6月，鮑林再次向有關方面申領護照，為自己在冬季週遊世界進行準備。這一次，他要求對方用書面形式準確地列出拒發護照的種種理由，因為他希望有足夠的時間申訴。他收到了希普利的答覆，其中羅列了她從聯邦調查局關於鮑林的檔案中抄來的24條指控材料。鮑林和自己的律師認真準備了一份新的證詞，逐一批駁了這些指控。他在給護照處的回覆中隨附了一封信，其中提到：「這些指控……大多數不值一駁。」鮑林認為，只有一條需要認真對待，那就是說他是隱藏著的共產黨員。「我實在難以相信，美利堅合眾國的國務院竟然會捏造出這樣一個罪名，」他寫道。「對於這樣一條指控，只需認真地作一點起碼的調查……就可以準確無誤地表明其中沒有任何真實的內容。」其實，希普利早就清楚這一點。她查閱了聯邦調查局幾份最近寫出的有關鮑林的報告，其中提到，經過兩年的徹底調查，沒有發現確鑿證據可以用來證實布登茲告發鮑林是共產黨員的指控。
10月1日，希普利在審查了鮑林的證詞後，寫了回信：「國務院……根據手頭的證據得出結論：你在第二次世界大戰以後幾年裡的活動，充分表明，長期來你始終如一地奉行共產黨的路線。」鮑林也許不是共產黨員，但與共產黨員相比也差不了多少，因此，他的護照再次遭到拒發。希普利在信中還附上了一張用於上訴的表格。
鮑林井不希望上訴，他不想在由一群陌生人組成的陪審團面前為自己的案子辯護，不想再次像他以前在就業資格審查委員會面前那樣遭人誹謗，接受令人屈辱的審判。幾天之後，他致函國務院稱：「考慮到去年我在與國務院打交道的過程中所遭遇的經歷，我別無他法，只得放棄這次出國的打算。」他在引述上一次申領護照時自己花去的費用和令人心酸的窘境時，這樣寫道：「我感到，我再也經受不起這麼一次經歷了。」他就這樣撤回了自己的申請。
此時，他心裡已有了另一種打算。
通向斯德哥爾摩之路
朗繆爾說過，鮑林「將會贏得諾貝爾獎」，此時，23年過去了。在這段時間裡，鮑林的同事和學生一直在議論，他到底在何時能得到這一科學上最高的榮譽。隨著時間的推移，一些不那麼引人注目的學者相繼成了諾貝爾化學獎得主——其中包括埃德溫·麥克米倫，他曾在加州理工學院作為鮑林的學生進行過研究工作——鮑林卻開始認為，自己永遠不能問鼎這一獎項了。這是一件令人失望和心痛的事。許多人將鮑林視為本世紀最重要的化學家之一；他已年滿53歲，他的許多科學成就似乎早就應當被人承認了。鮑林在心裡安慰著自己，自己之所以未被斯德哥爾摩的評獎委員會看中，原因在於諾貝爾的遺囑中說得很具體，這種獎不適用於批量性的科研成果，只獎給前一年裡作出的單項重大的發現。鮑林的成就就屬於批量性成果，他做的工作稱得上是結構化學的宏偉大業，它是由許多方方面面的成果構成的。「的確是麻煩，」鮑林說。「哪一項成果算是我的單項重大發現呢？」
生物學家森特—哲爾吉①，曾對維生素Ｃ作研究而得到了他本人的諾貝爾獎。1952年底，他致函鮑林說，他打算提名鮑林為1953年諾貝爾化學獎的候選人。「據我所見，您在很久以前就應當得到這一榮譽了，不過，遲得總比不得好。」唯一的問題在於「提名時到底確定哪一個單項發現最合適？」鮑林回信道：「我本人的最主要成果是在1928年到1932年間獲得的，其中涉及到對化學鍵本質和分子結構基本原理的揭示。」為了促成此事，鮑林還寄去了自己生平的簡短介紹，附上了新近擬就的一份長達8頁的科研工作的總結。在這份總結中，他強調了他對鍵軌雜交的發現，有向鍵價的理論以及結構與磁性之間的關係——這一切都有助於他對血紅蛋白、抗生素和蛋白質結構的研究。
①森特—哲吉爾（Albert Szent-Gyyi，1893—），美國生物化學家，生於匈牙利，發現並分離出維生素C（1928），研究維生素C等有機化合物在細胞氧化過程中的作用，獲1937年諾貝爾醫學獎。
