明軍殺入城中，如收割稻草一般，所有試圖阻擋的天佑兵，包括兩百名建虜旗丁，都被砍倒在地。
進城只不過用了半個小時，但其後的搜捕殘敵，卻是持續了兩個小時。城中濃煙滾滾，到處是喊殺，街道巷路中，到處都是倒斃的屍體。
眼見無路可逃，跟在尚可喜身邊的許爾顯惶恐的都快要哭了，尚可喜咬著牙，披頭散髮的怒斥他道：「哭什麼，我們還未必死呢，走，去保安寺！」
……
「報，兩百個建虜全部被我軍斬殺，鑲白旗參政薩必圖走投無路，於城北的一處院子里自盡，尚可喜的家人都已經被我們抓到，但唯獨不見尚可喜本人和其長子尚之信。」
「什麼？沒有找到尚可喜？找，就是挖地三尺，也要把他給我找出來！」
信兵來報，說沒有抓到尚可喜，吳三桂聽罷大怒，尚可喜可是此戰的最大目標，豈能不獲？在四門都被封鎖，難以逃生的情況下，尚可喜絕對還在城中。
於是，明軍在城中再一次展開大規模的搜捕，其中尚可喜的王爺府是重點，同時，對俘獲的尚可喜的家人和親兵嚴刑拷打，終於，有人頂不住了，說尚可喜
躲在城中的保安寺。
於是明軍直撲保安寺，團團包圍，而不等明軍盤問，寺中方丈就指出了尚可喜隱藏的枯井——這座寺廟原本荒廢，尚可喜被建虜封為智順王，到海州後，出資重修了寺院，自以為自己是寺院的大恩人，又和方丈關係良好，他以為躲在寺中就可以逃過此劫。但明軍入城，不要說方丈，就是佛祖也保佑不了他了。
明軍點燃枯草，往井中投去。
劇烈的濃煙嗆的井中人受不了，一個接一個的爬出，隨即一個接一個的被綁的結結實實。
除了尚可喜，其子尚之信，親信許爾顯之外，還有五六個親兵，全部為明軍擒獲。
吳三桂馬科張家玉張名振親到保安寺，親眼目睹了尚可喜被擒的整個經過。
尚可喜崇禎七年投降建虜，到今日剛九年，雖然他留起了辮子，但遼東軍中仍有人認識他，又綁來城中俘虜確認，最後確定，就是尚可喜本人，如假包換。
「要殺便殺，給老子一個痛快！」
尚可喜，尚之信連同許爾顯三人被押到吳三桂面前，尚之信和許爾顯都跪下了，但尚可喜卻不跪，他瞪著兇狠的眼睛，仍然在激烈反抗——尚可喜天生一副兇相，高顴骨，深眼窩，腮上無肉，三棱眼，身材雖然不高，但非常壯實，往那裡一站，不說話，只兇狠的眼神，就能把膽小之人嚇出一身冷汗。
但吳三桂等人，豈能被他嚇倒？就是吳三桂麾下的親兵，也不會被他嚇倒，見尚可喜不跪，兩個親兵一人一腳，狠狠踹在尚可喜的後膝蓋，尚可喜疼叫一聲，不得不跪倒。
「尚可喜，當年你殘害忠義，背叛朝廷，背棄你的列祖列宗，投靠建虜韃子，屠戮我漢家百姓，甘當建虜的漢奸走狗時，你可曾想到過，你也會有今日！」吳三桂盯著尚可喜，一臉怒意，在大明將士心中，投降建虜的三順王，都是十惡不赦之輩，比建虜還要可惡，若非是留著尚可喜的性命，將他送回京師請功，吳三桂早就拔出長刀，手刃此賊了。
尚可喜抬起頭，沖著吳三桂哈哈獰笑道：「吳三桂，成王敗寇，老子不怨你，但你也不要得意，早晚有一天，你也會是我今日的下場！就算大清殺不了你，你頭上的那些文官督撫，也不會放過你！」
吳三桂身後的部將都是大怒，吳三桂卻不怒，他冷冷盯著尚可喜：「都死到臨頭了，還想著挑撥離間，你以為天下人都和你尚可喜一樣，是無父無君，奴顏婢膝，認賊作父，狼心狗肺的豺狼之輩嗎？」
「哈哈~~」
尚可喜仰天大笑：「罵的好，罵的好啊！」
忽然收住笑容，狠狠地瞪著吳三桂：「你吳三桂可知道，我父尚學禮是怎麼死的？我兄尚可進又是怎麼死的？還有我尚家一百三十餘口，當年又是怎麼死的嗎？」
尚可喜一連三問，眼睛冒火，額頭上的青筋一根根地都凸顯了出來。
吳三桂沉默。
他當然知道，尚可喜之父尚學禮，其兄尚可進，都是大明將領，都為大明浴血，死在建虜刀下，至於尚家一百三十餘口，則是崇禎六年，建虜攻破旅順，尚可喜留在旅順的妻妾及家眷侍婢數百口，為免被建虜凌|辱，全部投水而死。
這樣的人，和建虜有血海深仇，無論從哪一個方面講，都不應該投降建虜。
