瀋陽的談判陷入僵局之時，千里之外的大明京師，朱慈烺正在接見東印度公司的兩個代表。
自從朝廷和東印度公司談判，從東印度公司的是租借兩艘大型三桅戰艦和八艘小艦，大明預付了一部分的定金，同時准許東印度公司的商船，短時間之內在天津靠岸之後，大明和東印度公司的關係，漸漸親密了起來，今日，隨兩個東印度公司的代表一起到京師的，還有六大船的糧米。
大明和東印度公司談判，除了戰艦，還和東印度公司簽訂了購買糧米的協議，東印度公司從印度，安南（越南），乃至呂宋（菲律賓）採購大米玉米，運至天津，大明用絲綢瓷器和茶葉進行交易，雖然這筆買賣算下來，東印度公司幾乎很難獲利，但因為大明為他們開了口子，准他們在廣東（廣州）直接交易，這麼算起來，東印度還是有一定獲利的，更不用說，和大明這麼一個龐大國家通商，從長遠看，對東印度公司絕對是重大的利好，這也是東印度公司會忍痛將戰艦租借給大明的原因。
算上去年的兩次，這已經是東印度公司第三次大規模的向大明運糧了。
在兩個代表和六艘糧米之後，再有三五天的時間，第一艘三桅戰艦和四艘小艦就會抵達天津。
兩個代表是前導，一來是向大明交付糧米，請大明為接艦做好準備，二來也是向大明朝廷反應一些情況。
聽完兩個代表所說，朱慈烺愉快的心情，漸漸有點沉重起來。
東印度公司運來了糧米，第一艘三桅戰艦也在途中，不日就可到達，這都是喜訊，但隨著喜訊到達的，還有一個非常不好的消息。
一個月前，東印度公司的一艘商船在大明外海遭到海盜襲擊，如果不是船員奮勇抵抗，用鳥銃進行還擊，加上海風驟起，折斷了海盜船的桅杆，說不定東印度公司的商船就被血洗了。
事後，東印度公司一口咬定，事件乃是大明福建總兵鄭芝龍所為——雖然海盜最後逃竄了，東印度公司並沒有找到確實的證據，但他們仍然堅定的相信，自己的判斷是正確的，假扮海盜的，就是鄭芝龍的人。
對東印度公司的判斷，朱慈烺是相信的。
自從朝廷和東印度公司談判，給東印度公司開了一個小口子，允他們的商船在天津和廣州靠岸之後，各方都是得益者，唯有鄭芝龍的利益受到了損害。過去，東印度公司沒有辦法和大明直接通商，所有的商業活動，不管是購買瓷器絲綢茶葉，還是向大明傾銷香料，都需要通過鄭芝龍，鄭芝龍空手套白狼，左手轉右手，每年不知道要賺多少銀子，但自從東印度公司和大明朝廷達成協議，有了一部分的通商權之後，商業活動自然就不必再經過鄭芝龍之手了，鄭芝龍平白少了利益，自然不會願意，以他海盜出身的脾氣，派人假扮海盜，洗劫東印度公司的商船，給東印度公司一點顏色看看，是順理成章的事情。
鄭芝龍……雖然有京師覲見，朝廷加官晉爵的安撫，但面對自身利益受損，他還是有點坐不住。
朱慈烺擔心的，不是東印度公司受損，而是鄭芝龍在背地裡使壞，破壞朝廷的政策，繼而挑戰朝廷的權威，如果朝廷不能做出及時有效的反應，長期下去，會助長鄭芝龍的囂張氣焰。
因為開封大勝和擊退建虜入塞，原本漸漸抬頭的軍閥跡象，已經被壓制住了，最有代表性的就是襄陽的左良玉，歷史上，當到了崇禎十六年之時，開封之敗後，左良玉對督撫們的命令，已經完全不當一回事，自主一方了。但今世因為朱慈烺的穿越，形勢改變，從開封大勝到擊退建虜入塞，朝廷重新豎起了威望，特別是擊退建虜入塞，這是楊嗣昌和洪承疇都沒有做到的事情，加上朝廷補發了糧餉，各地官兵對朝廷的命令，再不敢推三阻四。
左良玉安穩了，但鄭芝龍現在卻是一個麻煩，和左良玉不同，鄭芝龍依仗的是水軍，在茫茫大海之上，鄭芝龍才是真正的皇帝，如果他願意，他絕對可以阻斷東印度公司和大明的通商之路，而朝廷拿他莫何，只不過顧忌朝廷，他不敢公開反對，只敢在私下裡做一些小動作。
東印度公司的兩個代表說的明白，如果大明朝廷不能制止約束鄭芝龍，保障東印度公司的商船在大明海域的安全，那麼，東印度公司就無法保證按期履行他們對大明的承諾，包括運送糧米和租借戰艦。
接見結束之後，朱慈烺靜思了一會，對唐亮道：「讓施琅來見我。」
施琅到京師已經有一段時間了，朱慈烺也已經見過他一次了。
