國會調查團在11月2日上午9時30分抵達水潟站。團長是革新黨的米村喜作，團員有國民黨的北大路介造、三田秀古，革新黨的英和吉、木村千代，參議院的龍造寺市大，隨行人員有六名秘書官，還有縣衛生、水產兩部的部、科長，達二十六人之多。調查團一行受到水潟市議會議員、市長、東洋化工廠廠長的迎接，隨後便前往離站百米遠的東洋化工廠。前一天，調查團在熊本市召集南九州大學、縣當局、縣漁聯及其他代表開了意見聽取會，已經了解了本地情況。
他們不能不作出這樣的結論：「對於水潟怪病，縣當局、縣議會迄今為止未採取任何對策」；「東洋化工廠的廢水處理，與其它工廠相比，也不能說是萬無一失的」；「縣當局對救濟漁民也未施行任何措施」。在會議上，南九州大學的掘教授作了說明：「根據工廠發表的資料，該廠從1932年到現在總計向水潟灣排放了六百六十噸汞，其中約半數流到灣外。由於海流的作用，結果，最北限是葦北郡津奈見村，南至水潟市角道地區，都被汞污染了。」米村團長發言說：「據我所知，這樣一塌糊塗的工廠，在全國也是少見的。」
到水潟之前，調查團認為問題不過是縣當局和漁聯幹部對水潟怪病處理不當而已。現在，漁民們被棄置不顧的印象強烈地震撼了調查團成員的心，他們執意要親眼觀察事實。
參觀了廠內、特別是古幡地區和百卷的排水路徑及排水口之後，調查團同意在廠內會議室與工廠方面會談。調查團首先提出如下質問：①南九州大學和工廠在怪病問題上互相對立是不適當的，病因的探明不是非雙方共同努力不可嗎？
②現在急於裝設的廢水凈化裝置為什麼不更早些辦呢？
③公司方面是否缺乏道義感？
對此，工廠方面由負責該方面事務的部、科長作了回答。
首先分別說明了製造醋酸時和製造聚氯乙烯時廢水中的汞含量。然後，舉外國的同類工廠為例，提出反駁：東洋化工廠的汞含量反倒是低的。昨天，南九州大學掘教授在意見聽取會上說流出了六百六十噸汞，這是多說了一位數。南九州大學的有機汞論點就是如此杜撰的，其證據、方法都值得懷疑。
於是，在調查團中也被稱為激進派的北大路介造對工廠特設怪病研究所所長大喝一聲：掘教授發表的六百六十噸是依據工廠的資料逐年合算得出的數字。那麼說，工廠提出的資料是弄虛作假的嗎？所長沒有回答，默默地坐在座位上。調查團以客觀態度對待一切，提出：①希望工廠不要一味追求利潤，非難大學。
②南九州大學在預算不足的情況下，不計報酬，為探明病因而鬥爭，直至今日。工廠反而拒絕向他們提供資料，禁止進入排水路徑，採取不合作態度。這一事實，也令人懷疑工廠對怪病是否認真抓了。
③去年，因東京近郊發生的本庄造紙廠有毒廢水事件而制定了「水質保護法」。由於相信企業家的道義感，同時照顧到不加重企業負擔，所以規定得並不嚴，希望東洋化工廠也響應此法規的精神。
④問題日益嚴重，而東洋化工廠的宇佐見經理卻無意常駐水潟市設法儘早解決問題，實屬玩忽職守。
⑤說排放的汞量較少，那麼，對海洋環境做過與日本其它工廠的比較研究嗎？水潟灣是二重灣，與外海潮水交流較少，條件特殊。
對這些質問，工廠方面再次解答。
①工廠方面打算和南九州大學戮力協作，推進研究，但希望學術界不要因政治壓力而帶有偏向。
②關於排水與海洋環境的關係，並沒有說是調查了國內所有的二十一處同類工廠的結果。待全部調查後將報告其比較結果。
這次答疑在午後1點鐘結束。調查團一行吃完已經誤了時間的午飯，便立即到水潟醫院探望怪病患者，並指定要視察角島、星浦、瀧堂三個患者村，因為那裡患者人數最多，現在還有在家裡療養的。
察看醫院裡的患者時，所有的議員都為那難以想像的慘狀而變色。患者們被丟在一邊，無人過問。例如，有一個三十七歲的理髮店老闆，罹病後，妻子賣掉了店鋪，成天護理卧床不起的丈夫。這位妻子嚎叫說：「要是當家的死了，我也一塊兒去死！」革新黨的木村千代詳細詢問了她一家的情況。