但尚可喜偏偏就投降了。
「天下人都罵老子，說老子背叛了朝廷，叛離了東江，是漢奸走狗，可凡此種種。是老子我願意的嗎？」尚可喜忽然歇斯底里的叫了起來：「我尚可喜和建虜有血海深仇，當年我立誓要殺盡所有建虜，對朝廷，我也從來是忠心耿耿，可朝廷是怎麼對我的？黃龍總鎮在時，尚能公正對我，等黃總鎮戰死，朝廷完全對我不管不顧，我平定皮島之亂，立有功勛，但朝廷不用我，反倒用無功無能、倚老賣老的沈世魁為皮島總兵，只因為他和文官商人親近，是毛大帥的親家嗎？」
毛大帥，即毛文龍。
「誰都知道沈世魁與我有仇，用沈世魁，豈不是要置我於死地？」
「沈世魁一意謀害我，我上疏辯解，朝廷卻不肯相信，我死也就罷了，我手下的兄弟豈非要跟著我一起死？」
「刀都架到脖子上了，老子不叛，難道還要等人頭落地嗎？」
「老子現在是賊，但老子並不天生就是賊，老子只所以反叛，都是被沈世魁和那些不幹人事的文官逼的！」
「別人罵我也就罷了，你吳三桂有什麼資格？松山之戰，要不是你膽小怯弱，跟著王朴逃跑，明軍又豈會大敗？」
尚可喜狂喊大叫，聲嘶力竭。
在場的明軍眾將，聽的都是色變。尤其吳三桂，尚可喜最後一句話，捅到了他的痛處。
「住口！」
一人忽然站了出來，對尚可喜怒目而視。
卻是參贊張家玉。
張家玉怒道：「尚可喜，你都死到臨頭了，卻依然不知道悔改，就算沈世魁對你不公，你可以上疏辯解，辯解不成，你大可以領兵自去，為什麼要投降建虜？投降建虜也就罷了，為什麼還要殺害不願投降的部將，又為什麼還要擄掠皮島周圍，十幾個大小島嶼上的百姓，斷了我大明在海上的根？人面獸心，無父無君，無骨無氣的無恥之徒！今日猶敢在這裡大言不慚，可知善惡終有報，天道好輪迴？尚可喜，你的父兄，你尚家一百三十口，那些屈死在建虜刀下的亡靈，都正在天上看著你呢，你的所作所為，都已經成為你尚家永世洗不掉的恥辱，罪大惡極，惡貫滿盈之時，你又有何臉目去見他們，還有你尚家的列祖列宗？」
張家玉兩榜進士，罵人的水平可比一干武將要利害多了，尚可喜瞪著眼：「你你你……」一時卻也說不出話來。
吳三桂等人微微鬆口氣，若沒有張家玉，說不定他們還真就被尚可喜的狂言壓住氣勢了。
「押下去，嚴密看管，連這狗賊和他的家人，一起送往蓋州！」
吳三桂下令。
尚可喜是建虜封賜的三順王之一，在遼東名氣極大，民憤也極大，當然不能這麼直接就殺了，而是要現俘闕下，交給朝廷處置，最後的結果，必然是尚可喜連同他的家人子弟，都被千刀萬剮，以儆效尤，並震懾遼東的那些叛賊。
「吳三桂，你不要聽文人的話，不然你遲早……」尚可喜仍然在咆哮，不過很快他就喊不出了，因為明兵用臟布團狠狠堵上了他的嘴。
和尚可喜的剛硬相比，其子尚之信和親信許爾顯就懦弱多了，他們兩人跪在地上，連連求饒，但吳三桂看都不看他們兩人，一擺手，示意同尚可喜一同押下，至於跟隨尚可喜的五六個親兵，在吳三桂審理尚可喜的中間，就已經被押到旁邊，成排跪下，行刑的小隊長一揮手，長刀落下，將他們全部斬為兩截。
不止尚可喜身邊的親信，所有跟隨尚可喜，在城戰中負隅頑抗的天佑兵，連同他們的家屬，都被關寧軍全部屠戮，海州城一共有五六萬的居民，其中大部分都是天佑兵即其家眷，在明軍的怒火之下，十不存一，進入夜晚之後，海州城濃煙滾滾，火光衝天，嚎哭慘叫之聲，徹夜不斷，等到凌晨時分，明軍從海州撤退時，海州城已經是變成了一座廢墟……
當日黃昏，從瀋陽而來的鑲藍旗前鋒兩千騎兵連同廣寧孔有德的少量兵馬，一起抵達海州城外，當遠遠看見海州城門大開，城頭上空有黑鳥在盤旋，空氣中瀰漫著一股嗆人的燒焦氣味時，所有人就都已經明白海州發生了什麼——雖然今年鑲藍旗並沒有跟隨黃太吉入塞，但己巳之變，以及後來的幾次入塞，鑲藍旗都是參與的了，燒殺搶掠的事情沒少做，對於滿城焦土，到處都是屍骸的情況，他們見的太多了，不過那都是在明國境內，想不到今日在遼東，在他們的統治之下，居然也出現了這種場景。