清初的學術思想
清代的思想文化，豐富絢麗，流派眾多，人才輩出，在許多領域取得了光輝的成就。清初，一度產生幼弱的民主啟蒙思想，但由於生產和社會發展水平的限制以及清朝的思想高壓政策，進步思想未能得到正常發展，思想文化界仍不能衝出儒家的樊籠。
清初是中國歷史上思想文化最活躍、最繁榮的時期之一，出現了以黃宗羲、顧炎武、王夫之、顏元等為代表的許多傑出學者。他們經歷了明末農民大起義和清兵入關的變亂時代，身受亡國破家之難，認識到明王朝的腐敗和封建理學的虛偽空疏，以犀利的筆鋒、奔放的熱情，批判封建專制主義，宣揚經世務實的思想，治學嚴謹，勇於創新，闡發了深刻而新穎的政治觀點、哲學觀點，開創了與宋明理學相對立的新思潮、新學風。
黃宗羲、唐甄在反對封建專制主義方面走在最前列。他們所著《明夷待訪錄》《潛書》，論證了專制君權的起源和實質，揭露了歷代專制帝王的昏淫殘暴，並希望通過學校議政，加強法治或實行地方分權來限制君主的專制權力。這雖然是難以實現的幻想，但他們的言論，如電掣雷鳴，震撼了窒息已久的思想界。顧炎武提倡務實致用，「多學而識，行必有果」，並注重調查研究，廣求證據，開闢了新的治學途徑。顏元講求「實學」，強調「躬行踐履」，主張講求功利，匡時濟民。他們的思想和實踐有力地影響了後世的學風。王夫之發展了中國古代的唯物主義哲學傳統，批判了「道在器先」「道本器末」的唯心論，精闢地指出：「天下惟器而已矣。道者器之道，器者不可謂之道之器」，也就是說離開客觀存在的具體事物，就無所謂規律、理念。他又指出自然界和社會是「生生不息、變化日新」的發展過程，初步用辯證的觀點去觀察世界，研究事物，把中國的唯物主義思想提高到了新的水平。他還解釋天理和人慾的關係，說「私慾之中，天理所寓」，肯定了人們的合理慾望。方以智也是一位傑出的唯物主義思想家，在自然科學的研究方面取得了顯著成績，並和哲學有機地結合起來。清初思想家在歷史學、地理學方面也作出了貢獻。黃宗羲的《明儒學案》是中國第一部系統的學術思想史。在他的影響下，繼者踵接，如萬斯同、全祖望、邵晉涵及稍後的章學誠，形成了以研究歷史著稱的浙東學派。顧炎武作《天下郡國利病書》，論列山川形勢、城邑關津、古今變易，開地理研究之先河。以後胡渭、閻若璩、顧祖禹、齊召南均曾致力於歷史地理的研究。
理學
宋元明清時期以討論理氣、心性等問題為中心的哲學思潮。又稱「道學」。它產生於北宋，盛行於南宋與元、明時代，清中期以後逐漸衰落，但其影響一直延續到近代。廣義的理學，泛指以討論天道性命問題為中心的整個哲學思潮，包括各種不同學派；狹義的理學，專指二程、朱熹為代表的，以「理」為最高範疇的學說，即程朱理學。理學討論的主要問題有：本體論問題，即世界萬物的本原問題；心性論問題，即人性的來源和心、性、情的關係問題；認識論問題，即認識的來源和認識方法問題。按其基本觀點和影響看，主要有以下派別：張載為代表的氣一元論哲學；二程、朱熹為代表的理一元論哲學；陸九淵、王守仁為代表的心一元論哲學；邵雍為代表的象數學。與理學有聯繫的，還有北宋時的王安石，他的學說被稱為「新學」。
清初思想家對現實持激烈的批判態度，他們大多數具有強烈的民族意識，同時對清朝奉為官方哲學的程朱理學，口誅筆伐，指責理學家是「奴君子」「優孟衣冠」「亡國之學」「禍烈於蛇龍猛獸」。他們健筆凌雲，激揚風氣，盡情鞭撻封建末世的諸多弊端，提出新穎的見解，使當時的思想界十分活躍。
清前期的文化政策
清初的經濟發展和社會狀況尚不能使思想界得到充分發展。當清朝重建起封建政治體制，加強了對思想的控制，後繼的思想家們也不得不隨之轉向。如閻若璩、胡渭繼承了清初務實的學風，博學多識，不尚空談，而研究方法則趨細密，只在詮釋古籍、辨別真偽方面作出了突出的成績。閻若璩考證《古文尚書》為偽書，胡渭考證《河圖洛書》為晚出，廓清了封建學術界長期的迷信盲從，但在清朝的高壓政策下，他們埋頭古籍，變得謹小慎微，失去了前輩思想家那種干預現實、評議朝政、臧否人物的戰鬥精神。
《古今圖書集成》