但是，1953年11月，在宣布那年的諾貝爾獎獲得者名單時，化學獎得主卻是赫爾曼·斯托廷格。這是一位上了年紀的德國化學家，他對聚合物的研究曾經影響過鮑林本人關於長鏈結構的看法。鮑林儘管有失望之感，但很快就將此置之腦後了。但是，此時又風言四起。第二年夏天，一位來訪的化學家，瑞典科學院院士，告訴鮑林說，斯托廷格之所以被看中，只是因為他比鮑林要大20歲，評獎委員會感到他再也活不到一年了。接著，這位院士向鮑林透露，再過幾個月時間就可望聽到喜訊。瑞典的一個電視採訪組訪問加州理工學院時——據他們說，他們打算對著名科學家作跟蹤採訪——大部分時間都花在鮑林身上。因此，鮑林將要得獎的傳言就日甚一日了。10月，也就在鮑林撤回護照申請的那幾天，加州理工學院收發室交給鮑林一大堆信件，其中都是有關鮑林可望獲獎的消息。
1954年11月初，鮑林動身前往康奈爾大學和普林斯頓大學講學。他儘力設法不去想得獎的事，但心裡卻一直抱著希望。宣布諾貝爾獎得主的時間向來就在11月初，他不久即可知道實際的結果。
11月3日下午，就在鮑林即將開始在康奈爾大學作學術報告前幾分鐘，一位記者通過電話追問到了他的下落。「您對獲得諾貝爾化學獎有什麼感想？」這位記者問。鮑林深深地吸了一口氣，反過來問這位記者：自己獲得的是什麼獎？「化學獎，」記者回答說。「不，獎勵書是怎麼說的？」鮑林想知道，到底是哪項發現使自己獲得了這份榮譽。記者讀了手中的電文：「……鑒於他對化學鍵本質的研究……及其在闡述複雜物質特性時的應用。」鮑林盡情地笑了起來，他告訴這位記者，他為自己能獲得這項桂冠感到非常自豪，然後就放下了手中的電話。
他興奮極了。給他頒發這一獎勵，就是承認他從1928年開始研究化學鍵一直到阿爾法螺旋的發現所得到的每一項成果。諾貝爾獎委員會的官員們破了一項先例，給了他一項終身成就獎。康奈爾大學的教授們紛紛拍著他的後背，向他表示熱烈的祝賀，但是鮑林興奮到了極點，幾乎就沒有察覺。心裡充滿了喜悅，他茫然向教室走去，希望按預定的安排講課——「我興奮得不能自己，連教室的門也看不清楚了，」他後來回憶說——等在教室里的學生和教授們向他祝賀，爆發了一陣經久不息的掌聲。
記者和各方面友好人士從收音機里聽到這一消息後，紛紛來電錶示祝賀。鮑林對《紐約時報》的記者說，他非常珍惜這一榮譽，同時「也非常感謝我的那些非常能幹的合作者所作出的貢獻。我能作為理工學院的一名員工，已有32年時間了，我感到非常幸運，在此進行科學研究，條件極為優越。」作為諾貝爾獎的一名得主，他利用新近得到的這一絕妙講壇，猛烈抨擊政府在奧本海默案中實行的政策。他還給露絲·希普利發去了一條幾乎未加任何掩飾的信息。有人問起，他去斯德哥爾摩出席頒獎典禮，會不會在護照問題上碰到麻煩，他告訴記者說：「我認為不會有什麼困難。納粹德國曾一度為諾貝爾獎得主製造過麻煩，但估計美國不會去步其後塵。」
他的聲音又再次響亮起來了。他又再次沉浸在歡樂之中了。儘管受到記者的追蹤，他仍能按預定的計畫行事。他長途跋涉，到普林斯頓大學開設瓦努克塞姆講座，講解分子結構和生物學特性。在此期間，他還最後一次拜訪了愛因斯坦。其時，這位年邁的物理學家身體衰弱，容易疲勞。不過，與鮑林會見，他的心情非常愉快。看到這位比他年輕的朋友能夠利用新近得到的名聲在奧本海默案中仗義執言，使他更加高興。他們在一起討論了新式超級炸彈的問題。對於原子能科學家緊急委員會的解散，兩個人都呼噓不已；對於美國外交政策的現狀也深表困惑。愛因斯坦對鮑林說：「我一生中犯了一個大錯，就是簽署了致羅斯福總統建議製造原子彈的那封信。」他說，他可以解釋的唯一原因在於，他當時認為德國人也在做這件事。接下來，兩個人都沉默不語。隨後，愛因斯坦又向鮑林敘說了烏克森謝納①一件軼事。此人是門世紀瑞典的一位首相。「烏克森謝納對他的兒子講，」愛因斯坦說，「你一定會感到驚訝，只需略施小技就可以治理這個世界。」鮑林高興地看到，他們兩人仍然在用同樣的方式思考著這個世界。
①烏克森謝納（Court Oxenstierna，1583—1654），曾任瑞典首相，國王古斯塔夫斯二世的密友和顧問。多次受命進行重要的外交談判，後為未成年的女王克里斯蒂娜的攝政，成為瑞典的實際統治者。
5個月以後，愛因斯坦與世長辭。
在宣布鮑林獲得諾貝爾獎的那一天，鮑林以前的一位冒冒失失的學生科耶爾，在麻省理工學院化學系寫了封祝賀信，徵求大家的簽名。他高興地看到，全系的人都在信上籤了宇。