沉默
1953年夏天，加州理工學院傳開了這樣的說法，就是鮑林的新大樓是用人家歸還的債款建造起來的，這筆舊債還是在以前賽馬時欠下的。
生物化學諾曼教會實驗室是具有相當規模的研究設施。這幢大樓將鮑林的化學樓與比德爾的生物實驗室聯繫起來了——這也是他和比德爾制訂的宏大計畫在房產方面的體現。建造這幢大樓的資金是由一位長期擔任加州理工學院董事的有錢人在遺囑中提供的。此人生前的愛好之一是豢養賽馬。杜布里奇經常對人談起一件往事。在30年代，有人指控教會讓馬服用興奮劑以求取勝。教會向他的朋友威利肯打聽，加州理工學院有沒有人能對賽馬進行科學的測試，以便洗清教會的名聲。威利肯推薦了鮑林。根據杜布里奇的說法，鮑林想出了一種能夠測定教會飼養的良種馬是否服用過藥物的辦法，測試的結果證明這些賽馬都是清白的。「諾曼教會一直沒有忘記這件事，」杜布里奇說。「教會終於擺脫了麻煩，同時也算欠了威利肯和鮑林一筆人情債。」這筆債一直到二十年以後才歸還，據說是總數為150萬美元的遺贈，被用於建造鮑林這幢新大樓。
這是一筆數額巨大的資金，但要完全造好鮑林想要的大樓，仍然有很大的缺口。在鮑林的心目中，教會實驗室象徵著化學的未來，預示這門古老的學科將要驅動新型生物學未來的發展。在他的設想中，這將是一幢氣勢宏偉的五層大廈，一座用於基礎科學研究的殿堂。它應當是全校最大的建築。實驗室有兩層設立在地下，三層建築在地面上。一排排明亮寬敞的實驗室，裡面裝置了各種各樣的現代化設備，同時為生物學研究和化學研究提供均等的服務。
它應當是一幢大建築。鮑林實在太需要寬敞的地方了，比德爾也有同樣的需要。由於戰後科研資金急劇增加，加州理工學院這兩個系的員工數在不到五年的時間裡增加了50％。鮑林的富有創新精神的科研項目吸引了好幾十名博士後研究者，每一個人都要有實驗室和研究的場所。原先的蓋茨實驗室和克萊林實驗室中絕大部分都是供他們使用的，其他專業的教職工已開始抱怨，一些不屬於化學的項目，如坎貝爾的免疫學課題，已被擠得無處安身了。
因此，鮑林設計的實驗室大樓，要比教會這筆遺贈足夠支付的建築大一倍——這就與校長杜布里奇的意願相左了。杜布里奇爭辯說，鮑林和比德爾應當量力而行。建造這幢大樓的外殼就用光了這一筆150萬美元的資金。50年代初，鮑林開始籌集同樣數目的資金，將大樓建成，還要支付室內裝修和運行所需的費用。然而談何容易，早在兩年以前，他和比德爾就曾向各個財團募集建造醫療化學實驗室的資金，遭到各大基金會的拒絕。在那個年代，聯邦政府也不可能撥款建設重大的資金項目。
只剩下一個地方可以碰碰運氣了，儘管希望也非常渺茫。在1953年初夏的一段時間裡，鮑林和比德爾一起，整理出一份長達100頁的書面申請，要求洛克菲勒基金會提供一筆為數150萬美元的額外資助，用來支付教會實驗室最後一期建設的開支和十年以上實驗室的運行費用。在許多方面，這是對他們在1945年制訂的宏大規劃的一次重申。而且，他們現在又進一步擴充了這一計畫，列入了分子生物學中15個探索領域裡的合作研究項目——從蛋白質結構到病毒的特性，從酶化學到實驗性植物生態學，從一般生理學到碳酸化學的會戰攻關，可謂是包羅萬象，雄心勃勃。這真可謂是奮力一擊——鮑林從與韋弗的交談中已經得知，洛克菲勒基金會不再考慮向這麼大的科學項目提供資助——但是，鮑林仍然想碰碰運氣。他剛剛在蛋白質結構方面取得成果，這不但對他本人，而且對韋弗，同樣都是重要的勝利。因此，他一定要為自己的要求掃清道路。1953年7月，鮑林的要求被轉達給韋弗，大家都屏息靜候到底會有怎樣的結果。
為了最終建成教會實驗室，鮑林付出了自己的全副精力。這倒有助於他迅速地擺脫困敗在沃森和克里克手下而產生的那種鑽心的痛苦。
話雖這麼說，這次DNA問題上的經歷畢竟還是改變了他從事科學活動的軌道。其中影響最大的是，從此時開始，他失去了對求解巨分子結構的熱情。雖然他仍安排了部分人員繼續研究一種球狀蛋白質的完整結構，更加關注蛋白質聚合成較大結構的途徑，繼續擺弄著膠原蛋白的一種新模型——他對同事開玩笑說，他的隨機方法對每一種結構只能作出一種猜測，但在膠原蛋白的情況下，他和科里都有資格作出各自的猜測——但是這些研究項目都已進入了收尾的階段；而且是由於慣性才繼續進行的。鮑林著實有點心灰意懶了。
