在公開場合，巴克利裝出了一副氣勢洶洶的樣子。「〈國民評論》一定要捍衛自己的觀點，捍衛自己不受任何人騷擾的權利，」這一案件公之於眾後，《國民評論》發表的一篇社論這樣說。「本刊決不會被一個愛打官司的公眾人士所嚇倒，用參議院的一個小組委員會的令人清醒的話來說，此人『多年來已經證明自己隨時準備與共產黨合作』。」
然而，巴克利在內心深處卻惶恐不安。此時，鮑林打官司的成功率還是較高的：他在兩個案件中達成了庭外解決，在其他幾個案子中也迫使被告收回和更正了有關的言論。鮑林一次也沒有輸過。《國民評論》是一家小本經營的雜誌，如果判下來的賠款數接近於100萬美元，那麼雜誌在競爭中就要被淘汰出局了。單單是涉及到的法律費用就很成問題。
但是，巴克利認真研究了鮑林所寫的文字，最後決定與對方奉陪到底。他與拉什和本哈姆碰了面，認為將鮑林稱為「同路人」的根據就是鮑林本人的經歷，這與「將杜魯門稱為民主黨人是一樣的道理」。如果鮑林想在這一點上爭論，那麼他將隨同一批善於論爭的高手一起接受這一挑戰。
律師們花了數月時間就技術問題作了精心的準備。等到鮑林即將在案中宣誓忠誠的時候，他獲得諾貝爾和平獎的消息正式宣布了——這對巴克利一方是不利的因素——一直要拖到1964年初從奧斯陸歸來後，鮑林才能去紐約當著律師們的面出庭了。於是，法律準備的時間又增加了幾個月。1965年，一名法官接受上司指派將雙方準備的材料分檔和清理，致使雙方原本希望得到對方背景材料的打算全都落空了。
這一拖延對《國民評論》倒是有利的。1964年，美國最高法院對一起名為「紐約時報訴沙利文」的重大誹謗案進行了判決，使美國適用於誹謗的法律依據發生了一次根本的變化。為了保護正常的公開辯論，審理沙利文一案的法官們辯稱，評判一個人是否受到誹謗的標準，政治家和其他公眾人物應與普通公民有區別。比方說，一家報紙將參加競選的一名侯選人說成是「笨蛋」，就不算是誹謗——對於普通公民，就可以認為是誹謗——當然，如果有證據表明，這樣稱呼出於「實際的惡意」，那就另當別論了。不過，這也得由有關說法的虛假性或故意隱瞞真相的事實來界定。
對沙利文一案所作的判決，使政治家在誹謗訴訟案中取勝的難度大大增加了。當然，仍有這樣一個問題未解決，就是在選舉的範圍之外，對文藝界明星、議會外從事遊說話動的說客或者像鮑林那樣的著名人士，上述裁決原則是否適用呢？
鮑林關於誹謗的訴訟，特別是《國民評論》一案，就其動機和鮑林的形象而言，有助於界定沙利文裁決原則適用的範圍。在沙利文案作出判決以後，《國民評論》的律師馬上爭辯說，根據這一裁決原則就可駁回鮑林的申訴。但是，法官卻不能斷定，鮑林一定有資格算作為公眾人物，因而拒絕了他們的要求。隨後，1965年秋天，巴克利競選紐約市市長，他認為應當易地審理這一個案子，認為在曼哈頓審理保證不了公正，因為媒體對他的競選活動所作的報道「容易引起人們的反感」。這樣，這一案件又再次被拖延。後來，這家雜誌試圖利用它正在鬥爭的另一誹謗案加強自身在鮑林案中的地位，因為那一個案子已以原告失敗而告終。於是，鮑林案就進一步拖延了。
1966年3月，這個案子終於擺到了陪審團面前，有關各方都已厭倦了——雙方的辯論斷斷續續拖了六個星期，厭煩情緒隨之也進一步滋長。以梅塔為首的原告方律師謹慎入微，以至到了可能引起審案法官塞繆爾·西爾弗曼反感的地步。他們花了好幾天時間表明鮑林原先享有良好的聲譽，甚至還請愛娃到場，出示裝滿了整整一箱的獎狀和獎章——其中包括鮑林的兩個諾貝爾獎——梅塔將這些物品遞交給法官和陪審團。鮑林取得的每一項成就，其中包括25個左右的學位，都在法庭上一一宣讀並記錄在案，鮑林本人站在原告席上的時間長達十小時。在檢驗他的背景、成就和政治活動的過程中，他始終直視著陪審團成員。「在我與有聯繫的團體中，都沒有我知道或懷疑是獻身於共產主義的人，」他說。「對於馬克思主義，本人不但一無所知，而且毫無興趣。」他作證說，《國民評論》的一些社論在很大程度上對他的經濟收入帶來了負面的影響。事實上，1962年，他在加州理工學院的工資未得到提升，而且他在賬面上的收入還略有下降。他還舉證稱，他受到加州理工學院校長和其他一些人的冷落，《國民評論》的社論損害了他的自尊心。
