南朝社會存在著士庶兩個不同等級和僑人南人兩個不同集團。士庶兩大集團內部，又各自劃分為不同階層。比起東晉，更明顯地呈現出錯綜複雜的景象。
士族
南朝在律令上並未「分別士庶」，但社會習慣和不成文法認為，「士庶區別，國之章也」。這種區別「實自天隔」，皇權也不能消滅它。士族的身份連同祖父兩代的官爵，都登記在戶口冊黃籍上。除非特殊情況，士族一般不服力役和兵役。同里伍庶族犯罪，士族不連坐，某些罪行的處罰，士族較庶族為輕，一般不受鞭笞。不得以士族之女為妾，不得隨意黜士族為賤民。庶族只能入太學，而士族得入國學，因此在文化教育方面享受更好機會。南朝士族得以保持其優越門閥地位的經濟基礎，是佔有廣大田莊山澤和附屬於土地上的大量依附人口。雖然同一家族中個別支派由於種種原因沒落窮困，並不影響其士族身份。
士族通過仕宦途徑和婚姻關係網，來維護門閥制度，形成封閉性集團。南朝士族子弟很重視起家官，目為一種資格。他們青少年時從秘書郎、著作佐郎等官職進入仕途，不久即升遷他職。宋齊以來，尚書令與僕射、中書監與令、侍中、吏部尚書以至司徒左長史等官，全部或者絕大部分為士族所壟斷。刺史職位則宋代士族比例最大，南齊有所下降，梁陳時士族庶族大致各佔一半。總的講，士族任中央官多於地方官。五等封爵也是士族維持其門閥地位世代不絕的一種保證。所以「爵位蟬聯，文才相繼」成為士族誇耀的口實，也是構成士族的主要條件。士族所居官都是被認為「清顯」職位，一般不理政事，只是優遊容與，享受崇高名位與優厚待遇。士族之間彼此結成婚姻關係，絕不與所謂「非類」的寒門庶族結親，目的是保持士族集團的凝固性和封閉性。宋時還規定，士族如與工商雜戶為婚，就喪失士族身份。士族之中，又有高低階層之分，兩者之間，一般也很少通婚。低級士族擔任的某些官位，高級士族不屑擔任。但低級士族往往在政治、軍事等方面表現出才能，宋齊梁三朝開國君主，都出於這一階層。南朝盛行譜牒之學，各種族譜甚多。士族成員不但要熟悉自己家譜世系以避祖先名諱，而且要注意迴避別人祖先名諱。對家族言，族譜是嫁娶結親時從世系識別士族的必要參考；對官府言，族譜是通過世系區分士庶，防止庶族冒充士族規避徭役的手段之一。
庶族
庶族的上層包括下列類型：⑴雖然富有而非世代官宦，缺乏文化教養傳統的家族。⑵長期居住在地方，宗族強盛的地方豪強著姓。⑶商人。⑷手工業者。除後兩類外，前兩類與士族一樣，都屬封建社會中的剝削者。庶族一律要為政府服力役兵役。史書中所見的次門、單家、役門、三五門大致都屬於庶族中的這一階層。庶族上層的各門品，可以由地方官根據需要來「條次」（即調整），但「士大夫故非天子所命」，皇帝不能命令某姓家族為士族，地方官更不能把庶姓提升為「舊門」（士族）。但在地方上有很多通過改注戶籍冒充士族者。他們固然不為高門所承認，但也可享受高門士族的某些特權，至少可以免役。庶族裡的中層，是人身依附關係極強的半自由人，包括部曲、佃客、門生、吏戶、軍戶（亦稱兵戶、營戶）、工戶、樂戶等。部曲、佃客、門生等既從事農業生產，也隨同主人作戰。軍戶沿自三國時期，不但世襲為兵，而且老人小兒都從役，與三丁抽一、五丁抽二的三五門不同。吏戶也世代相襲，全家為官府機構或官吏服力役，從事生產、作戰或其他役使。但吏戶出身者可以賜爵，有與平民身份相同的一面，梁時貧民租種豪家富室所佔公田，交納高額地租，實際成為佃戶。還有被「雇借」而非服役的工匠。宋齊時所謂「自賣為十夫客」的人，能夠有自己支配的時間即「私夫」，藉以庸賃養母，積足錢後以自贖。這些是人身依附關係較為鬆弛的勞動者。奴僮構成庶族的最下層，經過放免才能成為半自由的兵戶或上升為平民。南朝一百七十年間，曾九次下詔放免奴婢。
僑人與南人
東晉以來士族僑舊之間的界限，南朝前期不但未趨淡漠，反更突出。僑姓士族的社會勢力益加鞏固以後，對南人更公開排擠。宋時尚書令仆、中書監令無一南人；齊時尚書令無南人，僕射十六人中一南人，中書監令二十二人中一南人。南人任侍中者較多。宋齊兩朝刺史中，南人不足北人的百分之二。梁陳時有變化，南人比例有所增加。婚姻方面，皇帝后妃與公主女婿，皆以北人為主。士族中亦南人北人各自為婚，僑人與南人為婚者極罕見。來自北方的士族，渡江較晚者，也被視為粗鄙北人而受到歧視。
南朝士族盡心力於維護門閥制度及家族利益，對於改朝換代無動於衷。新朝皇帝也利用高門士族作裝飾點綴，只求其馴服配合，不借重任何實力。另一方面，士族及代表其利益的政府，對於庶族冒充士族逃避徭役等負擔，逃亡農民、隱匿戶口等，都採取嚴厲手段加以制止。南齊朝廷檢定黃籍，查出冒充士族者，從戶籍上加以糾正，稱為卻籍，遣戍遠地。百姓怨嗟，多逃亡避罪。以此為導火線，永明三年（485）冬，以圖墓看風水為業的富陽庶族唐寓之利用人民怨恨，發動暴動。除眾多逃亡農民與藏丁匿口之外，投附的還有三吳被卻籍者三萬人，其中不少是冒充士族的地主富人。唐寓之攻克新城、桐廬、富陽、鹽官、諸暨、餘杭、錢唐等縣和東陽郡。唐寓之稱帝，國號為吳。由於三吳乏馬，官兵騎軍對唐軍形成極大威懾，暴動很快失敗。但政府也被迫停止檢籍，放還謫戍邊遠的人民。