科研上沒有重大的項目要考慮，鮑林只能在一些雜務瑣事上零敲碎打地忙忙碌碌了。他正在組織一次由蛋白質專家參加的國際性會議，時間定於1953年秋季，地點在帕薩迪納。他寫了幾篇綜述性文章，同時還完成了對《普通化學》的修訂。事實表明，該書第二版比以前編寫得更出色。他還為《不列顛百科全書》的新版化學卷撰寫了幾個條目——從孩提時代起他就迷上了這部巨作，因此，能為這部書出力對他來說是一件深感榮幸的樂事。
在這段時間裡，他在科學工作上有重要意義的唯一新成果是他關於鐵磁性新理論所發表的文章。該文發表在接近年中一期的《國家科學院學報》上。磁性理論是他在俄勒岡上大學時就感興趣的課題之一。當時，他曾花費一個暑假的時間，試圖對一本陳舊的化學手冊中介紹的幾種元素的磁性作出自己的解釋。從一種構思巧妙的基本原理出發，運用他的新理論，就能說明許多實際觀測到的現象，因此，他認為這是一項重要的成果。
然而，這篇文章刊出後，似乎並未引起人們多大的注意。幾個星期過去了，鮑林仍然不見有什麼反應，困惑之中，他提筆給斯萊特寫了一封信，問他有什麼看法。在他收到的回信中，對方言辭顯露出少有的直率。這一新的研究「極為粗糙」，斯萊特寫道。「這與我對您撰寫的許多論文的意見是一致的。我認為，這類犯了簡單化毛病的理論是十分有害的，因為它們容易誤導敏感性較差的讀者，以為問題好像已經完全解決了，但在實際上，我認為我們在解決這個問題的道路上很難說已經開了一個頭。」唉，鮑林心裡想，斯萊特這個人向來就是一個數字迷，解答問題不精確到小數點後第十位，他是不會善罷甘休的，因此，他的麻煩就在於看不清大方向。
但是，斯萊特的看法是很有根據的。在此之前十年，鮑林發表了他的免疫學理論，有人曾想提出這樣的批評，只是許多科學家還不敢這樣做。
而如今，在公眾的心目中，鮑林在DNA問題上所犯的錯誤已記錄在案，他不再是不會出錯的聖賢了。
在蛋白質和DNA問題上這一段令人激動的歲月里，埃德加·小胡佛一直在嚴密地監視鮑林，等待著他犯錯誤，以便將他作為共產黨人揭開他披在身上的外衣。1953年夏季，鮑林像往常一樣，經過一番周折和拖延，最終因國務院否定了露絲·希普利的意見而領到了護照，又一次踏上了去歐洲的行程。胡佛警告中央情報局、陸軍和海軍情報機關、原子能委員會和國務院安全辦公室，說這位信口雌黃的化學家將會在世界舞台上無所顧忌地亂說。因此，在鮑林拜訪居里夫人的女兒、本人也是諾貝爾物理學獎得主的伊倫·約里奧一居里的時候，他一直受到特工的監視。鮑林得知，伊倫由於受到過共產主義的教育，因而被剝奪了擔任美國化學學會外籍會員的資格。鮑林為此感到很惱火，認為這是對一位偉大的法國科學家的輕視，同時也是一個令人心寒的信號，表明現在政治也要在一向被認為超越政治的科學社團中發揮某種作用了。鮑林開始對美國化學學會產生了厭惡之感，考慮是否要從這一組織中退出。
7月，鮑林在斯德哥爾摩出席了純粹和應用化學國際代表大會。他的每一步行動都有人跟蹤。在那裡，胡佛認為自己抓到了一點把柄：有人報告說，一個名叫拉斯·西倫的瑞典化學教師，強烈主張建立世界統一政府，邀請鮑林和俄國的一些代表參加了在他家裡舉行的宴會，誰曉得他們在私下裡傳送了什麼情報？胡佛迅速地通知了美國司法部刑事處，同時還附上了布登茲聲言鮑林是美國共產黨黨員的陳述。他在信中建議道：「上述材料供你們參考，請考慮是不是對此人拒絕承認自己是共產黨員一事提出起訴。」
經過一定的考慮，司法部認定，與俄國科學家交杯祝酒，構成不了共產黨員身份的證據。由於缺乏其他證據，這位司法部長就把這一案子擱起來了。
9月，鮑林回到帕薩迪納，開始為國際蛋白質研討會作最後準備。這一領域的知名人士都答應參加。鮑林個人的魅力，加利福尼亞的陽光，他在過去三年里取得的顯赫成就，這幾個因素綜合在一起，使這次會議成了令人振奮的一大喜事。
鮑林使大家確信，這次會議的開法將截然不同於英國皇家學會的那次會議，對