氫彈的出現似乎只是更加激勵了鮑林。關於氫彈的巨大破壞力的公眾討論使人們對美蘇之間瘋狂的軍備競賽增添了新的憂慮，因而願意傾聽鮑林關於和平和國際合作的人又多了起來。1950年2月13日，鮑林在座無虛席的卡內基大廳里作了一次報告，呼籲與蘇聯進行談判，建議國會向國家自然科學基金撥款幾百萬美元用於研究戰爭的起因和預防措施，這是他所作的最精彩的政治報告之一。「討論原子戰爭問題時，不應被諸如共產主義與資本主義誰勝誰負的問題所迷惑」，他說，「原子戰爭將殺死每一個人，不管他是左派、右派還是中間派。」他用有力的聲音告誡台下的幾千名積極分子：「我們的世界已經最終來到了一個需要迅速作出決斷的緊要關頭，這一決斷將關係到人類走向光輝的未來，還是走向死亡和文明的徹底毀滅。」報告結束，他注視著台下的聽眾，全場響起暴風雨般的掌聲。終究，他並不孤立。
1950年的整個春季，他不斷地就軍備競賽、和平的必要性、氫彈及其給世界帶來的後果等問題一場接著一場地作報告，在每次報告結束時，總要呼籲與蘇聯談判，呼籲建立世界政府。
鮑林的每次報告都有人監聽，這些人包括反共報紙的記者，加州非美活動調查委員會（此時仍被稱為特尼委員會，儘管特尼的主席職位已由另一個同樣狂熱的反共議員接替〕的情報人員以及聯邦調查局的特工。是年2月，海軍情報機構將一封匿名信——也許是鮑林的某個鄰居所寫——轉到了聯邦調查局，寫信者說他親眼看到「一台功率強大的無線電設備」裝在鮑林家車庫的一面牆上。「也許需要對這些教授進行一點秘密調查，」告密者這樣建議。這封告密信又引起了聯邦調查局對鮑林的興趣。雖然後來查實所謂的！司諜裝置不過是鮑林兒子的一台業餘無線電設備，聯邦調查局還是決定對鮑林重新進行審查。5月18日，鮑林在由帕薩迪納無黨派人士和平委員會組織的小型報告會上作了一次報告，右翼雜誌《警惕》的一名記者馬上給聯邦調查局洛杉磯辦事處寫了一份備忘錄，指控鮑林在講話中「詳盡介紹了原子彈的製造過程，隨後還描述了氫彈是如何製造出來的」。這使胡佛對鮑林的講話產生了極大的疑問。他指派一名特工人員到理工學院鮑林的辦公室進行盤問，追查情報來源。鮑林實事求是地作了回答：他閱讀了很多公開發表的文件和科學報告，然後自己推斷出了一些結論。隨後胡佛建議原子能委員會審查鮑林是否已經違反國家安全法。該委員會專家審查了鮑林的講話記錄，結果沒有發現什麼有價值的情報。他們告知胡佛，講話中的技術估計非常粗略，夠不上違反安全條例的行為。
反共狂熱症
雖然聯邦調查局沒能抓住鮑林的把柄，但他們決定對鮑林的密友下手了。曾當過鮑林科研助手達15年之久的西德尼·懷恩巴姆是一個共產黨員。鮑林在20年代後期聘用他進行晶體結構中涉及到的複雜的數學計算。他精於此道，以至後來獲得了「精密的人工計算機」這一美譽。此外，他也是一個充滿生活情趣的人。他彈得一手好鋼琴，還兩次獲得洛杉磯地區國際象棋冠軍。他在鮑林手下工作得很愉快，認真仔細地為鮑林的研究專著補充各種數學推導。鮑林對他很友好，以一種老闆對待僱員的方式不時邀請他和夫人到家裡參加聚會。然而按照懷恩巴姆的說法，他們從不談政治。
後來的事實說明他們當時沒有談論政治倒是一件幸事。懷恩巴姆的父親是在俄國革命時期逃離俄國的猶太人，他本人在30年代成為一個左翼激進分子並參加了加州理工學院的「共產黨俱樂部」，在那裡經常與其他學生和青年教授談論政治。1941年，他退出了這個組織。兩年以後，他又離開鮑林的實驗室到航空工業工作。戰爭結束後，他在加州理工學院的噴氣動力實驗室覓得一職。
1949年，懷恩巴姆的歷史問題開始帶來麻煩。從大戰開始以來，他一直持有參與保密研究的許可證。現在由於發現他在青年時期與可疑組織有關係，他的機密工作許可證被吊銷，噴氣動力實驗室也立即將他解僱。鮑林為了幫助他，就將他要回自己的實驗室做一些非機密性工作，而同時理工學院將此案件上訴到軍事複審機關。懷恩巴姆在作證時否認自己是共產黨員，但聯邦調查局掌握了確鑿的證據。為了破獲理工學院的間諜組織，他們要挾懷思巴姆提供同夥的名字。懷思巴姆拒絕這樣做，於是他在1950年春季以偽證罪被逮捕。。
