屍體經送往解剖後，終於查明死因。頭部有被子彈貫穿的明顯痕迹，亦即，不管是自殺或他殺，是子彈奪走其生命。
而且，大略也能推定並非自殺。因為，依常識判斷，既然屍體身旁沒有手槍，就不能視為自殺。當然，也可能掉落屍體旁的手槍被什麼人帶走，不過，要親自開槍射擊腦部後，扔掉手槍，再雙手交抱胸口，絕對不可能！
那麼，會不會是誰將自殺屍體運至這裡，替其擺出此種姿勢呢？譬如，在自家庭院發現自殺屍體之人，怕因此惹上麻煩，而將屍體棄置高速公路上（如此，很可能被其他車輛撞倒，變成因車禍致死）。
不過，法醫學的論據卻否定此種推定。因為，經過鑒定結果，手槍是0.7或0.8口徑，而且至少是在1.5公尺的近距離內水平發射。
似此，武宮重四郎從「是政小僧事件」的涉嫌人轉為殺人事件的被害者。由於發現屍體的地點在大井警局轄內，所以專案小組總部設置於大井警局。
調查方針依一般殺人事件的基本方法，由掌握被害者身前的人際關係來追查行兇動機，並徹底進行現場搜證，重現行兇手法及情況。同時，也有必要考慮重新檢討是政小僧事件。
畢竟，晚報報導武宮重四郎是是政小僧事件的重要嫌疑人，警方下令全國通緝後僅僅數小時（推定死亡時刻為15日下午10時至12時之間），他就已遇害，很容易能想像這兩椿事件彼此有關聯，如果視之為毫不相關的獨立事件，未免太過偶然了。
但，是政小僧事件的專案小組總部，亦即「特殊爆炸事件專案小組總部」並無任何能推斷此一相互關聯的資料。好不容易在長達數月的勞苦中查明歹徒，正感到高興的專案小組總部幹員，因為又被投下新的疑問，苦惱的表情更形深刻了。
當然，多少仍有臆測的餘地存在。譬如，被害者之妻敘述她丈夫是9月8日接獲「馬上來，L」的電報外出，就未再回過家。而巴士爆炸事件發生於9月9日，所以，很可能是拍發電報的「L」叫出武宮，命令其爆破巴士，至少，一定對武宮有某種指示。
基於此種假設再繼續推測，可認為「L」從晚報上得知武宮被通緝，怕其若被捕，很可能牽連自己，所以殺武宮滅口。雖然這只是依據常識推測，但離事情真相應該不遠，因此，「特殊爆炸事件專案小組總部」主要是分頭追查「L」的行動。
但是，事實上刑事們無計可施！雖然搜索被害者家裡，扣押其收到的信件等物，同時試圖自被害者之妻口中問出「L」的線索，卻徒勞無功。
關於「L」，她說：「外子說過他替外國人工作，所以L應是外國人，但……」
究竟是哪一國人，她也不知。
刑事們也問及武宮在日常生活中是否曾說過什麼外國話，目的是希望藉此來推定「L」的國籍。
「這……我沒聽過外子說過外國話。」她似覺得那是自己不該般，惶恐地回答。「和他來往的人都講日本話……」
由此，只能知道「L是會講日本話的外國人」。
另一方面，從收音機廣播中獲知此事件的某計程車司機，下午來到專案小組總部。
他是這天凌晨2時10分左右，沿一號高速公路前往羽田。快到達鈴之森時，見到武功屍體所在處有一輛大型轎車停著，引擎蓋掀起，他以為是車子故障，默默經過。當時，他見到似司機之人仰躺在車身下，好像在修車。
「你沒看車號嗎？」
「沒有。但，雖然沒看，感覺上卻是外國人的車。」
「是外國人專用的車牌號碼？」
「可能是外國大使館或什麼的車子吧！藍底，印有『外』字和號碼……不過，我沒有仔細看。」
「旗幟呢？」
「這……半夜裡，無法看清。」
但，即使只是這樣也算是一大進展了。
推定死亡時刻為前一天晚上12時之前，而屍體被發現時間為凌晨3時20分，這中間有超過3小時的空白。專案小組總部推測屍體是在這3個多小時內被人自某處移來，而出血量、死斑狀況也證實此一推測。
但是，3小時的範圍是在太大了。如果是荒野里的唯一道路還好，但，這是連深夜也有相當交通流量的道路，3個多小時不被其他車發現實在可疑，所以，應視為是在屍體被發現時刻不久前移至該處！
現在，得到2時10分左右的情報，如此已能大幅縮短時間範圍了。
行駛中的車輛很可能會忽略在緊急避難地帶的屍體，可是，在同一緊急避難地帶停車、修理車子，該車之人必然會見到屍體，但，2時10分左右在該處修理故障的車主並未報警，亦即，該車停於該處時，附近並未存有屍體。結果可推定行兇（搬運屍體）時刻是2時10分加上X分（該車修好之時間）至3時20分之間。
專案小組總部接下來是開始努力找出該車（掛外國使節的車牌，曾排除故障），只要問該車司機車子故障修好的時刻，即能更加縮短棄屍時間帶。
首先，這輛A——假定是A車——是駛向何處？第一步便是向羽田機場查詢，這天早上同一時刻飛抵的班機或出發的班機，其乘客是否有與外國大使館有關之人？
結果，在Z航空飛往巴黎的4時05分的班機乘客名單上，發現P國駐日大使館武官萊普頓中校之姓名。至於飛抵機場的班機乘客名單中，並無任何和外國使節有關之人。
專案小組總部透過外務省查詢送萊普頓中校的車何時抵達羽田？途中是否發生故障？如果有故障，幾時幾分修復？結果知道（直到翌日——17日——才得到答覆）萊普頓中校所坐的車確實發生故障，至2時30分左右修復，45分左右抵達機場。由於大使館武官有外交官特權，不需辦理通關手續，在飛機起飛前20分鐘抵達也綽綽有餘。
另外，萊普頓經巴黎轉機回國完全是突然決定。他是前一天——15日——傍晚提出申請，16日凌晨立刻出發……