他又再次參與研究所的工作，並在其中作了某些變革。1983年初，魯濱遜的訴訟案進入了第五個年頭，申訴的事情很多，從終身職位的剝奪，到精神崩潰、誣陷和誹謗——正如魯濱遜所說，「除了廚房水槽之外，無所不有。」雙方花去的法律費用都達到了100萬美元左右。最後，開庭的日期就要到了。
然而，這一訴訟案最終並沒有搬到法庭審理。2月，研究所理事會感到負擔不起有關的費用和名譽上的負面影響，決定庭外解決。魯濱遜在向律師諮詢以後，接受50萬美元到60萬美元之間的一個數字作為賠款——據他後來說，這個數目正夠他還清拖欠的法律債務，還可以買上一輛新車——自此以後，他就走開了。他後來曾試圖在俄勒岡的洞匯城外的一個牧場開辦自己的醫學研究所，但沒有成功；他在那裡堅持做了一些科研工作，在家除了輔導孩子的教育外，就防彈設施展開研究，並且發表了一些文章。
鮑林的生活有了新的節奏。他起身很早，往往在清晨4時左右。在牧場，則首先要在爐子里生火，吃些早點，然後就整天泡在書本里做理論研究。下午4時左右，他會停止工作，休息一兩個小時，看一會電視，多半是《人民法庭》之類的新聞談話節目，他非常喜歡。他自己動手準備晚餐，經常是牛尾湯或一些義大利麵食，然後在7時左右上床，一直讀書直到睡著為止。他不再喜歡科幻小說——他感到自己已經知道所有的情節和排列次序，不再喜歡那些談論外星人性別的新熱點——不過，偶而也會讀一部路易·拉姆爾寫的西部小說或者讀一篇偵探故事。他也喜歡瀏覽一下彼得有時候寄來的英國幽默雜誌。他喝伏特加的數量比從前略有增加。他也不再那麼關心自己的外表；渾身上下的服裝往往不很協調，頭上永遠是那頂黑色貝雷帽，上身是陳舊的運動衫或有多處磨損的毛衣，下身褲子有不少污漬。除了偶爾散散步或在牧場游泳池裡裸游之外，他幾乎沒有其他的體育運動。不過，他還是非常健康的——他深信不疑，這應歸功於他服用大劑量的維生素Ｃ。
他不知疲倦地外出旅遊，經常不斷地談論世界和平和國際大事、贊成凍結核試驗的運動，大聲譴責里根「喪失理智的軍國主義」和愚蠢的星球大戰計畫。他出訪蘇聯，在那裡，儘管他一再努力，仍然未能會見薩哈洛夫；後來又去尼加拉瓜，登上了和平舟，船上滿載著來自挪威和瑞典的藥品和食物，抵達後與奧德加總統同乘一輛吉普車前往首都馬那瓜。
他發現，自己雖然不喜歡孤家獨處，然而他至少已經習慣於這種生活。愛娃之死打亂了他生活的平衡，他深深地懷念著她。但是，他終於振作起精神，又繼續上路了。
研究所再也沒有回覆到1978年時的興旺狀態。魯濱遜的訴訟案吸幹了研究所的資金儲備，這些錢原本可以用來為一些項目提供穩定的資助。希克斯開始將自己的精力盯在一些富有的捐款人身上，其中有哈默，日本慈善家良吉佐川，還有幫助鮑林招待80周歲生日晚會客人的丹尼·凱耶。研究所開始舉行一年一度的黑領結宴會表彰一位有可能捐款的有錢人，授予這個人一枚「萊納斯·鮑林人道主義勳章」。有些活動收到了一定的效果。例如，哈默在接受鮑林研究所頒發的一枚勳章後，就捐了一筆數目相當大的錢。但是，研究所始終未得到足夠的資金可以搬出這家倉庫。
在超級市場的通俗小報上，在電視節目中，鮑林仍不遺餘力地宣揚維生素Ｃ的作用，這無助於營造一種純潔科學的氛圍。鮑林應邀在《多諾胡》中拍攝廣告，使人感到尤其尷尬。在這一廣告中，他和另一名充當客人的老壽星傑克·拉·拉尼一起手執一系列營養品，向觀眾招徠和叫賣。
對此，鮑林似乎不以為然。直接與公眾打交道，他已經習以為常，雖然他的許多科學界同行認為這有失體統。他的研究所已經離不開公眾的支持。要是他能夠得到科學部門的足夠資助，他還不至於通過無線電波來推廣他的思想了。
1983年春標誌著他的學術形象的一個低潮。郵政法官在舊金山舉行了一次聽證會，控告一個從事郵購業務的維生素商人進行虛假和誤導宣傳，他的名字叫奧斯卡·法爾可尼。鮑林也被通知到場。法爾可尼經營著一家所謂的「營養品批發俱樂部」。他登出廣告聲稱，維生素Ｃ能夠防治膀胱癌，中止尿道感染，有助於戒煙和戒酒，並能清洗腸胃系統使其不受咖啡因不良作用的侵害。要是沒有鮑林出席，這次聽證會本來不會引起多大影響，但是，舊金山的幾家報紙報道了鮑林的證詞，科學刊物《自然》雜誌又在新聞欄里轉載，因此，鮑林在世界各地的同行都知道了這一消息。根據《自然》雜誌所作的報道，鮑林「甚至願意為法爾可尼的最為極端的說法辯護，」並特別關心維生素Ｃ在預防癌症方面的作用。記者還記下了斯通的證詞。作為「一名已經退休的釀造化工師」，斯通作證聲稱，「所有臨床疾病都有一個維生素Ｃ缺乏的問題。」