施琅今年剛二十二歲，長的甚是健壯，雖然五官普通，但長胳膊長腿，是一個練武的好架子，初見到太子時，他非常惶恐，跪在地上久久不動，太子問話，他也是小心翼翼地回答，直到後來，太子問道水師的一些操練，他才漸漸放鬆了下來，就自己所知，傾囊告訴太子。
不得不說，施琅真是一個水軍的天才，雖然才二十多歲，但在海上已經漂泊了六七年，各種水軍戰術，信口拈來，加上頗有戰術眼光，對兵法有相當的見識，剛毅果斷，這樣的人後來能統兵戰勝台灣水軍，完全在情理之中。
半個小時的交談，朱慈烺已經知道，施琅並非是一個天生的反叛者——而只是一個急於想要出人頭地的年輕人，誰賞識他，拔擢他，他就會效忠於誰。
照歷史記載，在鄭成功麾下時，因為恃才傲物，數次對鄭成功的戰術提出異議和反對，引的鄭成功不快，施琅被剝去了兵權，最初，施琅也曾竭力表現，想要討得鄭成功的歡心，重獲兵權。但鄭成功卻始終不給他帶兵的機會，只賞賜他金銀，施琅悶悶不樂，而最終的導火索，乃是因為他的一個親隨，眼見跟著他沒有前途，就悄悄投到了鄭成功的帳下，施琅大怒，將其捉回斬首。
鄭成功「馳令勿殺」，施琅卻悍然不顧，「促令殺之」。
鄭成功見施琅違令擅殺鄭氏舊將，斷定他是反形已露，於是將他全家都捉了起來，但施琅卻在部將的幫助下，在押解過程中逃走了。鄭成功獲悉施琅已經逃入清方管轄區後，怒不可遏，便把其父施大宣、其弟施顯處斬。
此後，施琅走投無路，投靠清朝，並一心與鄭成功為敵。
對此一事件來說，鄭成功和施琅都有責任，而最大的原因就是兩人性格不合，鄭成功性剛烈，不能容人，施琅又太有個性，兩人在一次，遲早要迸濺出火花，從恩人變成仇人，這也是朱慈烺要將施琅調到京師的原因，另一個原因當然是為建立中央水師做人才儲備。
前番議事之後，朱慈烺令施琅到京營，挑選一批會游泳，能做水軍的士兵。
施琅聽罷大喜，原本，他對自己被招到京師，心中是很忐忑的，不明白太子殿下為什麼要召自己？現在才明白，太子殿下這是要建水軍啊，而他作為選兵之人，日在在新成立的水師之中，必然會有一席之地——跟隨其叔施福在鄭家水師中幹了七八年，老實說，他對自己的官位和待遇，是很不滿意，現在被太子殿下看上，何愁未來沒有前途？
所以他如何能不喜？
授命之後，施琅就到京營中去忙了。
據回報，施琅這個人雖然性子高傲，說話難聽，但做事卻一絲不苟，非常認真。
人的各種好習慣中，朱慈烺始終認為，認真兩字最難得。
施琅很快就到了，見到太子，立刻下跪請罪。
太子殿下令他到京營選兵，到現在為止，他不過才選出了三百人，北方人多是旱鴨子，不習水，要從北方兵員中挑選水兵，實在是困難。
朱慈烺微微笑，令他起身，說今日叫他來，不為招兵之事，關於水兵招募，他已經派京營參將董琦到廣東了，兩到三個月，就可以招到一批熟悉水性的南方兵，到時再交給他操練。施琅惶恐又喜悅，朱慈烺又問起他生活情況，起居還習慣否？施琅更是感激，眼眶都紅了，連連謝恩——現在施琅的頭銜是京營的一個把總，享受京營待遇，但日常不用接受京營操練，每日只帶著選出來的三百人練習水軍的一些基本。
朱慈烺聽罷微微點頭，沉思了一下，緩緩道：「今日叫你來，其實沒什麼事，只是想聊一下泉州水師……」
「殿下但問，臣知無不言。」施琅並非是鄭氏親信，對泉州水師沒有什麼好顧忌的，再者，問話的是太子，未來的皇帝陛下，給他兩個膽子，他也不敢欺君。
朱慈烺以泉州水師為引子，兩句話之後，就轉到了鄭芝龍的個人身上。
自從在京營成立軍情司，朱慈烺就定下了兩個重點區域，一個是了遼東寧遠，另一個是陝西，這兩地分別對應建虜和流賊，兩個重點之下，是需要重視的幾個地區，首先是京師，但現在已經撤，第二是左良玉的襄陽，第三就是鄭芝龍所在的泉州，因為有歷史上的不好記錄，朱慈烺對這兩個軍鎮一直都抱持戒心，軍情司在這兩個地方展開，收集情報，就是預防左良玉和鄭芝龍兩人作出對國家不利的事情。
但軍情司畢竟成立時間不長，但現在滿打滿算才一年，作為重點