蒙古國對華北的統治方式，是草原貴族原有的統治體系在它所征服的定居農耕地區的延續。漢地戶口的一部分直接領屬於大汗，一部分被大汗分封給諸王、宗戚和勛臣。蒙古統治者把主持軍事、財賦征斂的部分官員和監臨各級地區的達魯花赤派到華北，同時又以款服入質、領軍從征、繳納差發為條件，允許自金末戰亂以來出現在北方的大小軍閥世侯，繼續行使在各自勢力範圍內的實際統治權。世侯們集兵刑賦役之政於一己，儼若列藩，不相統屬。直到忽必烈建立元朝，這種局面才獲得根本轉變。忽必烈借鑒金代制度，在以「藩邸舊臣」為核心的中原知識分子參議下推行「漢法」，同時保留能充分保障蒙古貴族特權地位的種種制度，重新在華北確立了封建的中央集權制統治體系以及相應的各種典章制度。中統、至元間的創置，奠定了有元一代制度。元朝制度多沿襲金制，同時又有不少前代所不具備的特點。其中有的反映了中原王朝歷代相承的傳統體制本身的發展變化，如行省的設立；有的反映了被保留的蒙古舊制，如蒙古、探馬赤軍 中的奧魯（老小營）建置；也有一些是在這兩者的交互作用下形成的，如刑罰體系中某些不同於前代的變化，對吐蕃地區實行的政教合一的統治等。
達魯花赤
蒙古和元朝的官名，為所在地方、軍隊和官衙的最大監治長官。早在成吉思汗時期，蒙古就設有這一官職。入元以後，路、府、州、縣和錄事司等各級地方政府，都設置達魯花赤，雖然品秩與路總管、府州縣令尹相同，但實權大於這些官員。蒙古軍和蒙古探馬赤軍一般不設達魯花赤。元代達魯花赤品秩最高曾達正二品。至元二年（1265），元廷正式規定，各路達魯花赤由蒙古人充任，總管由漢人、同知由回回人充當。之後，漢人充任達魯花赤的，便解除官職。
官制
中央政府的軍、政統治機構，主要由中書省、樞密院和御史台構成。中書省相當於金代的尚書省，領六部，掌全國政務，樞密院掌兵，御史台掌督察。此外，元世祖忽必烈曾於至元三年（1266）設制國用使司，總理全國財政，以後一度成為與省、台、院並立的最重要的國務機構之一。七年，罷制國用使司，立尚書省，統六部，並改天下行中書省為行尚書省。中書省建置雖仍被保留，但實際上已改由尚書省總領國政。九年，罷尚書省，以其職權歸併中書省。至元後期和武宗至大年間，元廷又兩次立尚書省，分別歷時五年、三年，以「理財」為施政中心。主持全國釋教及吐蕃地區軍、民之政的宣政院，由於職掌的特殊性，自成系統。蒙古國初期，即置札魯忽赤治天下刑政。隨著元朝國家機器的完備，設大宗正府為札魯忽赤官署，主要治理諸王、駙馬、投下蒙古、色目人的刑名等公事，時而兼管漢人刑獄。在宗教、文化方面，元代比較獨特的中央機構還有管理也里可溫的崇福司、掌回回曆法的回回司天監、蒙古翰林院及其所屬蒙古國子監等。
地方最高行政機構，在忽必烈即位之初，為十路宣撫司；同時，他又委派重臣以都省官「行某處省事」系銜，到各地署事，行使中書省職權，簡稱行省。至元後期，行省官員不復以中書省官系銜，行省逐漸由臨時性的中央派出機構定型為常設的地方最高行政機構。除「腹里」（河北、山東、山西）直隸於中書省，吐蕃由宣政院轄理以外，所置有嶺北、遼陽、河南、陝西、四川、雲南、甘肅、江浙、江西、湖廣等行省。在距離省治較偏遠的地區，分道設宣慰司，就便處理軍民事務，「與職民者，省治之；職軍者，院臨之」。邊陲民族地區的宣慰司、宣慰司都元帥府及其所統路府州縣或宣撫、安撫、招討等司，多參用當地土官任職。御史台在地方上也有相應的分設機構，即監臨東南諸省的江南諸道行御史台（簡稱南台）和陝、甘、滇、蜀地區的陝西諸道行御史台（簡稱西台）。中台和兩個行台下各設若干道肅政廉訪司（元初稱提刑按察司），定期檢查各種案卷賬目，監督糾劾各級官吏，復按已審案件。御史台（或行台）與諸道肅政廉訪司相銜接，構織成全國範圍的垂直監察系統。為了征伐或鎮撫的需要，樞密院有時也在有關地區設置行樞密院（簡稱行院）。行省以下的行政機構，分別為路、府、州、縣。諸王、勛戚在內地各行省的封地上仍保留相當的特權，但這些封地在行政建置方面同樣被納入郡縣制體系。路治所在城鎮，並設有一個或幾個錄事司，管理城區居民。