中國現存規模最大、體例最完善的一部類書。原名《古今圖書彙編》。初由誠郡王（胤祉）命其門客陳夢雷纂集，於清康熙四十五年（1706）成書。雍正時，又命蔣廷錫等重新編校，刪去胤祉、陳夢雷等人姓名，改為此名。全書一萬卷，目錄四十卷，約一億六千萬字。該書綜合了清代所能見到的有關古籍中的資料，按類編排，分為曆象、方輿、明倫、博物、理學、經濟六編；每一編之下又分成若干典，共三十二典；典下再分部，共六千一百零九部；每部都按匯考、總論、圖表、列傳、藝文、選句、紀事、雜錄、外編的順序，把中國幾千年的史料和有關人物，用簡單的條目統貫起來。所輯錄的古籍，整部、整篇或整段抄入，很少改動。引證詳註出處，便於查對原書。
清朝為了鞏固思想統治，籠絡知識界，大力尊孔崇儒，給孔子加上「大成至聖先師」的尊號。儒家思想是理政、治學、處世、待人的標準，程朱理學又被視為孔子的真傳、儒學的正統，因此朱熹備受尊重，四書及五經中的一部分均以朱熹的注釋為準。清朝的統治安定以後，大規模編纂書籍，最著名的有《古今圖書集成》（一萬卷）和《四庫全書》（七萬九千餘卷）。《四庫全書》收集歷代經、史、子、集各類書籍三千四百餘種，其中有很多是從《永樂大典》中輯出的已經失傳的書籍，包羅宏大，豐富浩瀚，為中國古代思想文化遺產之總匯。但在編纂過程中，清政府對全國圖書作了一次大檢查，大批書籍被認為對清朝統治不利，歸入悖逆、違礙之列，遭到銷毀或篡改。
除了傳統的儒學以外，很多外國耶穌會傳教士來華，帶來了西方的科學文化，包括數學、天文、曆法、物理、醫藥、地圖繪製、武器製造、繪畫、建築，等等，編寫了一些書籍。康熙帝本人還學習過西方科學，但清廷未用力提倡，知識界沉溺在儒家經典中，不了解西方科學的內容和價值。
清朝對文化思想的控制十分嚴厲，發生了許多次文字獄，懲治極重，株連極廣。康熙時有庄廷鑨《明史》案，雍正時有呂留良、曾靜案。乾隆時，文字獄更多，獲罪的人大多是下層知識分子。他們或腹有牢騷，愛發議論，或僻居鄉村，不知忌諱；或亂上條陳，干祿倖進；或吟詩作文，用字不慎。這些都招來了殺身破家之禍。這些案件多是捕風捉影，望文生義，濫殺無辜，以確立封建專制統治的淫威。哪裡發生了重大的文字獄，地方官也要受處分。因此官吏們稍見文字違礙，即捕人抄家，羅織罪狀，株連寧多勿少，處理寧嚴勿寬。文人士子，惴惴自危，不敢議論當代的政治和社會問題，也不敢編寫歷史、研究現實，只得埋首故紙堆中，消磨智慧和志氣，使知識界思想麻木，萬馬齊喑。文字獄造成了嚴重的恐怖氣氛，對社會的影響是十分有害的。
文字獄
明清時因文字犯禁或借文字羅織罪名清除異己而設置的刑獄。明文字獄始見於洪武七年（1374）。時蘇州知府魏觀將新府衙建於張士誠宮殿舊址，高啟作《上樑文》中又有「龍蟠虎踞」四字，因此觸犯明太祖朱元璋忌諱而被殺。明初文字獄貫穿洪武一朝，是明太祖朱元璋為推行文化專制統治所採取的極端手段，並為後世封建統治者所效法。清代文字獄，一般以康熙二年（1663）的庄廷鑨《明史》案為起始，在康、雍、乾三朝的百餘年間，文字獄多達上百起，且愈演愈烈。清代前期文字獄的冤濫，極大地桎梏了學術思想的發展，助長了阿諛奉承、誣告陷害之風，是歷史發展中的濁流。到乾隆末葉文字獄趨於平息。
漢學的興起
由於清廷文化政策的嚴格控制，知識分子既不滿於作為官方哲學的理學，又不敢評論政事、研究實際，只得把智慧和精力專註於整理、注釋古籍。乾隆時，漢學興起。這一學派以儒家經典作為主要的研究對象，考其真偽，正其訛誤，辨其音讀字義，校勘異同。他們做了許多踏實的基本工作，消除了古代典籍在長期流傳中產生的錯漏、誤解和故意的篡改。在治學的態度、方法上，強調博學多聞，尊重客觀事實，力戒主觀武斷，運用歸納法，重視證據，在一定程度上改變了宋明理學讀書但觀大意，隨意發揮，游談無根，注重內心修省的弊病。
漢學中有兩大派別：⑴以惠棟為代表的吳派，尊信和固守漢代儒者的說經。他們認為，漢人離古不遠，遺說尚存，要弄清古代聖賢的經典，必須遵循漢儒的註疏詮釋。惠棟專精《周易》，對漢人的遺說搜輯研究甚勤，而較少發揮自己的見解。所以這一學派被統稱為「漢學」，以與專治理學的「宋學」相區別。其他學者有沈