長期分裂局面造成的影響，使秦始皇非常關心六國舊地的動靜，擔心六國舊貴族圖謀復辟。為了防止割據的再現，秦始皇把六國富豪和強宗十二萬戶遷到咸陽，另一部分遷到巴蜀、南陽、三川和趙地，使他們脫離鄉土，以便監視。他把繳獲的和沒收的武器加以銷毀，在咸陽鑄成十二個各重千石的鐘鐻銅人。又下令「墮壞城郭，決通川防，夷去險阻」，儘可能消滅封建貴族依以割據的手段。為了控制廣闊的國土，特別是六國舊境，秦始皇還修建由首都咸陽通到全國各地的馳道，東窮燕齊，南極吳楚。他自己多次順著馳道巡遊郡縣，在很多地方刻石記功，以示威強。為了加強北方的防務，秦始皇三十五年（前212），又修築由咸陽經過雲陽（今陝西淳化西北），直達九原（今內蒙古包頭西）的直道，塹山堙谷千八百里。在西南地區，還修築了今四川宜賓以南至雲南昭通的五尺道，於近旁設官進行統治。
秦始皇對分裂割據的思想和政治傾向，也進行了鬥爭。當時的一些儒生、游士，希望復辟貴族割據局面，他們「入則心非，出則巷議」，引證《詩》《書》百家語，以古非今。始皇三十四年，丞相李斯請求焚毀《詩》《書》，消滅私學。他建議「史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏《詩》《書》、百家語者，悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語《詩》《書》者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者與同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥卜筮種樹之書。若欲有學法令，以吏為師」。秦始皇接受了這一建議，於是就發生了焚書事件。第二年，為秦始皇求仙藥的方士有誹謗之言，又相邀逃亡，秦始皇派御史偵察咸陽的儒生方士，把其中被認為犯禁者四百六十多人坑死。在早期封建社會的歷史條件下，在統一與分裂激烈鬥爭的年代，秦始皇用焚書坑儒手段來打擊貴族政治的思想是可以理解的。但是，焚書坑儒摧殘文化，是極其野蠻殘暴的事，對於古文獻的保存和學術的傳授，造成了極大的損失。
秦始皇施政定製雖已兼采陰陽等家思想，但根本上是以法家思想為依據。焚書坑儒以及「以法為教」，「以吏為師」等，更突出地反映了他的法家思想。