日本人之友
在整個戰爭年代，鮑林在與家人短暫相處以外的時間裡，唯一關心的事情總是科學。但是，戰爭結束之後，鮑林的經濟條件得到改善，學術地位達到巔峰，他開始有暇他顧，此時愛娃·海倫對他的影響開始表現出來了。
愛娃在戰爭期間的活動逐步帶上了政治的色彩。珍珠港事件後，她驚恐不安地看到一股反日歇斯底里籠罩著加里福尼亞。她從報上看到那些日裔美國人家庭遭到威脅，住房窗戶被砸碎，牆上塗滿了侮辱性語句，他們的孩子遭人唾棄。美國政府計畫將沿海地區的日籍公民和日裔美國人統統趕到建於海島上的集中營去，儘管沒有任何證據說明這些人是日本間諜或幹了什麼壞事。愛娃認為，政府的這種政策是徹頭徹尾的種族主義。這件事成了鮑林家飯桌上的中心議題。愛娃告訴孩子們，一個國家的政府在戰爭期間可以變得怎樣的殘酷無情。鮑林開始時對此毫無興趣。愛娃回憶說：「他太忙，根本不知道周圍事態發展的情況。」然而愛娃的執著和激情終於感染了鮑林，他很快也認清了美國政策的實質。美國政府說，這樣做的目的是保護敏感地區免受日本人的破壞，同時也為了保護那些忠於美國政府的日裔美國人免受憤怒的白人鄰居的傷害。然而鮑林和愛娃一樣，認為政府的這種做法完全是因為日本人的不同膚色。愛娃說：「在美國竟會發生這樣完全違反憲法的事情，真叫人難以置信。」
愛娃全身心投入了反對拘留令的運動。她志願參加當地的美國公民自由協會，列印信函，分發郵件，鼓動親友，努力提高公眾覺悟。但她的努力於事無補，到1942年，拘留令終於正式頒布實施。西海岸地區的日裔美國人被集中遣送到了海島上的集中營。
使鮑林親身感受到事態嚴重性的是他的一個名叫池田的日裔美籍研究生的遭遇。池田參與了鮑林的免疫學研究，是製造人工抗原的專家，也是鮑林實驗室里最有才幹的人之一。他不願到鐵絲網後面的營房裡消磨歲月，於是請求鮑林幫助他離開沿海禁區以繼續自己的工作和學業。1942年整整一年，鮑林到處聯繫，幫助池田在東部謀取一個職位。「池田是一個討人喜歡的青年，完全像一個地道的美國人，」鮑林在給哥倫比亞一個同事的推薦信中這樣寫道，「如同相信任何一個在美國出生的日本人一樣，我對他的忠誠毫不懷疑。」由於美國當時與日本處於交戰狀態，要找到一個願意接納池田的學校難上加難。然而最終他還是為池田在東海岸覓得一個職位，使他免受拘留厄運。但鮑林為此付出了代價：他必需用加州理工學院的經費支付這個年輕人的工資。
鮑林評判人的標準是看他的知識和能力，而不是他的膚色。因此當他看到種族歧視的表現，特別是看到政府也在推行這種政策時，就特別感到不安。然而，儘管妻子愛娃在戰爭期間志願為美國公民自由協會積極工作，他自己一直專註於科學研究，但是在1945年3月，為了照顧一個日裔美籍人，他家竟然遭到了一次報復行動的襲擊，此後鮑林的態度就開始發生了變化。當時公民自由協會洛杉磯分會詢問愛娃，她是否能為一個剛從集中營獲釋、並應徵赴歇爾貝軍營人伍的日裔美國人提供幾天短期的工作，愛娃表示樂於提供幫助，讓那個人來家中當兩天園丁。於是這個靦腆的日裔青年懷著感激之情來到梅德爾山的鮑林宅第，在院子里做些修剪和清潔工作。他只呆了星期五和星期六兩天，隨後便去了軍營。
哪知星期一的早晨就出了事。鮑林14歲的兒子彼德跑進屋子，氣喘吁吁地對著父母大聲喊叫：「你們快出去看呀，車庫被人塗得一塌糊塗！」鮑林出去一看，簡直不能相信眼前的一切，有人在車庫門上塗抹了這樣的大字：「美國人該死，我們愛日本人，日本人在這裡做工。鮑林。」上方胡亂畫著一面日本旗，還在郵箱上塗寫了「日本人」三字。
鮑林迅速查看了現場，馬上打電話報警，並通知了新聞記者。他對記者說：「我不知道誰幹了這種有失美國人體面的事情。然而，我懷疑有些心術不正的人認為美國公民也應該遭受迫害，就像德國猶太人遭受納粹迫害一樣。我想這次醜行就是這類人乾的。」
報紙刊出鮑林將帕薩迪納入比作納粹的報道後，鮑林家就開始不斷接到恐嚇信和恐嚇電話，威脅他們「立刻趕走那個日本人」。鮑林一概不予理睬。不久，一封列印得十分粗劣的簡訊寄到了鮑林的辦公室：「除非你立即趕走那個日本人，我們將燒掉你的房屋，擺平你的身子！……日本人殺死了我的父親，真可惜他們沒有強姦你的親人。假如你膽敢將此事在報上大肆宣揚，我們將馬上收拾你廣信的末尾署名「一個鄰居」。
