中華民國臨時政府北遷後，依據《臨時約法》規定，由總統制改為責任內閣制。國家的政治體制並沒有發生根本變化，但人員結構卻有重大調整。原來在政府中起主導作用的、以孫中山為首的同盟會員，被以袁世凱為首的北洋軍人和官僚所代替。憑藉北洋軍的實力掌握中央政權，他們改變了南京臨時政府的民主施政方針，在解決重大政治難題時，常常直接以軍隊為工具，鎮壓人民，排除異己，實行軍事獨裁統治，以維護封建地主階級和大資產階級的利益。但是，北京臨時政府開始還不是北洋派獨佔的政府，同盟會在中央和地方都有不容忽視的政治和軍事力量。除總統府由袁世凱直接控制外，唐紹儀內閣閣員大致是北洋派和同盟會平分秋色，宋教仁、蔡元培等同盟會員參加了政府工作。在北遷後的參議院，同盟會仍佔優勢。所以這是一個以北洋派佔主導地位的聯合政府，這個政府的不穩定性是十分明顯的。
由於臨時政府的存在，封建專制勢力的政治思想統治已不可能像前清那樣嚴密，而有了某些鬆動。民國元、二年間，全國出現了上百個黨會團體，其中有政治綱領並企圖競爭政權的就有三十多個。同盟會是最激進、最龐大的政黨。1912年8月，它聯合四個小黨改組為國民黨。這個黨雖然有少數人關注議會以外的鬥爭和保存地方實力，但絕大多數領導人都試圖通過議會選舉袁世凱為臨時大總統。
袁世凱為了清除革命勢力，獨攬統治權，他逼迫主張調和南北矛盾的唐紹儀辭職，換上心腹趙秉鈞。接著派人暗殺了國民黨領導人宋教仁，鎮壓了孫中山發動的二次革命，使資產階級推行政黨政治的計畫破產。孫中山、黃興被迫逃亡國外，繼續堅持反袁鬥爭。袁世凱還聯合梁啟超、湯化龍等組織進步黨，與由同盟會改組的國民黨對抗。1913年10月袁動員軍警強迫國會選舉他為正式大總統，接著便下令解散國會，另行組織政治會議、約法會議和參政院等機構。這些機構的基礎不是人民，而是官僚，議員均由政府指定，選舉只是形式。它們是此後民國史上一切類似機構的濫觴。1914年5月，袁世凱廢除南京臨時政府頒布的《臨時約法》，公布了《中華民國約法》，改內閣製為總統制，成立政事堂和陸海軍大元帥統率辦事處，集軍政大權於一身。第一次世界大戰爆發後，歐美列強無暇東顧，日本大隈內閣乘機向袁世凱提出企圖獨佔中國的「二十一條」。經過五個月的交涉，1915年5月袁世凱承認了「二十一條」的大部分條款，希圖以此換取日本政府對其帝制自為計畫的支持。同年12月，袁世凱公然稱帝，改稱中華帝國，以「洪憲」為年號。袁世凱的倒行逆施，激起社會各階層的憤怒，全國群起而攻之。蔡鍔奉梁啟超之命，潛赴雲南，組織護國軍，首先發難。貴州、廣西、廣東、浙江、湖南、四川先後宣布獨立。北洋派也醞釀倒袁。袁世凱於1916年3月22日被迫宣布取消帝制，恢複中華民國，6月6日憂懼而死。
袁死後，黎元洪繼任大總統，馮國璋為副總統。段祺瑞為國務總理，握政府實權，極力主張對德國宣戰。1917年，堅決反對參戰的黎元洪解除了段的總理職務。段策動北洋派軍人宣布獨立。駐紮徐州的張勳乘機率兵進入北京，於7月1日擁清廢帝溥儀復辟，改民國六年為宣統九年。在天津進行幕後策劃的段祺瑞，立即組織討逆軍，攻入北京。於7月12日趕走張勳，重掌北洋政府大權，迎馮國璋代理大總統，並於8月14日對德宣戰。段以「再造共和」自居，拒絕恢複《臨時約法》和國會，1918年2月糾集官僚政客組成新國會（安福國會），選舉徐世昌為大總統。
為恢複《臨時約法》及國會，孫中山發動護法運動。他率領宣布脫離北洋政府的海軍於1917年7月由上海到廣州，聯合兩廣、雲貴地方實力派，召開國會非常會議，於9月組成中華民國軍政府。孫中山任海陸軍大元帥，雲南督軍唐繼堯和兩廣巡按使陸榮廷為元帥。護法政府擬由湖南進軍北伐。段祺瑞為了實現武力統一，於10月派兵進入湖南，陸榮廷等為了和北洋軍妥協，操縱非常國會於1918年5月改組並控制了軍政府，迫使孫中山辭去大元帥，離粵赴滬。
