蒙古族
元亡以後，蒙古貴族和軍士被迫回到蒙古草原，經朱元璋多次派人攻打，其內部發生分裂。永樂初，蒙古分為三大部，即遼河、西遼河、老哈河流域的兀良哈，其西至杭愛山一帶的韃靼部和科布多河、額爾齊斯河及其以南準噶爾盆地的瓦剌部。由於蒙古地區與內地農業地區的長期隔絕，以及草原上大小封建主之間經常發生的相互掠奪的戰爭，使游牧經濟凋敝，牧民的生活日益貧困。在明朝強盛時，瓦剌和韃靼的統治者都接受過明朝的封號，在經濟上也多次與明朝進行互市。但每當貢市的要求不能滿足時，便不斷以發動戰爭作為對明的要挾。明朝政府為了防止蒙古的侵擾，最初在北方設有遼東、宣府、大同、延綏四鎮，以後又增設寧夏、甘肅、薊州三鎮，加上固原和山西的偏關，稱為九邊，皆布有重兵。明朝政府又積極在沿邊修築長城。據萬曆《明會典》統計，當時九邊所築城堡、關隘、空心台、墩台等共達一萬八千餘座。
頻繁的戰爭並沒有阻礙蒙漢等各族人民之間的往來，長城也沒有隔斷彼此的經濟和文化的聯繫。許多蒙古民眾為生活所迫不斷向內地遷徙，也有的漢人因被蒙古統治者俘虜為奴，或因逃避租役，或經營商業，而大量流入蒙古。隆慶時，在蒙古古豐州（今內蒙古呼和浩特東）一地就居住有漢族人口五萬餘，居屋佃作，名曰板升。俺答汗繼位後，特別是在他晚年和三娘子 統治時期，蒙漢間很少發動戰爭。馬市貿易極盛，除官市外，又得與塞下民互市。萬曆九年（1581）又修建了呼和浩特城（蒙古語意為青色的城）。此城很快發展成為蒙古地區與內地貿易的商業都市。長城附近延袤五千里無烽火警，近疆水陸屯田悉墾治如內地。蒙古封建主的財富顯著增加，其幣帛牲畜，動以萬計，特別是鄂爾多斯、土默特、察哈爾等部所在地，隨著內地先進生產技術的傳播，農業和手工業（包括鐵的鍊冶業和鑄造業）的產量和產品都有顯著增加。
藏族
明朝時，藏民以半農半牧為生，農產品有小麥、蕎麥和青稞，上層僧侶和各地的部落首領構成封建領主階級，擁有大量的田莊、財富和奴婢，而廣大藏族人民則都是農奴。洪武時，明政府在西藏等地設立烏斯藏都指揮使司以及宣慰司、招討府、元帥府、萬戶府、千戶所等地方行政機構，任命藏族的封建領主為都指揮使、宣慰使、招討使、萬戶、千戶等官職，賜給他們誥命、印信，通過他們向所屬藏民徵收賦稅。當時西藏喇嘛教的教派很多，有噶當派（紅教）、噶舉派（白教）、薩迦派（花教）和本布派，每派又分為若干小派。而以噶舉派帕木竹巴法王的權力為最大。明朝設帕木竹巴萬戶府，並封帕木竹巴法王為「國師」，明朝還在西藏封立三大法王（大寶法王、大乘法王、大慈法王）、五大地方之王（闡化王、贊善王、護教王、闡教王、輔教王），此即西藏八王。八王各有封地，分別統轄一定地區，與明朝往來十分頻繁。
明初，宗喀巴在西藏創立格魯派（黃教），他在西藏進行宗教改革，主張「敬重戒律」，提倡苦行。宗喀巴第五弟子釋迦也失作為他的代表曾兩次到達北京，明成祖封其為「西天佛子大國師」，宣宗封其為「大慈法王」和「國師」。此後黃教在西藏的勢力日大，信仰者日多。萬曆時，三世達賴喇嘛索南堅錯長期居留在西寧等地，與蒙古俺答汗相友好。與明朝首輔張居正也有書信往來，明朝封其為「大國師」。三世達賴喇嘛使黃教在蒙古得到廣泛傳播，在調和明朝皇帝和俺答汗的關係方面也有較大的貢獻。四世達賴喇嘛雲舟堅錯曾於萬曆四十四年（1616）得到神宗授予的「普持金剛佛」的封號，此後，格魯派的首領五世達賴喇嘛和四世班禪借青海蒙古固始汗的兵力，推翻噶瑪派在西藏的統治，黃教在西藏的政治地位日益鞏固，得到青海、蒙古以及東北各地喇嘛僧侶的支持。
明朝藏族人民與內地各族人民之間的來往更加頻繁。永樂五年（1407）至十二年，在藏漢各族人民的艱苦勞作下，修通了四川雅州（今雅安）到烏斯藏的驛路。明朝在川、隴等地設茶馬互市與藏民貿易，還准許西藏等地的僧俗官員派使來北京通貢，規定三年一貢，天順年間一次貢使至二三千人。私人貿易被嚴格禁止，但漢藏兩族人民之間的貿易關係始終不斷。藏民經常以馬匹、氆氌等物來內地換取鹽、茶和布匹，漢族商人也從內地私自攜茶與之易馬，有人甚至越山涉水，深入藏族地區從事貿易活動。當時的河州、秦州（甘肅天水）、洮州（甘肅臨洮）、雅州和打箭爐（四川康定）等地，已經成為藏漢各族人民互市的場所，私營貿易與官營貿易同樣繁盛。
