南朝的政治控制與經濟開發向南深入，擴展到中國南部廣大地區，漢族與少數民族的接觸聯繫日益頻繁。少數民族與漢族人民聯合反抗南朝政府，在聯繫與鬥爭過程中，加快了南方各族的融合。
南方少數民族主要有蠻、傒、俚、僚、爨（）等。蠻族人數最多，佔地最廣，遍及荊、湘、雍、郢、司、豫、南豫、江等州。蠻人分為兩大支。一大支是以虎為圖騰的廩君蠻。他們由南郡向東移動，到漢水下游，北接淮汝，南極江漢。其中最有名的是由西陽郡（治所在今湖北黃岡）的五條水得名的五水蠻。另一大支是以狗為圖騰的槃瓠蠻，發祥於辰州，由長沙武陵一帶北上到荊雍。武陵有五條溪，因此也稱為五溪蠻。蠻族生產米穀布絹，與漢人相似。部落解體，社會以戶為單位，已進入封建制階段。不少蠻族酋帥擁有大量部曲。南朝政府設立左郡左縣，羈縻統治。這類郡縣數目漸增，反映漢族與少數民族接觸融合的範圍日益擴大。南朝政府一般只從蠻族收納米穀，不征徭役，所以漢民避徭役者往往逃入蠻中。地方官有時橫徵暴斂，加重對蠻人的剝削壓迫，不斷引起反抗。南朝一百七十年中，史書記載的蠻族大小起事有四十餘起。在荊、雍、豫三州設立的南蠻、寧蠻、安蠻校尉，就是統帥軍隊鎮壓蠻族的武將。政府往往將被征服的蠻族遷出所居舊地，或謫為兵戶，或役如奴隸。
傒人分布於江湘兩州南部和廣州北部，以強悍善戰著稱。他們可能源於以狗為圖騰的五溪蠻，因此稱傒，常被誣衊為傒狗。傒人漢化較早，如東晉陶侃、南齊胡諧之，已和漢族沒有區別。
俚人，亦稱里人或俚僚，分布於交、廣、越諸州，在漢族社會經濟文化影響下，已進入封建社會。他們受南朝政府的剝削，與漢族不完全相同，如始興俚人必須以銀納稅。俚人地區物產富饒，有白銀、珍珠、翡翠、犀象等。梁末及陳時所轄地域縮小，對這個地區的開發益加重視，往往署當地酋豪為長官，「以收其利」。同時置西江、南江兩都護在軍事上經濟上加以控制。俚人不甘忍受剝削，南朝時起義見於記載者有十八次。
僚人，為南蠻別支。在4世紀中葉自南而北進入巴蜀地區，分布於梁、益兩州，僚人與漢人雜居的成為郡縣編戶；居深山者受世襲的「頭王」統治，處於奴隸制階段。生產以農業為主，南朝朝廷剝削沉重。宋以來僚人屢次起兵反抗。南齊時，益州害怕僚人進攻，州城北門「常閉不開」。梁武帝時，梁、益二州「歲歲伐僚，以自裨潤，公私頗藉為利」。被俘的僚人，大都淪為奴隸。
爨人主要分布在寧州（今雲南地區）。東晉至梁，朝廷任命的寧州刺史見於記載者，約三十人，然大都遙領，未能到任。地方統治實權，掌握在擔任郡守縣令的土著首領手裡。而大姓爨氏世代為寧州最高統治者，或任刺史，或死後追贈刺史稱號。後代因此稱寧州當地民族為爨人。爨人分東西兩部：東部以朱提郡（今雲南昭通）為中心；西部以建寧郡（今雲南陸良）、興右郡（今雲南文山）為中心。爨人地區「戶口殷眾，金寶富饒」，隋唐以後中央朝廷才逐步實現有效統治。