洪武十五年，馬皇后崩，謚號「孝慈」，葬於孝陵。
洪武三十一年，朱元璋崩，啟用孝陵地宮與馬皇后合葬。
建文元年，燕王朱棣反。
朱棣身邊有個高僧，叫姚廣孝，法號道衍，人稱「黑衣宰相」。他通曉儒、道、佛諸家之學，精於陰陽術數，是燕王身邊第一謀士。鄱陽湖一戰的實情他十分清楚，對劉基身邊這幫能人異士當年的赫赫戰績也有所耳聞。他深知這些人的厲害，如果他們能為燕王所用，那真是如虎添翼。朱棣聽從姚廣孝的建議，命姚廣孝秘密搜羅這些世外高人。
太祖在位時，劉基的徒弟們遵照師父安排，四散躲避，惴惴不可終日。今有燕王之請，是一次大好機會，包括沈天佐、楊泰亨在內的一干人均加入了朱棣的部隊。
舊日兄弟終於得以見面，多年壓抑一掃而空，沈天佐甚是歡喜。因為姚廣孝的灌輸，朱棣非常重視這些異能之士，都給予極高待遇。眾人誓死追隨燕王，在許多不為人知的戰鬥中，立下奇功。
永樂元年，朱棣於奉天殿舉行登基大典。
朱棣在二十二衛親軍之外，加設孝陵衛。大營位於紫金山之南，孝陵陵門東南側，人跡罕至。孝陵衛名義上是護衛太祖皇帝的孝陵，實則是把陰陽術士編製成軍，成立的一支秘密神鬼部隊。衛內設指揮使一人，下設五個千戶所，各有千戶一名。一所名為「堪輿」，主風水之事；二所名為「攝魂」，主控人心智；三所名為「鬼行」，主役鬼、鎮鬼；四所名為「精怪」，主調教精怪；五所名為「屍魅」，主操持死屍。五所分門別類，各司其職，盡攬天下精英。
孝陵衛對外號稱一萬人，其實只有三百多人。兵部並不知情，仍按一萬人的餉額撥款。非但如此，每年皇帝還從私家內庫中撥出銀兩來補貼，平時各種賞賜更是多多。孝陵衛待遇之優厚，遠超其他衛所，就是名震天下的錦衣衛也難望其項背。跟錦衣衛一樣，孝陵衛也著飛魚服，配綉春刀。但這飛魚服並未綉有飛魚，而是通體黑色，材料是用蠱毒喂出的黑蠶所吐的黑絲。這種黑絲織成的衣服，利刃割不破，明火點不著；加之黑蠶壽命短暫，產量極小，所以這種黑絲極其貴重。錦衣衛的綉春刀是按品級配發，職位越高，綉春刀的鋼質越純；而孝陵衛所配綉春刀無論品級都與指揮使的一樣，步戰馬戰皆可使用，一刀砍過，足可以斬下整隻馬頭。
孝陵衛不受任何部門節制，只執行皇帝的手書密詔。第一任指揮使由姚廣孝兼領，五個千戶分別為：堪輿沈天佐、攝魂陸彪、鬼行郭岳、精怪楊泰亨、屍魅誇巴烈。這五人中，郭岳是郭岳的女兒，她和沈天佐、楊泰亨都算是劉基的門人；陸彪是道家居士，此人不僅身負攝魂絕學，道法也很是了得；誇巴烈生在苗族蠱術世家，他苗姓誇巴，單名一個烈字。此人一身怪術，黑白巫術皆通，尤其擅長屍魅術。
永樂年間，許多大事中，都有孝陵衛的影子：
遷都北京，是由孝陵衛事先秘密勘察，統籌了整個新都城的風水。
鄭和下西洋尋找建文帝，孝陵衛的船隻也在其中。
御駕親征蒙古，也有孝陵衛隨行。
同時，孝陵衛還兼顧著偵查、暗殺、控制當朝重臣，毀滅天下龍脈，處理天下神鬼奇案等多種任務。
永樂十六年，姚廣孝去世，按他遺囑，沈天佐繼任指揮使。從此，歷屆孝陵衛指揮使都由五個千戶中資歷最深、威望最高者擔任。