袁世凱死後，北洋集團失去統帥，內部權利之爭日趨激烈，逐漸形成皖、直、奉三大系，以段祺瑞為首的皖系雖然把持中央政權，從日本得到大量借款，編練參戰軍，顯示出比較雄厚的實力，但他沒有能力控制整個北洋派，追隨段的地方實力派只有安徽、山東、浙江、福建等省。以馮國璋為首的直系，主要在直隸及長江中下游地區（包括江蘇、江西、湖北），這一地區是英國的勢力範圍，直系得到英、美的支持。1919年馮國璋病死，曹錕和吳佩孚繼承了首領地位。奉系首領張作霖則割據奉天、吉林、黑龍江三省。在南方則有唐繼堯為首的滇系軍閥和陸榮廷為首的桂系軍閥。此外，還有許多割據一省或一地的小軍閥。除南北之間長期對峙的衝突外，軍閥內部為爭奪政權或擴大地盤而連年混戰。為爭奪中央政府控制權的大規模戰爭主要有三次。第一次是1920年7月發生的直皖戰爭。1918年段祺瑞對南方用兵，推行武力統一政策，加劇了直皖兩系的對立，使雙方矛盾公開化。段企圖利用直系軍隊進攻湖南，坐收漁利。而攻入衡陽的吳佩孚則暗中與南方桂系首領陸榮廷談判。1918年8月通電主和，指責皖系親日賣國。次年秋，鑒於皖系擴軍備戰，直系遂聯絡奉系組織八省同盟。陸榮廷等也決定「聯直倒皖」，秘密向吳佩孚提供物資，促其北撤。1920年5月吳自衡陽領兵北上，直達保定。1920年7月，段祺瑞組成「安國軍」與直系軍在直隸北部兵戎相見。奉軍入關助直，皖軍一敗塗地。直奉兩系控制了北京政府。直魯豫巡閱使曹錕坐鎮保定，以勝利者自居，儼然成為北京政府的太上皇。對此，張作霖不甘心，雙方為爭奪地盤和北京政府的支配權，很快產生了矛盾。1922年發生了第一次直奉戰爭，這次戰爭，是以親直的靳雲鵬內閣倒台，親奉的梁士詒組閣為導火線。吳佩孚指斥梁士詒親日賣國，矛頭指向奉系。張作霖指揮奉軍入關，雙方在京津和京漢兩鐵路線展開激戰，後因奉軍一部倒戈，全線崩潰，張作霖敗退關外，宣布東北「自治」。與此同時，兩廣發生粵桂戰爭。滇、黔、川地方軍閥出現內訌，誰也不再打「護法」的旗幟。南北政治對峙雖然存在，但南與南戰，北與北戰，南北都失去了統一全國的力量。此時聯省自治的政治思潮應運而生。湖南軍閥首先掛起自治的招牌，制定省憲法，希圖自保的地方軍閥如雲南、四川、貴州紛紛效尤。控制北洋政府的直系軍閥則依恃其龐大的軍隊，高唱「武力統一」和中央集權。
直系戰勝奉系後，獨佔北京政權。它先打著「恢複法統」的旗號，推黎元洪復任總統，把徐世昌趕下台；接著便高價收買國會議員，操縱選舉，於1923年10月抬出賄選大總統曹錕。這次「選舉」使國會聲名狼藉，議員被稱為豬仔。從此在人們的心目中，國會徹底破產，曹、吳派兵南征北討，軍閥混戰更加劇烈。
曹錕賄選後，全國各階層代表人物紛紛表示反對，北方政局也發生變化。浙江督軍盧永祥通電斷絕與北京政府往來，浙、滬一帶成為反直的中心。盧永祥和奉天的張作霖及廣東的孫中山建立了聯繫，形成反直三角同盟。吳佩孚派孫傳芳進入福建，又支持江蘇督軍齊燮元，以威脅盧永祥。1924年9月3日發生齊盧戰爭（又稱江浙戰爭），10月15日盧永祥戰敗。齊盧戰爭爆發時，張作霖趁勢率十七萬奉軍攻入關內。曹錕任命吳佩孚為「討逆軍總司令」。吳統率二十五萬直軍迎戰，於是爆發了第二次直奉戰爭。10月中旬正當兩軍在山海關激戰時，與吳佩孚素有矛盾的直軍第三軍總司令馮玉祥從熱河回師，發動政變，軟禁曹錕，吳佩孚在山海關一帶被奉軍戰敗，率殘部自塘沽倉皇南逃。11月，張作霖、馮玉祥推戴段祺瑞為「中華民國臨時執政」。奉系重新控制北京政權後，勢力擴張到河北、山東、安徽、江蘇等省及上海，與地方軍閥產生矛盾。軍閥間的混戰狀態仍然沒有結束。