元政府在許多中央機構、行省以下的大部分地方行政機構和許多管軍機構中都設立達魯花赤一職，一般由蒙古人或色目人擔任，以此保障蒙古貴族對全國行政、軍事系統實行嚴密監控和最後裁決的權力。路、府、州除蒙古人任達魯花赤，又以漢人為總管、知府（或府尹）、知州（或州尹），以色目人為同知，使他們互相牽制，以利於民族防範和階級統治。元代主要行政、軍事統治機構的領屬系統如上頁《元朝統治機構簡表》所示。
軍事制度
元代在漠北草原的蒙古人，仍過著兵民合一的游牧生活，戰時出軍，平時便屯聚牧養。在漢地和江南，元朝軍士的來源採取從固定的軍戶中籤發的辦法。憲宗二年壬子（1252）大規模籍戶時，已明確地區分民戶和軍戶。進入內地的大多數蒙古人戶及被收編的金、宋降軍之家，皆以軍戶著籍；此外還有一些漢族或其他各族人戶陸續被新簽為軍戶，一般都由中戶充當。軍戶種田，可免稅糧四頃，稱為「贍軍地」。蒙古、探馬赤軍和漢軍（金朝降軍和蒙古政權、元政府在華北簽發的軍隊）軍戶，都是通過奧魯進行管理的。奧魯的主要職責，一是從軍戶中起發丁男當軍應役，並及時起征亡故軍人的「戶下弟男」承替軍役，彌補軍隊缺員。二是負責按時為本奧魯起發的當役軍人置備鞍馬、器杖、盤費等軍需。蒙古、探馬赤軍的奧魯，隸屬於該奧魯當役軍士所在的萬戶、千戶之下，漢軍奧魯由所在地區的管民官兼領。新附軍（南宋降軍）未設奧魯。
元代軍事防衛分為兩大系統，即戍衛京師（大都和上都）的宿衛系統和鎮守全國各地的鎮戍系統。宿衛軍隊由怯薛軍和侍衛親軍構成。忽必烈建國後，保留了成吉思汗創立的四怯薛輪番入侍之制，用他們列值禁庭以充護衛侍從，常額在萬人以上，由皇帝或親信大臣直接節制。侍衛親軍用於環衛京畿，到元朝末年先後置三十餘衛，衛設都指揮使或率使，品秩與萬戶相當（正三品），隸屬於樞密院。進入內地的色目人軍隊，由於戰鬥力較強，相當一部分被編入侍衛親軍。鎮戍諸軍的布局，腹里主要由蒙古軍和探馬赤軍戍守。華北、陝西、四川等地的蒙古、探馬赤軍由各地區的蒙古軍都萬戶府（都元帥府）統領，隸屬於樞密院。南方以蒙古軍、漢軍、新附軍相參駐戍，防禦重點是臨江沿淮地區。隸屬行省的鎮戍諸軍，有警時由行樞密院統領；平時日常事務歸於行省，但調遣更防等重要軍務仍受樞密院節制。全國軍馬總數，只有皇帝和樞密院蒙古官員知道，行省兵馬也只有為首的蒙古官員知道。
法律
元代始終沒有頒布完備的法典。至元八年（1271）以前，中原漢地斷理獄訟，基本上參用金泰和律定罪，再按一定的折代關係量刑。至元八年十一月，在建「大元」國號同時，下令禁用泰和律。以後曾數次修律，都沒有完成。判獄量刑，主要根據已斷案例，類推解釋，比附定刑，與其他封建王朝相比，司法的隨意性較顯著。其他方面的立法行政，也都以詔制、條格（經皇帝親自裁定或直接由中書省等中央機關頒發給下屬部門的各式政令）為依據。因此，元朝的法制體系，主要是由因時立制、臨事制宜而陸續頒發的各種單行法構成的。政府下令，凡在朝及地方各衙門均應分別類編先後頒發的各種格例，使官吏有所持循。當時「內而省部，外而郡府，抄寫條格，至數十冊。遇事有難決，則檢尋舊例，或中所無載，則施行比擬」。條格和斷例歲增月積，繁雜重出，互相抵牾。元政府有時將歷年所頒降的某一方面的條例重加「分揀」「斟酌」，釐定「等第」，形成新的法律文字，作為「通例」公布。同時，對國家的政製法程，也幾次召集老臣，從以往頒發的政府文書中選出「可著為令者，類集折衷，以示所司」，所成《大元通制》《至正條格》等格律類聚都是具有法典性質的政書。
元朝法律大體上遵循前代「同類自相犯者，各從本俗法」的原則。「五刑」的刑罰體系與前代相比發生了某些變化。同時，由殺人者向被害者家屬償付燒埋銀，以及將刺字斷放的前科罪人發付原籍，由官司籍記充「警跡人」，交由村坊鄰右監督等規定，從元代開始制度化。對傷害罪，規定由加害者交付給受害者一定數量的「贍養之資」「醫藥之資」，對加害者所處的實刑則比前代相應減輕。元代法律從維護地主階級利益出發，制定了種種不平等規定，如地主毆死佃客，只杖一百七，征燒埋銀（喪葬費）五十兩。又在許多方面明確規定四等人的不同待遇。禁止漢人、南人收藏兵器，練習武藝，甚至集場買賣。法律規定殺人者死，但蒙古人