鮑林其時正準備去首都華盛頓進行一次例行訪問。愛娃得知這封恐嚇信後，認為不能在他離家期間毫不設防，於是打電話給當地治安官員尋求保護。接電話的官員卻這樣回答：「呢，關於這件事，這是你們僱傭了日本人的結果。」
愛娃感到震怒，她立即打電話給美國公民自由協會的朋友們商議對策。迫於律師的壓力，治安部門給鮑林家派了一名武裝崗哨，並保證將那封恐嚇信送交聯邦調查局進行調查。就在鮑林準備離家的時候，調查局派來了特工人員。他們向盛怒之中的愛娃查問她覺得誰可能寫了這封恐嚇信。愛娃向他們發表了一通義憤填膺的長篇講話，控訴政府的拘留營政策及其對公民自由造成的威脅。特工們耐心地聽著，並記下了她的結論性意見：「整個法制體系相當脆弱。」而輪到鮑林說話時，他則冷靜地列出了那些可能知道他家僱傭了一個日本園丁的人的名字。
此後沒有發生更多的事。兩周後，武裝崗哨被撤除了。聯邦調查局一直未能查出恐嚇信的作者，而且警察局也未徹底調查污損鮑林家車庫的肇事者。
儘管事情這樣過去了，但其影響十分深遠。鮑林在東部逗留期間，整天為自己妻兒的安全擔心。派武裝崗哨站在家門口值勤，這在美國是極不尋常的一種做法；當地治安官員的反應更是使人氣餒。鮑林從小受到的教育是要相信政府官員會採取正確的行為，而現實卻是必須由律師出場才能維護法律。此外，鮑林還學到了重要的一課：通過像美國公民自由協會這樣的志願者組織在外部施加壓力，是能夠干成一些事的。
最重要的一點是，如果說，他過去還認為愛娃的政治活動有一點走極端，那麼現在事實證明並非如此。那些出於狹隘和偏見對他家進行威脅的人才是真正的極端分子。
用後來通行的一個術語來說，這是一次使鮑林「激進化」的經歷。而且，這僅僅是開始。
兒童十字軍
五個月以後，隨著廣島和長崎被原子彈所毀，鮑林的社會正義感更加提高了一步。鮑林對原子彈的出現從兩個方面感到興趣。開始時，他急於了解原子彈爆炸的物理和力學原理。他通過閱讀一般性的介紹文章和一份非正式的名為《用于軍事目的的原子能》的政府報告，再利用自己的直覺，終於弄清了有關原理。他驚訝地發現，原子彈相對說來是很簡單的，至少在理論上是如此。』
當時很多美國人像鮑林一樣渴望了解原子彈的技術原理。作為一種比過去的任何武器都要強大幾百倍的新式武器，原子彈也點燃了公眾興趣的火球。每個人都想了解科學家是怎樣把它製造出來的。廣島爆炸後的幾個星期，一個了解鮑林興趣的人邀請他去扶輪社的午餐會上作一次關於原子彈的科普講座，要求他用外國人也能聽懂的語言解釋原子彈的爆炸機理。鮑林既不是原子物理學家，又不是實際參加曼哈頓計畫的眾多工作人員之一，因此他對自已被邀請作這方面的報告有點驚訝，但是他覺得自己有足夠的知識作好這件事。除了他過去作過的美國現狀系列講座外，他還很少面對非科技工作者作過演講。他覺得最好要帶一些教具。
鮑林將一隻木球鋸成兩半，並挖成空心，然後用力把它們拍到一起，發生很大的聲響。這個教具管用！報告時，鮑林藉助黑板圖文並茂地解釋核裂變的過程。諸如鈾、釒不這樣一些不穩定的大原子的核裡面含有大量的質子和中子。這些不穩定的原子遭到中子轟擊時就會發生分裂，同時釋放出巨大能量，並使更多的中子解脫出來。這些解脫出來的中子又使更多的原子發生分裂，從而形成了連鎖反應。鮑林告訴聽眾，如果能夠控制反應進程，減緩反應速度，那末原子能產生的巨大熱量就可用於驅動燃汽輪機。這就是廉價而取之不盡的原子能的理論基礎。
如果反應進行得很快而又不受控制，其結果就是一枚炸彈。炸彈的中心是幾磅鈾或釒不的某種同位素，做成空心球的形狀，就像他帶來的木球模型一樣。關鍵技術是如何起動核的連鎖裂變，使得幾乎所有的原子核同時分裂。而曼哈頓計畫的工程師們成功地解決了這個問題。他們圍繞炸彈的中心部位放置了常規炸藥，炸藥點燃後，就從各個方向快速地壓縮中間的空心球。鮑林把帶來的兩個木質半球用力地拍打在一起，連鎖反應就此起動，巨大的能量一下子釋放出來——轟！