「我丈夫來水潟市的古幡區開剃頭鋪已經六年了。他最喜歡魚，經常吃生魚片。我不吃，只讓他吃。去年春天，他被怪病纏上了，手哆嗦起來。這樣的理髮師，誰敢讓他剃頭刮臉哪！店裡一下子就冷清了，終千變賣起東西來，今年春上便盤出了。如今這醫院的病床是我的家。恐怕他是治不好了，得怪病痊癒的人沒有啊！我要在這裡伺候到他死……」
她說完，把手帕捂在眼睛上。她的丈夫在露出金屬零件的病床上袒胸裸腹，枯瘦而熏黑。肋骨、膝蓋、踝骨，都枯瘦如柴，已經沒有人樣，不禁令人聯想到蟲子，只有腦袋顯得很大。他仰著黑里透綠的臉，直瞪瞪地望著天棚，下巴劇烈地抽搐著。
調查團一行視察完角島村和星浦村，由水潟市漁聯代表引導，走下瀧堂村的坡道。大家目睹了患者村的貧困，腳步都沉甸甸的。木村千代沿著蜜橘樹掩映的石牆走在前頭，轉過傾斜的道路時，她突然站住了。
一個大約有十一二歲的男孩子正在地上到處亂爬。塵土乾燥。他的長袖線衣很臟，在胳膊肘兒上補了塊大補丁。那黑布補了也幾乎破成碎片，忽扇忽扇的。孩子的膝頭在地上蹭來蹭去，像塗了一層漆。嚴重浮腫的皮膚很蒼白，看上去簡直像大人一樣。他眯縫著眼睛，朝腳步聲方向揚起下巴。牛奶似的口水淌下來，在沙土上拖出一條長線。
「是怪病孩子。」市衛生科人員取出文件，翻看著說：「鵜藤安次，十三歲。患病，1958年8月3日。」
木村千代把手貼在下擺收窄的黑地裙褶上，茫然地站在那裡。
「為什麼不入院呢？」
「啊，因為他父親有遺言。他硬說，入院也是死，還是在家的好，橫豎一死。他前些日子剛剛在家裡去世了。這孩子的姐姐也死於怪病。」
「母親不在嗎？」
患者互助會的代表從衛生科人員身後走到前面來，說：「啊，在家裡吧。」
順石牆往上看，在架著煮豬食大鍋的爐灶前，一個面孔烏黑、頭髮散亂的老太婆正朝這邊探頭探腦。她像鼬鼠似地瞪著眼睛，隨後丟下抱著的劈柴，急忙跑進正房。砰然一聲，傳來關上拉門的響動。
「治作的死使她精神錯亂了。一見女人。就嚷嚷神官來偷麥子了，趴在門檻旁磕頭作揖。」互助會的漁民在木村千代身旁說。
這時，躺在地上的安次嘴裡發出咿咿呀呀的聲音。路邊向陽的角落裡擺著十來個消炎膏盒子。
午後3時左右，調查團總算結束了對怪病村的訪問，而後，在水潟市醫院前傾聽縣漁聯會長和其他人代表漁民的陳情。
這天早晨，攏在百卷港的漁船多達四百隻，上岸的漁民約有三千人。葦北、八代、天草等不知火海地區的漁民集結來一大半。午前10點多種，正當調查團與工廠方面爭論不休時，這三千人在市內舉行了示威遊行。漁民中有老有少，有男有女，有的人還在頭上纏著白地紅道的布帶子，尤其顯眼。他們人人手裡都舉著標語牌或長條旗。
議員先生，必須禁止排放有毒廢水！
議員先生，救救因可怕的疾病而面臨死亡的漁民！
議員先生，還我毀掉的大海！
在市立醫院前，向國會調查團陳情之後，漁民聲勢浩大地進行之字形示威遊行。從午後2時開始，在水潟站前舉行總誓師大會。吼聲震天，叫罵聲此起彼伏。背著孩子的女人也混雜其間。水潟站前廣場並不怎麼寬廣，浩浩蕩蕩的人群一下子就站滿了道路和工廠前面。
「因為從工廠流出的毒，魚死了！吃了這種魚的漁民發了瘋，正在死去！為什麼工廠不停止放毒水？我們去工廠問問吧！上次遊行示威，工廠告了八名漁民，它必須撤回對他們的起訴。大家去工廠吧！」不知是誰呼喊著。剎那間，隊伍鴉雀無聲了。排頭走起來，先掉頭轉彎，再轉身朝原來的方向。那隊伍如同巨蟒爬行，駭浪起伏，向工廠湧來。大會突然結束了。
工廠大門緊關著。裡面，三百名頭戴鋼盔的警察機動隊正待機行動。漁民一涌而上，奮力撞擊大門。伴隨嘿喲、嘿喲的吆喝聲，人們不停地推擠。
一個系著抹額的小夥子撲到十來米高的木頭大門前，踩著別人的肩頭攀登而上。跟著又一個系抹額的男子爬了上去。隨後，又一個，又一個。
五六個系抹額的人跳入大門裡不見了，傳出來「哎呀」一聲驚叫。大門吱吱作響地敞開了，是小夥子們摘下了門栓。人們歡呼著蜂擁而入。警察早已無影無蹤了。
不管特殊研究室、守衛室、配電室、辦公室，也不管電子計算機、電傳打字機、打字機、電話機、文件櫃，通通被手持棍棒、鐵鎚的漁民搗