格魯派
中國藏傳佛教影響最大的宗派。格魯，藏語意思是善律，該派強調嚴守戒律，稱善律派。該派僧人戴黃色僧帽，故又稱黃教。又因該派認為其教理源於噶當派，故稱新噶當派。格魯派強調修行次第，顯密並重，先顯後密；提倡苦行，僧人不結婚，戒殺生，禁飲酒，斷絕世俗交往等。該派在藏族、蒙古族居住區流傳甚廣。到清代，格魯派的達賴喇嘛與班禪兩轉世系統都由清政府確認，格魯派成為西藏地方政權的執政教派，西藏政教合一的統治形式有了進一步的發展。
維吾爾族
維吾爾族在明朝稱畏吾爾，亦作畏兀兒，是居住在新疆地區的主要民族。明代，除撒里畏吾兒仍從事游牧外，其他居住在於闐（今新疆于田）、喀什噶爾（今新疆喀什）、哈密、土魯番（今新疆吐魯番）等地的畏吾兒人都以農業為主，兼營商業，其手工業也很發達。其耕地和牧場大部分掌握在封建主（蒙古族或畏吾兒族）的手中，一般農戶則少地或無地，遭受封建主苛重的剝削。元末明初，畏吾兒族地區地大者稱國，小者只稱地面，形成封建割據的形勢。洪武、永樂、宣德間，與內地恢複關係的小國和地面，前後共有七八十個之多。明朝政府從太祖時起先後在甘肅西部到新疆東部地區設立赤斤蒙古、哈密、沙州、安定、曲先、阿端、罕東、罕東左等八衛，衛設指揮，一度還在柳城、火州（均在今新疆吐魯番東南）等地設都指揮等官。明朝與哈密衛的關係最為密切。永樂二年（1404），明政府曾封哈密王安克帖木兒為忠順王。景泰時，土魯番勢力強大，攻佔哈密城，兵鋒及於嘉峪關內的甘州（今甘肅張掖）、肅州（今甘肅酒泉）等地。從此明朝對西域的控制日益鬆弛，不得不在嘉靖八年（1529）放棄哈密。
苗、瑤、彝、壯各族
居住在雲貴、四川、兩廣、湖廣等地的少數民族有苗、瑤、彝、僮（即壯）、黎、傣等族。各族之間以及同一個民族不同地區間的社會經濟發展很不平衡。有的農業已有顯著發展，並普遍使用犁耕。湖南一部分少數民族到明中期已蓄食甚富；雲南一些民族在平壩種稻，一年兩熟，產量也在增加。但住在高寒山區的某些部落，生產力還很低下，有些仍處在刀耕火種階段。從社會發展的階段看，有些已由封建領主經濟過渡到地主經濟，或是地主經濟已佔統治地位；有的階級分化不明顯，有的則已有階級分化，開始由原始公社制末期進入奴隸制，或已由奴隸制進入封建制。
明朝政府沿襲元朝的統治制度，在雲貴、兩廣地區設置土司，通過各族的首領統治各族人民。但各地的土司與明朝也有矛盾，經常發動叛亂。明朝政府在平定叛亂後，往往把這些地區的土司裁撤，改設流官，即改土歸流。改土歸流的目的是建立對少數民族地區的直接統治，但是在客觀上打破了農奴制度，促進了少數民族地區地主經濟的發展，同時也加強了中央與地方的聯繫，對維護國家的統一有進步意義。
明朝統治時期，雲貴各地經常爆發各族人民的起義。著名者有英宗正統十四年（1449）苗族農民的邛水十五洞司（今貴州三穗）起義、英宗正統七年至世宗嘉靖十八年（1539）的廣西桂平大藤峽起義。明朝有很多漢族人民陸續遷至雲貴、兩廣等地，他們不僅與當地少數民族人民一起進行抗官鬥爭，還把先進的鐵工具和農業、手工業生產技術帶到了苗、瑤等族聚居的地區，並從事耕作、開礦、採茶、興修水利，對這些地區的開發起了積極作用。
高山族
高山族是中國台灣的土著居民，長期以來就勞動、生息、繁衍在這塊土地上。16世紀，高山族已有發達的農業，甘蔗和棉花的種植也逐漸興盛起來。在農業方面可能已用鐵鋤耕作，狩獵則已普遍使用鐵工具。狩獵剩餘產品已用於交換。高山族社會的基層組織是部落，若干部落結合成社。一社或千人，或五六百人，已有貧富差別和階級分化。隨著東南地區商品經濟的迅速發展，越來越多的漢族人民渡海到台灣。瀕海之民每年都有漁船在澎湖和北港之間打魚，又有很多人到台灣與高山族進行貿易，或在山口設店，或徑自入山，以瑪瑙瓷器等換取鹿皮、鹿角，受到高山族的熱情接待。
萬曆、天啟間，顏思齊、鄭芝龍等在台灣建立政權。他們稱君主，有官職，有武裝，與高山族保持和睦友好關係。鄭芝龍在台灣練兵積糧