《國民評論》的律師在答辯時，同樣費盡了心機，同樣使用了好幾天時間，不厭其煩地陳述了鮑林與左翼人士聯繫的歷史，並且引用了國會進行各種各樣調查得到的結果。他們表明，鮑林在幾年裡的總收入並沒有下降；如果算進他得到的獎金，還有所增加。鮑林的律師提出了許多反駁的意見，一再打斷被告的證詞，以至西爾弗曼都失去了耐心。「如果陪審團還要聽完雙方其餘的話，」這位聽了四周時間作證已經倦容滿面的法官說，「請記住，那就是4月1日了。」
這樣又過了兩星期。法官西爾弗曼實在聽夠了。《國民評論》方提出一項新動議，要求引用沙利文裁決原則，駁回原告的訴訟。西爾弗曼表示贊成此動議，使鮑林方感到很震驚。西爾弗曼說，他現在已經充分聽取了雙方的陳詞，可以作兩點判決：鮑林是一位公眾人物，適用於沙利文裁決原則；《國民評論》並沒有故意迴避事實真相的舉動。根據沙利文裁決原則，事實上的誹謗不成立，因此，不能作出有利於鮑林的判決。「鮑林博士由於幫助自己所信仰的事業而提高了自己的聲譽，」西爾弗曼對陪審團說。「我只不過認為，這樣做也就限制了因名譽受到誹謗而在法律上作補償的要求。也許，我們可以將此看作為他為了維護自己的信仰而作出的又一次犧牲。」
法庭命令鮑林支付《國民評論》一千美元的法律訴訟費（這家雜誌僱傭律師總共花去的費用超過五千美元）。陪審團隨後就宣布解散了。
鮑林簡單地說，這一結果使他很「失望」，然後就讓他的律師離開了。後來，他又請了一位更好的律師來幫助上訴，就是高級律師路易斯·尼澤。尼澤手下的律師小組開始時感到悲觀，但鮑林熱情地鼓勵他們好好乾，認為有可能推翻沙利文裁決原則適用於本案的結論，因為鮑林並不是當政的官員。於是，律師小組同意把這個案子接下來。
但是，西爾弗曼對鮑林案所作裁決的合理性，得到了其他法庭為另外一些案子所作裁決的印證。在那些案子中，有關的公眾人物也不是政治家。1967年，美國最高法院對沙利文裁決原則作了更加廣泛的解釋。等到1968年春天尼澤最終將鮑林的上訴送到法院的時候，這已經成了明擺著一定要輸的事。在鮑林控告《環球民主黨人》和紐約《每日新聞》的兩宗名譽誹謗案中，沙利文裁決原則也成了他敗訴的一個決定性因素。
《國民評論》用了整整七頁的版面，極盡諷刺挖苦之能事，為讀者再現了案件審理的經過。巴克利的雜誌不僅在鮑林的威脅面前渡過了難關，而且比以前更加神氣活現了。
自此之後，鮑林被沙利文裁決原則解除了武裝，再也沒有提起名譽誹謗的訴訟。
分子矯正療法
鮑林在名譽誹謗案中接二連三地敗訴，為了打官司又耗費了大量的時間、精力和金錢，因此情緒很低落。他決定在科研工作上加把油。
到1966年底，鮑林和愛娃有一半時間是在熱泉路家中度過的，另一半時間則待在大蘇爾牧場新近竣工的漂亮宅第里。在那裡，鮑林處於與世隔絕的狀態，如果頭腦里產生了什麼新的想法，總會有大量的時間去思考。此時，他打算割斷與民主制度研究中心的關係，把時間集中用於理論科學的研究。他就石墨和氮化硼的結構發表了幾篇論文，將重子共振作為金屬間化合物所處的旋轉狀態和電子轉移現象來考察，同時又再次探討了用科學方法解決世界問題的必要性。有幾天時間，他反覆思考著要不要透徹地研究一下自然界不明飛行物現象，將有關問題匯總起來，從目擊者的可信度，一直到星外來客的可能性，作一次全面的分析。
就是從這類想像力的遨遊中，出現了一種具有概括作用的新思想。
這一切都起始於1965年下半年。鮑林拜訪了幾位朋友，其中一位是精神分析家卡梅爾。有一天，還沒有到吃晚飯的時間，他在會客室中想利用時間找一點有趣的材料讀一讀，他的目光落到了一本有關精神分裂症的書上，書名為《精神病學中的煙酸療法》。鑒於自己對用維生素（煙酸是維生素Ｂ中的一種）治療精神病方面的知識很缺乏，因而對這本書發生了興趣。作者是一位加拿大學者阿伯拉姆·霍弗，薩斯喀徹溫省精神病研究所所長。該書總結了霍弗和他的同事漢弗利·奧斯蒙德多年裡進行實驗所得的成果。這些成果似乎清楚地表明，大劑量應用煙酸以及有