內閣首輔方從哲，次輔韓爌、三輔王象乾以及吏部尚書李汝華、禮部尚書孫如游、戶部尚書汪應蛟、兵部尚書徐光啟、刑部尚書黃克纘、工部尚書畢懋康在向朱由校行大禮後皆站在了朱由校的內書房外。
「你們今晚倒來的齊全。」
朱由校語氣不好地回了一句，然後斜眼瞥了眾臣一眼。
「啟稟陛下，白天在有不懂事的士子在大鬧錦衣衛大堂，此事我們都知道了，如今特來求見陛下的確是想求陛下開恩的，求陛下看在他們年少無知的份上不要與他們計較，網開一面吧。」
禮部尚書孫如遊說了起來。
朱由校笑了起來：「年少無知？這些人里應該不少都已過而立之年了吧，去都察院大鬧，朕可以理解他們無知，但去錦衣衛大堂鬧，甚至還打死錦衣衛數名，這已經是謀反，是不把朕，不把朝廷放在眼裡！下次，他們是不是還敢闖進午門，把朕也打死？」
「陛下息怒，這些士子的確罪大惡極，但他們畢竟是讀書人，殺他們易，可要讓天下人心從此誠服難啊，如今這事說到底還是因李三才之罪而起，這李三才雖也罪大惡極，但他的確於士林中很有威望，殺他就等同於不顧忌天下人心，不然，神廟當年為何不殺李三才，非不想而不能也！陛下，為大明千秋計，有些時候不能意氣用事啊，社稷安寧非是以法治天下，而是以禮治天下，朝廷也應以禮待天下士，而非以法禁天下事，不然人心難服啊。」
吏部尚書李汝華也跟著說了起來。
朱由校聽後只想起一句話來，那就是「儒以禮亂法」這句。
這時候，刑部尚書黃克纘甚至跪了下來：「陛下！老臣收回之前的話，如今這局面，還是不治李三才死罪，饒恕那些士子，以順天下人心吧。」
「你們不必再勸！李三才是必須殺的，這些鬧錦衣衛大堂的士子也是必須殺的！朕意已決！」
朱由校說著就又道：「擬旨，李三才處凌遲時再加五百刀！」
「陛下！」
黃克纘喊了一聲，欲要再說話。
「要抗旨嗎？」
朱由校語氣森冷地問了一句。
「臣，臣遵旨！」
黃克纘最終還是回了一句。
而戶部尚書汪應蛟見此不由得站了出來：「陛下，臣擔心，這樣下去，不說別的，只怕漕糧會斷，天下逋賦增多，到時候九邊和京師會因此發現斷糧現象，而以致於軍心民心不穩啊！到時候就真的是天下大亂，還請陛下三思啊！」
「繳納稅糧乃子民之義務，如果天下人不顧天下太平，要與朝廷決裂，也不願再奉養朕與九邊軍鎮！那朕又何必要這天下，要這社稷，到時候朕大不了就帶九邊軍鎮南下打糧，你們不要以為這江山就真的只是朕一人之江山，這天下就真是朕一人之天下，朕雖是天下之主，然享這天下安寧之福的非朕一人。」
朱由校說了起來。
在場眾臣聽後面色大驚，他們沒想到皇帝陛下是寧可棄大明江山社稷於不顧也不願意妥協。
「是！」
汪應蛟怔了片刻，最終只吐出這一個字來。
其他大臣也皆默然不語起來。
而朱由校則說了一句：「天色不早了，都退下吧。」
「臣等告退！」
這些大臣都離開了這裡，除了徐光啟神色中流露出一絲感激外，其餘大臣皆有些失望。
朱由校知道這些人會來勸，這些大學士和尚書都是文官，和那些鬧事的士子同屬於士大夫階層，不可能不為他們說話。
但現在朱由校不願意妥協。
因此君臣之間也就不歡而散。
……
不過，在次日一早，刑部尚書黃克纘就上了辭官疏。
他雖然是非東林官員，但要讓他這個刑部尚書親自處決那麼多士子，他也實在是不敢。
內閣票擬的意見是駁回黃克纘的辭官請求。
而朱由校也同意了，因為這時候那麼多要犯要處決，他也來不及更換一個合適的刑部尚書。
但是，朱由校沒想到的是，在駁回黃克纘的辭官請求後不久，魏忠賢就突然進了宮，對他稟告道：「皇爺，東廠剛剛得到消息，刑部尚書黃克纘服毒自殺了！」
服毒自殺？
朱由校聽到這個消息後十分驚駭。
他沒想到黃克纘寧肯自殺也不願意去處決李三才和那些士子。
朱由校雖然即位以來殺了不少人，但他內心也並非完全漠視生命，當他沒有決定處死一個人而這人卻因自己而死時，還是會有所觸動的。
所以，朱由校將手中的筆摔在了案上：「這個老東西，朕都沒有怕，他怕什麼！」
「皇爺，東廠還得知一個消息，就是刑部左右侍郎皆已吩咐家人買好了棺材。」
魏忠賢又說了一句。
朱由校聽後一愣：「竟有這事？」
魏忠賢點首：「奴婢不敢欺瞞皇爺！」
朱由校聽後苦笑起來：「好得很，寧肯不活也不願意屈從朕，這才是剛烈死諫之臣！」
「皇爺，元輔求見。」
這時候，王承恩來回了一句。
「宣他到內書房裡覲見！」
朱由校一般不會隨便讓外臣進他的內書房，但今天不一樣，黃克纘的死和刑部左右侍郎都準備以死抗命的確讓他感到了問題的棘手性，他也沒想到處置個李三才乃至因為李三才引發的殺鬧事士子事件會引發這麼多的連鎖反應。
方從哲來到了朱由校的內書房，眼含熱淚，直接跪在了朱由校面前：「陛下！這是刑部尚書黃克纘剛上的奏本！」
「拿來！」
朱由校說後不久就從王承恩手裡接過了奏本，並看了起來。
朱由校只見黃克纘奏本里主要意思就結尾一句話：「上不敢背君旨，下不敢逆人心，臣唯死矣！」
「這應該是他的最後一道奏本了。」
朱由校說了一句，就看向了方從哲：「朕知道你要說什麼，想必你也知道了黃克纘的事，朕維持朝綱，殺一個革員，就這麼難？元輔，朕還算是天下之主嗎？」
朱由校說著就語重心長地問了一句。
方從哲忍不住抽泣起來：「陛下自然是天下之主！可陛下，有些事非人力可為，這次要不您就開恩一次吧，您總不能真要逼得朝中忠良孤臣全部殉國吧，黃克纘這些人都是老成持重之臣，他們這些人如果都沒了，那到時候朝堂上就只能是虛偽無恥之輩，而朝堂外之人就真的會與朝廷徹底決裂啊！」
「那李三才呢，說說你的心裡話，你覺得他該不該殺，你說實話，朕不會怪罪你。」
朱由校說道。
「該殺！」
方從哲回了一句，然後又道：「但是不能殺！因為他的名望實在是太大了！」