大多數科學家對鮑林的斷言並不相信，但是，考慮到他在以前取得的偉大成就，因此都決定採用莫衷一是的態度。鮑林的學術生涯給他帶來了一連串的獎勵和榮譽，現在，1984年，美國化學學會又給他錦上添花，授予他最為權威的榮譽——普里斯特利勳章。在頒獎的前一天，《今日美國》注意到，「多年來，萊納斯·鮑林一直受到社會的歧視，今夜對他在科學上的豐功偉績作了最後的定論。」正如《華盛頓郵報》所說，這標誌著鮑林恢複了自己受人尊敬的地位，大家應當表示歡迎。但是，在鮑林看來，比受人尊敬更加重要的是，讓世界相信，便宜而又安全的維生素Ｃ可以大大消解人類的痛苦。
最大的怪人
此時，莫特爾發表了他進行的第二次試驗的結果。一直到1985年1月，記者打電話給鮑林時，他才聽到了有關的情況。記者告訴鮑林說，他們收到了一份新聞稿，其中提到第二次試驗再次表明維生素Ｃ對癌症病人沒有療效。
鮑林這次甚至沒有享受到給予一份預印稿的禮遇，但是，在他得到並且讀了這份試驗報告後，他憤怒極了。不錯，莫特爾接受了鮑林早先提出的意見，受試病人的確在以前沒有接受過抗癌藥物或輻射的治療——一共有一百例患晚期結腸直腸癌的病人接受了試驗，現有的其他治療方法對他們已經無效。這是一次隨機分組的雙盲試驗，嚴格遵守了臨床試驗的所有規範。但是，據鮑林估計，莫特爾犯了一個重大的錯誤：試驗人員看到腫瘤並沒有縮小，就認定維生素Ｃ沒有什麼作用，馬上讓病人停服，而且在有些病例中又改用化療了。在試驗一種新的藥物時，如果未見療效，那就立即停葯，這是一種常規的做法——不能很快地收到療效，再加上可能產生嚴重的副作用，那就有足夠的理由重新採用原先已經證明是有效的手段——但是，鮑林提出異議說，在維生素Ｃ的情況下，這樣做是錯誤的。維生素Ｃ並非是藥物，而是一種食品，在試驗中間讓患者停止食用維生素Ｃ，可能產生反彈效應，白血球的數量可能會下降到危及生命的程度。卡梅隆讓病人堅持服用維生素Ｃ，一直到死亡為止，因而能保證維生素Ｃ在最大限度的時間內發揮其作用；而莫特爾讓病人停服，不但沒有重複卡梅隆的試驗，而且在實際上可能加速了病人的死亡。
莫特爾的試驗結果於1月17日發表在《新英格蘭醫學雜誌》上，隨文刊登的還有國家癌症研究所一名官員撰寫的社論。這篇社論認為這次試驗結果是「毫不含糊的」；暗示卡梅隆的發現是「選取試驗樣本時發生偏差」引起的結果；維生素Ｃ並沒有顯著地延長患者存活的時間；鮑林和卡梅隆都錯了，這一爭論可以了結了。
「我從來沒有看到他那麼惱怒過，」莫特爾的論文發表後幾個星期，卡梅隆在寫到鮑林的情況時這樣說道。「他認為這件事自始至終都是對他個人道德的攻擊。」然而，其含意還遠不止此。更為嚴重的事情是，莫特爾的試驗可能意味著：鮑林研究所對癌症的研究工作再也得不到大筆的資助。鮑林之所以作出這樣的反應，還可能包含著情感的因素。既然莫特爾的研究表明維生素Ｃ是毫無價值的，那麼人們對鮑林在拯救愛娃生命時所做的每一件事情都可以打一個問號了。
因此，儘管鮑林已是86歲的高齡，他又像往常一樣，與莫特爾的第二次試驗結果展開了艱苦的鬥爭。他在向新聞界發表的一封公開信中說，梅奧研究小組聲言重複了卡梅隆試驗，這是「虛假騙人的伎倆」。他又寫信給德維塔、莫特爾和另外五名論文的作者，寫信給撰寫那篇社論的作者，寫信給《新英格蘭醫學雜誌》的編輯阿瑟·萊爾曼，要求他們「更正、收回所寫的文章，並公開致歉」。他威脅要進行訴訟，控告《新英格蘭醫學雜誌》、國家癌症研究所和梅奧防治中心。他將莫特爾試驗中的漏洞製作成幻燈片，並向醫學界人士放映。他撰寫了一篇論文，說明讓病人突然中斷服用維生素Ｃ會加速他們的死亡，並將這篇論文投寄給《新英格蘭醫學雜誌》。他曾作出努力促使議會就這個問題舉行聽