遭伏，且交通不便，所以，糧草運輸困難，許多道路，連騾馬都不能用，只能用人馱運；
三、氣候不定，雨水頻繁，多瘴氣時疫，通常西南用兵，死於沙場拼殺者少，死於疫病者多；
以臣之見，朝廷要想在西南一勞永逸，得先安其民，對為惡之番官以狠，對底層百姓，不分漢夷，一律以招撫為主，分化其勢，進而可孤立叛亂者；
其次，要想節省錢糧，一開始得花足錢糧，使將士用命，一鼓作氣地剿滅叛軍，從而避免叛軍做大且四處流竄，最後不可催促帶兵督撫，因為西南用兵需等天氣適宜時果斷出擊，而若朝廷為求速達，不顧實際情況，一位催促帶兵督撫進兵，容易適得其反。」
總督過四川、貴州、湖廣軍務，且參與過平定番亂的王象乾提出了自己的見解。
朱由校對此表示了肯定。
而接下來，朱由校又讓參與過播州之亂的陳策等老將發表看法。
陳策本以為自己這些老將在京師只是教教後生輩帶兵，但他沒想到皇帝陛下還讓他們這些老將參與軍機，這讓他心情很激動，畢竟作為打了一輩子仗的老將，誰不想在軍務上說道說道。
所以，陳策等老將皆很積極地發表起了自己的看法。
陳策最先開口，且直接指明近年來西南土司作亂頻繁的原因，說西南如今敢作亂，主要還是因為朝廷內弊叢生，首先是衛所軍戶大量逃走，最後成為西南各土司的農奴，從漢民變成夷民，而這些軍戶不乏善冶鐵、制火器的，因此造成西南土司軍事實力大增，野心也跟著膨脹，所以，陳策認為朝廷應該提醒官軍不能輕視這些西南土司的戰鬥力，可能也有不少火器。
童仲揆則根據自己掌四川都司多年且參與過播州之亂全程的經驗，指出了四川哪些土司忠誠度高、哪些土司忠誠度低，以及還拿出了一份提前研究出來的四川各城池的防禦重要程度。
朱由校很慶幸自己沒有像原有歷史一樣在遼東經略一職上換掉熊廷弼，而沒有使得遼事敗壞，也就使得陳策、童仲揆這些熟悉對西南作戰有豐富經驗的老將沒有像原有歷史一樣戰死沙場，而是成了自己在軍事上的顧問，使得自己這個皇帝可以更全面的了解西南地區的情況。
不過，朱由校倒也沒同意接下來陳策和童仲揆主動申請去西南帶兵打仗的請求。
因為，朱由校還是更希望借著這次西南戰事練出一批能帶兵的年輕將領出來，而老將們還是適合留在京師，替自己參謀軍機，同時替自己培養軍事人才，畢竟人才是不能斷層的，不能一遇到戰事就只指望老將去解決，而不給年輕人表現的機會。
何況，大明將來還會有很多戰事，需要很多指揮才能突出的戰將。
然後，朱由校又讓王象乾和陳策等人對其他地方的軍事威脅，如東虜、蒙古等也進行了分析，以確定如何把控全局。
而在議定好大明全局性的軍事戰略後，朱由校便讓王象乾將這次政事堂所議定的關於西南戰事和帝國軍事全局戰略的所有看法以寫成聖旨的形式，發給袁可立，讓袁可立作為參考。
而聖旨只是對西南戰事進行全局性地指導，不提出明確的命令，所以，袁可立依舊需要自己去思考如何指揮整個西南的戰事，並符合大明全局性軍事戰略的要求。
因此，接下來，一道道關於軍事方面的聖旨從政事堂發了出來。
政事堂一下子似乎成了大明帝國的最高軍事機關。
而大明軍機要事的決策參與者也在悄然間發生了變化。
以前是大小九卿加科道言官以廷議的方式決議軍機，皆是文官，但現在一下子變成了只有少數官員參與，明顯沒以前那麼皿煮，但卻不再只是文官參與，開始有作戰經驗豐富的武官老將參與。
這些老將因此表現出了很大的積極性，童仲揆甚至嫌兵部的地圖不行，根據經驗連夜親自畫了一幅四川地形圖出來，然後在被召到政事堂再議軍機時，直接拿出來，建言天子和其他大臣以他的圖為參考。
除此之外，帝國中央的軍事決策效率明顯快了許多。
以往廷議扯皮一個月都還沒確定出戰略。
而現在，幾乎沒花幾天時間，朝廷中央就議定出了全局性的軍事指導，也提前在河南、陝西、江西、福建等地換了一波可靠的官員進行戰略預備，以防止戰事擴大後不可收拾。
袁可立現在還沒收到天啟帝的指示性聖旨。
此時，他剛收到了侯恂的首級。
「陛下英明啊！」
袁可立收到侯恂首級後，當即笑了起來，且喝道：「傳令升帳！」