這個案子在南加州引起了一陣小小的轟動。儘管最終未發現任何間諜活動的證據，但由於懷恩巴姆在絕密的噴氣動力實驗室工作過，因此他是南加州揭露出來的最接近於共產黨間諜的人物。他的案子幾乎每天都出現在當地報紙的新聞標題中。
在取保候審期間，懷恩巴姆向鮑林求助。鮑林記得懷恩巴姆當時因為沒有錢供養妻子女兒而「憂心如焚」。他告訴鮑林，他的妻子萊娜（鮑林夫婦了解她是一個易於激動的女人）快要急瘋了。鮑林答應為他籌集聘請律師的費用，並立即與其他教師一起籌措一項法律訴訟基金。
在理工學院校董會內那些極端保守的董事們眼裡，懷恩巴姆與鮑林的聯繫是說明鮑林是共產黨員的有力證據。他們找到了杜布里奇，堅持要他對鮑林採取必要措施，以免報上的不利輿論進一步損害學校的名聲。「當時學校里的情況是一些人對共產黨的憎恨達到了幾乎狂熱的程度，」曾經當過校董的貝克曼這樣回憶說，「萊納斯的行為使他們感到非常不滿，特別當萊納斯的親密朋友懷恩巴姆被指控並確認為共產黨員後，這種不滿情緒更加高漲。很多人認為萊納斯是共產黨員。而萊納斯是一個具有獨立品格的人，他根本不做任何事情去平息他們的不滿情緒。」佩奇和杜布里奇繼續勸校董們保持耐心和平和，等待進一步的證據。杜布里奇向校董會保證，如果事實證明理工學院的某個教師是共產黨員，他就立即將他開除。他說，共產黨員必須受到紀律制裁，因為他們不可能將真理教給學生。然而現在尚無證據證明鮑林是共產黨員。這件事使校董會分裂成兩派，一派主張馬上開除鮑林，另一派主張再等一等。貝克曼回憶說，「就我所知，這是校董會內意見對立最為尖銳的一個問題。」
不管出現哪種情況，對杜布里奇都是一個災難。一方面，鮑林的最新研究成果，特別是他對鐮狀血紅蛋白的研究成果以及他關於分子病理學的整體構想，使他在科學界的地位達到了新的高峰，連帶著也提高了加州理工學院的地位。開除一個資歷淺的教師是一回事，而出於政治原因開除一個像鮑林這樣有著崇高學術地位的科學家完全是另一回事，這在美國尚無先例；如果這樣做，勢必會在國際科學界激起強烈批評的浪潮。然而另一方面，如果一點措施也不採取，那麼就會激怒一些地位顯赫的校董，並造成杜布里奇對付共產黨軟弱無能的印象。他以等待懷恩巴姆案件的審訊結果以便獲取鮑林是共產黨的確切證據為由拖延時間，並儘力平息校董們的不滿情緒。審訊持續了整個春季，結果沒有發現鮑林是共產黨員的任何證據。
隨後於1950年6月25日，共產黨北朝鮮向南方推進，懷恩巴姆案件就此退出了報紙頭版。兩天之後，杜魯門宣布美國將派遣軍隊擊退共產黨的進攻，由此引發了新一輪的反共浪潮，冷戰也變成了熱戰。這可不是對叛徒嫌疑分子講究溫情的時候。
就在杜魯門出兵朝鮮後兩天，理工學院校董會秘密決定成立一個委員會以「調查鮑林博士在學校的工作是否有損於學校以及是否需要終止對他的聘用，並向校董會提出相應報告」。杜布里奇擔心，由於這個委員會全部由企業界人士組成，會被人認為具有片面性，因此又成立了一個平行的由教授組成的委員會，並獨立地提出一份報告。所有這些工作均在秘密狀態下限時完成。杜布里奇希望通過這種方式靜悄悄地把這件懸案了結。這是加州理工學院歷史上第一次進行的校內政治審查。
同一天，一個秘密小組聚集在華盛頓一間毫無特徵的屋子裡。他們面前坐著一個臉色蒼白，神情緊張，身著一套黑色西裝的白髮人。他是拿聯邦調查局薪俸的密探，名叫路易斯·布登茲。他是來告密的。
布登茲以前是共產黨員和《工人日報》的執行編輯。他因揭發昔日的同志而早已聞名全國，並掙了不少錢。自從他在1946年向眾議院非美活動調查委員會敞開心扉後，聯邦調查局向他進行了三千個小時的「諮詢」。接著布登茲開始了他的「我是前共產黨員」巡迴演講，並開始著書揭露內部的赤色恐怖。這種生活相當不錯，不過需要他不時公開一些新的內幕。布登茲和許多瘋狂反共的人一樣，習慣於過激的言論。他在《沒有臉的人》一書中聲稱知道在美國社會高層的四百個「隱蔽的共產黨人」。他在1950年6月到華盛頓的目的就是向秘密小組提供這四百個人的名單。在羅列了他所知道的所有貨真價實的共產黨員之後，他開始列舉那些他覺得可能是共產黨員的人。其中的一個人的名字是萊納斯·鮑林。